C基因區，由前C基因和C基因組成。分別編碼HBeAg及HBcAg。前C區基因突變，(Ahead of Region C Gene Mutation)會使e抗原表達減少或者終止，臨床表現為HbeAg（-）,dan 但病情仍處於活動狀態，這種類型目前被稱為“e抗原陰性的慢性B肝”。前C區基因突變的人更易發生肝硬化，甚至肝癌。用干擾素治療無應答（無反應），而且病情容易復發。
