內設機構
（一）辦公室負責機關文電、會務、機要、檔案、信訪、督查督辦、安全保密、信息、社會治安綜合治理、後勤保障、議案建議及提案辦理、目標管理、綜合性文稿起草、機構編制、人事、教育培訓、宣傳等工作；負責水利體制改革的有關工作；負責全區水利系統人才隊伍建設工作；編制水利部門預算、決算，負責機關及所屬單位的財務會計制度建設、資金（資產）管理與監督以及績效評價工作；承擔機關並指導所屬單位的財務管理和內部審計工作；提出有關水利價格、收費、信貸的建議。
（二）規劃計畫股
擬定水利水保發展總體規劃，組織編制重大水利水保綜合規劃、專業規劃和專項規劃；審核水利水保建設項目建議書、可行性研究報告和初步設計；申報水利水保建設項目，按上級批覆下達水利水保建設計畫；指導水利工程建設項目合規性審查工作；組織工程竣工驗收、承辦水利綜合統計工作。
（三）水政水資源股（特區節約用水辦公室）
組織實施水資源取水許可、水資源有償使用、水資源論證等制度；組織水資源調查、評價和監測工作；指導飲用水水源保護、城市供水的水源規劃、城市防洪、城市污水處理回用等非傳統水資源開發工作；指導入河排污口設定、計畫用水、節約用水、水能源開發、水政監察和水行政執法工作；承辦水利科技和對外合作工作，承辦區際河流有關事務和對外合作工作；組織協調水利系統依法行政工作，承辦行政應訴、行政複議、行政賠償工作；查辦重大涉水違法事件，協調跨鄉（鎮）水事糾紛；負責政務服務工作。
（四）水利水保建設股（安全監督股）
指導農田水利、農村飲水安全、農村節約用水和農村水能資源開發工作；組織擬定農田水利、農村飲水工程建設並監督實施；指導灌溉排水和節水灌溉等工作；指導水利水保工程建設與運行管理，負責水利水電工程建設質量監督管理；指導和協調全區農田水利基本建設和雨水集蓄利用“三小”工程工作；指導和協調農村水利管理體制和運行機制改革及農村社會化服務體系建設；指導和協調煙水配套工程建設並監督實施；指導水土流失綜合防治和綜合治理工作並監督實施；指導水利水保建設市場以及水利水電招投標監督管理、負責水庫、水電站大壩的安全監督，負責水利水保建設安全工作；組織水土流失監測、預報並公告，按許可權審核、審批開發建設項目水土保持方案並監督實施；執行有關水利行業技術標準、規程規範並監督實施。
水利局直屬事業股室站所13個，事業編制126個。分別是：六枝特區水利建設站、六枝特區水利工程管理站、六枝特區水土保持辦公室、六枝特區水利電力物資供應管理站、六枝特區防汛抗旱辦公室、六枝特區水資源站、六枝特區水政監察大隊（含河道管理辦公室）、六枝特區防汛抗旱排澇服務隊、六枝特區白岩腳水庫管理所、六枝特區東風霧步沖水庫聯合管理所、六枝特區舊院中壩水庫管理所、六枝特區瓦窯納麻水庫聯合管理所、六枝特區直溜水庫管理所。
