故事講述的是從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分。在二百三十萬人口中，有八成人都是學生們，所以被稱為學園都市。他們每天都在頭腦開發上進行相互競爭。根據能力不同，可以分為六級，從無能力到超能力。故事的主人公上條當麻是學園裡唯一的一個零能力者。但並非完 全沒有能力，而是他是能力是能夠將一切能力的效果無效化。他只有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇蹟都能抹殺的能力取名為“幻想殺”。而正 因為他的不被神加護的大吃大喝手，導致自己常常過著不幸的人生。
某一個暑假的日子，在家裡的陽台上，他遇見了一位從天而降的全白裝束的修女，這位少女自稱自己的名字叫“禁書目錄 ”，並是從魔術的世界逃了出來，現在正在被魔術師追趕中。就這樣，上條當麻一腳踏進了奇妙世界，開始了守護少女的戰鬥……掌握了數萬究極魔法書的少女與擁 有抹殺一切奇蹟的上帝之手的少年，會為大家演繹出什麼樣的故事來呢？
作者：鐮池和馬
導演：錦織博
系列構成：赤星政沿
人物設定：田中雄一
音響監督：蝦名恭范
動畫製作：J.C.STAFF
上條當麻：阿部敦
茵蒂克絲（禁書目錄）：井口裕香
御坂美琴：佐藤利奈
ステイル＝マグヌス：谷山紀章
アクセラレータ：岡本信彥
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