內設機構
| 部 | 課 |
| 總務部 | 安全·防災危機管理調整官 |
| 總務課 | |
| 人事課 | |
| 會計課 | |
| 宣傳對策官 | |
| 企劃觀光部 | 計畫調整官 |
| 交通企劃課 | |
| 國際觀光課 | |
| 觀光地域振興課 | |
| 交通環境部 | 計畫調整官 |
| 環境課 | |
| 物流課 | |
| 消費者行政·信息課 | |
| 鐵道部 | 調整官 |
| 計畫課 | |
| 安全指導課 | |
| 鐵路安全監查官 | |
| 自動車交通部 | 旅客第一課 |
| 旅客第二課 | |
| 貨物課 | |
| 自動車監查官 | |
| 自動車技術安全部 | 管理課 |
| 整備安全課 | |
| 技術課 | |
| 保全·環境調整官 | |
| 海事振興部 | 旅客·船舶產業課 |
| 貨物·港口運輸課 | |
| 船員勞資課 | |
| 船舶產業振興官 | |
| 海上安全環境部 | 調整官 |
| 海事保全·事故對策調整官 | |
| 船舶安全環境課 | |
| 船員工作環境·海技資格課 | |
| 運航勞務監理官 | |
| 海事技術專門官(船舶檢查官) | |
| 海事技術專門官(船舶測度官) | |
| 海技試驗官 | |
| 外國船舶監督官 |
下設機構
廣島運輸支局
岡山運輸支局
鳥取運輸支局
島根運輸支局
山口運輸支局
尾道海事事務所
因島海事事務所
吳海事事務所
