洛克人X6故事大綱
Σ（Sigma，譯為西格瑪、釋瑪）在將太空殖民地“歐拉西亞”引下地球並墜落。 X與Zero一同力戰Σ，最後Zero和Σ互相向對方放出致命一擊。大難不死的 X手持好友的Zero劍，繼續守護地球的和平和幫助進行復興計畫。災難過後，地上的環境變得荒蕪，人類亦轉到地下居住，由思考型機器人和重工型機器人負責重建工作。“歐拉西亞”墜落處旁的沙漠上，站著一位穿著白袍的思考型機器人──基特，對這太空殖民地的廣大遺蹟感到好奇的同時，他發現了一塊與別不同旳碎片，決定把它帶回研究所分析。一星期後，基特在研究所中發現該碎片擁有巨大力量，並開始加以利用……
“歐拉西亞事件” 後三個星期，休息中的 X被艾莉亞叫醒，到“歐拉西亞”墜落處阻止一部故障的重工型機械。該巨型作業機械被打敗後發生爆炸，說時遲那時快，一個與Zero極之相似的紫色身影降臨於X 的面前，一劍將那機械的殘骸斬至粉碎，再一言不發地離開現場！“Ze……Zero？！” X與艾莉亞不敢相信剛才發生的事，但危機又再次迫近──一名自稱 High Max 的神秘思考型機器人緊隨紫色的零到場， X不滿他中傷Zero為一惡夢（Nightmare），並且挑起戰鬥。 High Max 的防禦力太強，他將 X 置儲不理，亦叫 X 不要插手。
及後不久，基特的助手艾索克發表公開演說，聲稱“惡夢”現象日益瀕繁，而Zero的出現是當中的因由，有見及此，基特將會建立一個脫離“惡夢”的國度，並且派出八位調查員去蒐集“惡夢Zero”的資料。 X對基特的動機深感懷疑，決定闖進調查區域去“調查這場調查”……
遊戲系統
惡夢現象：關卡中的環境和路線會因為惡夢病毒的存在而產生改變。求救者救助：八大關卡里，共分布了一百二十八位身上隔隨機擁有不同的增強角色資料的求救者。
傳送地區：在八大關卡中，放置了一些通往同一區域，但收不到艾莉亞訊息的地段的傳送點。這些路線的分支當中，隱藏著什麼新的事物？
獵人等級：玩家所用角色的獵人等級會依其所得的惡夢靈魂數目增加而提升。
多重結局：遊戲的結局會跟隨玩家所開拓的故事和最後使用的角色而改變。“蹲下”和“吊繩”的動作仍然健在。
裝甲配備採用“程式制”：玩家需要將一套裝甲的四件配件集齊才能使用。
鎧甲 一定要的不可
人物
非正規機器人獵人X／艾克斯（エックス／ X ）：（配音演員：森久保祥太郎）；原為非正規機器人獵人第十七隊（精銳部隊）的隊長，在“歐拉西亞事件”後，他全力投入世界復興的工作，並帶著親友零的遺物──零劍，一同行使正義。
阿零／傑洛（ゼロ／ Zero ）：（配音演員：置鮎龍太郎）；原為非正規機器人獵人第零隊（忍之部隊）的隊長，在“歐拉西亞事件”中犧牲自己的性命以毀滅釋瑪，陣亡。（嚴格來說是生死未明。）
單擊本行顯示▼注意：框內為作品情節、結局或其他相關內容，可能降低欣賞原作時的興致。
帥那斯（シグナス／ Signas ）：（配音演員：鈴置洋孝）；繼續擔當非正規機器人獵人總監一職，監督和指揮獵人們的復興工作。
艾莉亞（エイリア／ Alia ）：（配音演員：笠原留美）；為獵人們提供重要資料的女性領航員，同時負責報告求救者狀況。在過往成為思考型機器人工程研究員時，與基特是同僚。因為他的作品往往難以分析或理解，故此艾莉亞亦曾經將其認定為非正規機械，令他們被處決。
道格拉斯（ダグラス／ Douglas ）：（配音演員：高木涉）；獵人總部的機械技師，精通裝備配件、改良武器等工作。在今集負責整理裝甲及能力增強資料。
惡夢現象調查隊：
基特為了追查和分析“惡夢現象”和“惡夢零”而所組成的隊伍，八位隊員分別駐守於八個和“惡夢現象”最為密切的地區。奇怪地，八位調查員也是基特在過往被處決的思考型機器人作品……
基特（ゲイト／ Gate ）
（配音演員：藤原啟治）
天才思考型機器人工程研究員，艾莉亞的舊同僚。作為科學家，他熱衷於開發思考型機器人，不過他的天才亦使其他人無法明了他的心意，最終更被人孤立和鄙視，而他的作品亦逐一以不同的理由被處決。不甘才能被他人埋沒，反而使他心裡蘊釀著強烈的復仇心理。一次偶遇那塊埋在沙中的碎片，觸發了在一場惡夢中的戰鬥。
基特的英文名 "Gate" 為大門之意，以人物個性和能力可以解釋為“令思考型機器人更進步的關口”或者“以大門來封閉自己的人”。
艾索克（アイゾック／ Isoc ）
（配音演員：青野武）
基特的首席助手，非常踴躍地研究零，同時也好像很了解零。在“秘密研究所”中被發現已經“消魂”。
被不少擁躉猜想是另一個偉利的化身。
High Max （ハイマックス／ High Max ）
（配音演員：若本則夫）
惡夢現象調查隊的隊長，全身黑色的造型顯出他深不可測的一面，冷言冷語、目無表情，作為基特的最高傑作，他的任務是消除“惡夢零”。 High Max 的最不尋常之處，是他那強得過份的防禦力。他是傳送區域的第二位首領，打敗他後，“秘密研究所”的關卡便會開啟。
八大首領──惡夢現象調查隊隊員：
揮令蜻蜓•也瑪傑（コマンダー・ヤンマーク／ Commander Yammark ）
（配音演員：高木涉）
蜻蜓形思考型機器人，曾被處決的基特作品之一。作森林觀察及保護用，一次森林大火意外使也瑪傑被問罪，其後不了了之的死亡。在基特手上復活，負責調查阿瑪遜區域。
降雨翠龜•塔特洛（レイニー・タートロイド／ Rainy Turtloid ）
（配音演員：石川英郎）
龜形思考型機器人，曾被處決的基特作品之一。屬於水質改善部門，個性良善，尊敬努力守護世界的X 和零，也對基特誓死效忠。背上的甲殼能抵抗酸雨，故此有能力進入 A級受污染區域。受外間壓力影響，基特被迫將塔特洛的防禦力降級，最後在失去甲殼保護下斃命。在基特手上復活，負責調查印南寺院。
雙殼貝蛤•沙得郎（シールドナー・シェルダン／ Shield Sheldon ）
（配音演員：鈴置洋孝）
貝形思考型機器人，曾被處決的基特作品之一。保護要人的保鏢，因表現良好而得到很高的評價。曾經在受命保護吉姆博士時，因為吉姆博士非正規化，連帶沙得郎亦被處分。在基特手上復活，負責調查雷射研究所。
暴雪銀狼•霍夫宏（ブリザード・ヴォルファング／ Blizzard Wolfang ）
（配音演員：石川英郎）
狼形思考型機器人，曾被處決的基特作品之一。極地開拓隊隊長，富有責任感，獲得隊友的信賴。有一次開拓隊受非正規機械所襲擊，只有霍夫宏一人生存，反基特的人將霍夫宏暗中處決。因艾莉亞亦曾參於其中，這次事件令她悔痛非常。在基特手上復活，負責調查北極區域。
火烈鳳凰•希多尼斯（ブレイズ・ヒートニックス／ Blaze Heatnix ）
（配音演員：三木真一郎）
鳳凰形思考型機器人，曾被處決的基特作品之一。探查火山熱點用，往往不顧命令和後果，使隊友們都無一倖免，也因而令他在地下深處被處決。在基特手上復活，負責調查熔岩區域。
無限水虱•明哲尼奧（インフィニティー・ミジニオン／ Infinity Mijinion ）
（配音演員：高木涉）
水虱形思考型機器人，曾被處決的基特作品之一。有人駕駛型巨大兵器的測試員，擁有超高的資料處理能力。在基特手上復活，負責調查兵器開發所。
金屬斧鯊•巴利耶（メタルシャーク・プレイヤー／ Metal Shark Player ）
（配音演員：麥人）
斧鯊形思考型機器人，曾被處決的基特作品之一。機械回收研究所官長，能夠回收機器人的殘骸，再以個人的 DNA 研究技術，將機器人復活。這行為在法律上的不容許的，但基特本人默許，最後巴利耶被處決。在基特手上復活，負責調查機械回收研究所。
地滾聖甲蟲•史加拉比治（グランド・スカラビッチ／ Ground Scaravich ）
（配音演員：青野武）
聖甲蟲形思考型機器人，曾被處決的基特作品之一。自稱寶藏獵人的考古學家，除了發掘珍寶之外也熱衷於研究工作。因為嘗試闖入 X 和零被發現的禁地而被處決。在基特手上復活，負責調查中央博物館。
敵人：
釋瑪／西格瑪（シグマ／ Sigma ）
（配音演員：麥人）
有史以來最強的非正規思考型機器人，在“歐拉西亞事件”後繼的決戰中與零死斗而亡，在完全被消滅的情況下仍然被基特利用那塊碎片來復活。從外表看來力量不強，但實際上他不靠速度，攻擊力還是很強。第一型態為喪屍模樣，第二型態為一似木乃伊的金甲外骨骼的巨大機器人。
惡夢零（ゼロナイトメア／ Zero Nightmare ）
（配音演員：置鮎龍太郎）
惡夢病毒所引起的現象之一，偽造的零，但擁有他部份記憶。個性好戰凶恨，是個危險人物。傳送區域的第一位首領，打敗他後，真正的零會再出現？
惡夢病毒（ナイトメアウイルス／ Nightmare Virus ）
惡夢現象的元兇，在“歐拉西亞事件”後三個星期突然浮現，引起恐慌。可惡意操控制思考型或重工型機器人，使他們失控、改變天氣、製造金屬巨塊、引起火山爆發、將熔岩染色（？！）、使部份地區停電等等。
戴拿蒙（ダイナモ／ Dynamo ）
（配音演員：森久保祥太郎）
上集釋瑪的僱傭兵，引發“歐拉西亞事件”主謀。在上集多次阻撓 X 和零的行動，今集為傳送區域的第三位首領，善用其中一特殊武器的話，便能在他身上“賺取”不少惡夢靈魂。
關卡一覽
序章太空殖民地“歐拉西亞”墜落處：已經變成一無人荒漠……時代的轉捩點……惡夢的開始……
八大首領
阿瑪遜區域：夜裡神秘的熱帶雨林，還是不少古代文明的遺址。
印南寺院：文化遺產重鎮之一，靠近水邊的寺廟建築群，受惡夢現象影響，天氣控制器會製造酸雨。
雷射研究所：雲上的大型建設，裝了很多發射雷射的儀器和只能靠雷射開啟的閘門。
北極地區：冰山的山洞中，常常有巨型冰塊從高處塌下，牆壁亦難以摩擦。
熔岩地區：火山活躍帶的其中一個熱點，受惡夢現象影響，熔岩變成了紫色（？！）。
兵器開發所：研究和開發武器之處，還有著已破壞的有人駕駛型巨大兵器 "Illumina" ，但受惡夢現象影響已經復活。
機械回收研究所：把破廢的機械加以處理並再造的設施，四處裝有巨型垂直式榨壓機和高低不一的平台。
中央博物館：記錄世界知識的匯聚，受惡夢現象影響，周圍隨時有圓形或方形岩石出現。
最後關卡
秘密研究所（兩段）：基特的研究所，位於太空殖民地“歐拉西亞”的墜落處附近，有著奇怪的抽象牆飾。
？？？？？？：西格瑪的所在地，環境酷似秘密研究所，但是氣氛猶如黑暗空間……
有關事實
故事內情：據稻船敬二所說，洛克人X系列原先在 X5 已經完滿結束，然而因為系列的可盈利性，結果還是製作了 X6 ，間接令本集和之後的故事連線不太穩當。評價：洛克人X系列游戲的關卡設定，是可以令玩家在沒有獲得所有隱藏部件（能量最大值增加器的“心”、後備能量儲存器“ E罐”或裝甲配件等等），甚至沒有任何裝備的情況下，也能夠闖入最後關卡（當然難度比獲得所有部件時高），但在 X6這集中的某些關卡，尤其是最後關卡“秘密研究所”的一些路段，沒有腳部裝甲作遠途空中衝刺的話，就不能深入前方路段。這種不良的設計使玩家被困在一關卡中進退兩難，不得不花掉所有生命數目來返回“繼續”選項中離開關卡。
主題曲
開場Moon Light
森久保祥太郎主唱
The Answer
森久保祥太郎主唱
尾場
I.D.E.A. ～仆は毎日、夢を見る～
RoST 主唱
