概述
HE染色蘇木精染液為鹼性，主要使細胞核內的染色質與胞質內的核糖體著紫藍色；伊紅為酸性染料，主要使細胞質和細胞外基質中的成分著紅色。
易於被鹼性或酸性染料著色的性質分別稱為嗜鹼性和嗜酸性；若於兩種染料的親和力都不強，則稱中性。
一般的組織變化和組織產物都可以通過這一染色法顯示出來。是形態學最常用的染色方法。
直到為止，病理組織學的基本知識，絕大多數都是從觀察HE染色標本中得來，在質量較佳的HE染色切片上，各種組織或細胞的一般形態結特點都可以觀察到。
適用範圍
HE染色法是組織學、胚胎學、病理學教學與科研中最基本、使用最廣泛的技術方法。
原理
HE染色組織內的蛋白質構成蛋白質的胺基酸的種類很多，它們有不同的等電點。在普通染色法中，染色液的酸鹼度為pH6左右，細胞內的酸性物質如細胞核的染色質、腺細胞和神經細胞內的粗面內質網及透明軟骨基質等均被鹼性染料染色，這些物質稱為嗜鹼性。
而細胞質中的其它蛋白質如紅細胞中的血紅蛋白、嗜酸粒細胞的顆粒及膠原纖維和肌纖維等被酸性染料染色，這些物質稱為嗜酸型。如果改變染色液的酸鹼度，pH值升高時，則原來被酸性染料染色的物質可變為嗜鹼性；pH值降低時，原來被鹼性染料染色的物質則可變為嗜酸性。所以說染色液的pH值可以影響染色的反應。去氧核糖核酸（DNA）兩條鏈上的磷酸基向外，帶負電荷，呈酸性，很容易與帶正電荷的蘇木精鹼性染料以離子鍵結合而被染色。
蘇木精在鹼性溶液中稱藍色，所以細胞核被染成藍色。伊紅Y是一種化學合成的酸性染料，在水中離解成帶負電荷的陰離子，與蛋白質的氨基正電荷的陽離子結合使胞漿染色，細胞漿、紅細胞、肌肉、結締組織、嗜伊紅顆粒等被染成不同程度的紅色或粉紅色，與藍色的細胞核形成鮮明對比。伊紅是細胞漿的良好染料。
由於組織或細胞的不同成分對蘇木精的親和力不同及染色性質不一樣。經蘇木精染色後，細胞核及鈣鹽粘液等呈藍色，可用鹽酸酒精分化和弱鹼性溶液顯藍，如處理適宜，可使細胞核著清楚的深藍色，胞漿等其它成分脫色。再利用胞漿染料伊紅染胞漿，使胞漿的各種不同成分又呈現出深淺不同的粉色。故各種組織或細胞成分與病變的一般形態結構特點均可顯示出來。專門配方的蘇木精伊紅(H&E)和特殊染色劑，可讓您不斷創造自己喜歡的染色美學。高品質的H&E—SelecTech系統呈現清晰的核細節和輪廓分明的H&E染色，標準化提供一張載玻片接一張載玻片的染色一致性。H&E染色可提供必需的核細節和特徵區分，同時又能保持您滿足各種顏色喜好所需的靈活性。
染色步驟
試劑配製
HE染色試劑配製B：蘇木素染液配方：(配製3000ml，可按比列減少)蘇木精6g；無水乙醇100ml；硫酸鋁鉀150g；蒸餾水2000ml；碘酸鈉1.2g；冰醋酸120ml；甘油900ml。配製方法：將蘇木素溶於無水乙醇，再將硫酸鋁鉀溶於蒸餾水，溶解後將甘油傾入一起混合，最後加入冰醋酸和碘酸鈉。
C：1%鹽酸酒精分化液：將1毫升濃鹽酸加入99毫升70%酒精中即可。
染色流程
(1)二甲苯（Ⅰ）5-10min
(2)二甲苯（Ⅱ）5-10min
(3)95%乙醇（Ⅰ）1-3min
(4)95%乙醇（Ⅱ）1-3min
(5)80%乙醇1min
(6)蒸餾水1min
(7)蘇木精液染色5-15min
(8)流水稍洗去蘇木精液1-3s
(9)1%鹽酸乙醇1-3s
(10)稍水洗10-30s
(11)促藍液返藍10-30s
(12)流水沖洗10-15min
(13)蒸餾水過洗1-2s
(14)0.5%曙紅液染色1-3min
(15)蒸餾水稍洗1-2s
(16)80%乙醇稍洗1-2s
(17)95%乙醇（Ⅰ）2-3s
(18)95%乙醇（Ⅱ）3-5s
(19)無水乙醇5-10min
(20)石炭酸二甲苯5-10min
(21)二甲苯（Ⅰ）2min
(22)二甲苯（Ⅱ）2min
(23)二甲苯（Ⅲ）2min
(24)中性樹膠封固
註：①第（10）、（11）步可省去，（12）步沖水時間需延長至20-30min。
②第（20）步如果不用石炭酸二甲苯，可改用無水乙醇。
冷凍切片
（1）冰凍切片固定10～30s
（2）稍水洗1～2s
（3）蘇木精液染色（60℃）30～60s
（4）流水洗去蘇木精液5～10s
（5）1%鹽酸乙醇1～3s
（6）稍水洗1～2s
（7）促藍液返藍5～10s
（8）流水沖洗15～30s
（9）0.5%曙紅液染色30～60s
（10）蒸餾水稍洗1～2s
（11）80%乙醇1～2s
（12）95%乙醇1～2s
（13）無水乙醇1～2s
（14）石炭酸二甲苯2～3s
（15）二甲苯（Ⅰ）2～3s
（16）二甲苯（Ⅱ）2～3s
（17）中性樹膠封固。
註：第（14）步如果不用石炭酸二甲苯，可改用無水乙醇。
注意事項
切片脫水透明切片經HE染色後，要徹底脫水透明，才能用中性樹膠封蓋。如果脫水不徹底，封片後呈白色霧狀，鏡下觀察模糊不清，且容易褪色。切片1-2級無水乙醇脫水，也可使用石炭酸二甲苯進行脫水。石炭酸有較強脫水能力，但長時間可使切片脫色，因此要經過多次二甲苯以使石碳酸完全除去。
結果判斷
實驗結果
細胞核被蘇木精染成鮮明的藍色，軟骨基質、鈣鹽顆粒呈深藍色，粘液呈灰藍色。細胞漿被伊紅染成深淺不同的粉紅色至桃紅色，胞漿內嗜酸性顆粒呈反光強的鮮紅色。膠原纖維呈淡粉紅色，彈力纖維呈亮粉紅色，紅血球呈橘紅色，蛋白性液體呈粉紅色。
著色情況與組織或細胞的種類有關，也隨其生活周期及病理變化而改變。例如，細胞在新生時期胞漿對伊紅著色較淡或輕度嗜鹼，當其衰老時或發生退行性變則呈現嗜伊紅濃染。膠原纖維在老化和出現透明變性時，伊紅著色由淺變深。
評定標準
（1）切片完整，厚度4-6微米，厚薄均勻，無皺褶無刀痕；
（2）染色核漿分明，紅藍適度，透明潔淨，封裱美觀。
