四川省地震局預報研究所任所長
1994年至今在四川省地震局預報研究所任所長，1998年選為四川地震學會副理事長。1999年始連續2屆被選為中國地震學會地震預報專業委員會副主任，為地震學、地震前兆專委會委員，1995年始為第4~6屆《地震學報》、1996年始為第4~6屆《地震》、1997年為《地震文摘》、及《高原地震》、《四川地震》等雜誌編委；2003年聘為中國地震局分析預報中心高級預報員；中國地震局蘭州地震研究所、成都理工大學兼職碩士生指導教師，為國家培養了一批地震學和分析預報的專業人才。
多年負責或主持四川及鄰區地震分析預報工作，曾多次參加或主持四川及藏、滇的大震現場（1982年6月甘孜地震、1986年6月道孚地震、1988年11月雲南瀾滄地震、1989年4月巴塘地震、1989年9月小金地震、1992年7月西藏尼木地震等）工作；曾在1990年1月、1993年1月、1997年12月3次獲國家地震局大震現場和地震分析預報工作先進個人榮譽證書；長年負責和承擔震情跟蹤，野外異常調查和資料總結，編寫半年度和年度地震趨勢研究報告，主持周、月震情會商，擬定短臨預報意見和對策，曾成功實現1996年四川省白玉巴塘5.5級地震、1998年雲南省寧蒗6.2級地震、2001年雲南省永勝6.0級地震、1999年人口稠密經濟發達的四川省綿竹5級地震的短臨預報，以及1989年四川省巴塘多次6級強餘震的臨震預報，震前當地政府採取了措施。為此，省局受到省政府和中國地震局嘉獎；所負責的預報研究所1996年5月獲國家人事部和國家地震局的表彰。1998年2月獲國務院頒發的政府特殊津貼證書。
在從事日常分析預報工作的同時作為專題負責人之一參與中國地震局八五、九五、十五期間科研課題，深入開展了川滇地區地震學、震源物理、觀測前兆異常標誌、綜合預測方法、震例和強震預報研究工作。作為主編或副主編，編輯出版書籍《四川中短期地震預報研究》、《1989年四川巴塘強震群》、《1989年四川小金地震》、《1992-1993年西藏尼木地震和拉孜地震》、《西南地區強地震短期前兆特徵和預測方法研究》等；發表科技論文70餘篇，如代表性論文：
程萬正，羅灼禮，從巴塘、小金、江北地震論地震類型的判定，地震，6，1990.
程萬正，巴塘6.7級震群非單一指數衰減的複雜時序結構，地震學報，14（Supp），1992.
程萬正，陳天長，1989年巴塘6.7級震群的複雜時-空擴展和震源力學機制. 地震學報,16(2),1994.
程萬正，康晉山，弱震活動過程的非線形研究,中國地震,10(Supp),1994.
程萬正，四川地區微觀短臨前兆的綜合地震預報方法與判據的研究,地震,1994.
程萬正，地震活動性參數的數理基礎、相關性及篩選,地震學報,21(2),1999.
程萬正，動態損傷D(t)及其在孕震狀態監測中的物理意義,地震學報,21(2),1999.
程萬正，雅江6級地震預測問題的思考,地震,22(2),2002.
程萬正,李桂芳，四川沐川5.7級震群子序列的震源參數變化，中國地震,18（2）,2002.
程萬正，楊永林，川滇地塊邊界構造帶形變速率變化與成組強震，大地測量與地球動力學，22（4），2002.
程萬正，刁桂苓等，川滇地塊的震源力學機制、運動速率和活動方式[J].地震地質, 25(1)，2003.
程萬正，南北地震帶地震轉移圖像與趨勢預測，地震，25（1），2005.
程萬正，陳天長等，2001年四川雅江6級地震的前震與餘震震源參數的變化。地震學報，25（4）2003.
程萬正，阮祥等，川滇次級地塊震源機制解類型與一致性參數，地震學報，28（6）, 2006.
程萬正，喬惠珍，四川地震輻射能量和視應力的研究.地球物理學進展，21（3）, 2006.
程萬正，阮祥等等，川滇次級地塊震源機制解類型與一致性參數.地震學報，28（6）,2006.
曾獲省部級科技進步一等獎1項、二等獎2項、三等獎8項，其中：省部級科技進步一等獎1項（中短期前兆識別準則和評價研究，成果編號200110201）；二等獎2項（（1）成功實現1998年寧蒗5.3、5.2、6.2級地震短臨預報，成果編號9911701；（2）川滇數字地震、前兆場變化及強震預測研究成果編號200511702）；三等獎8項（（1）松潘地震社會經濟影響調查與研究，成果編號901702；（2）1989年四川巴塘強震群，成果編號；（3）各類地震異常短臨前兆標誌體系及綜合預報方法研究，成果編號9610201；（4）成功實現白玉、巴塘Ms5.5級地震短臨預報，成果編號9711702；（5）在人口稠密經濟發達地區成功實現1999年11月30日綿竹漢旺5.0級地震短臨預報，成果編號200111704；（6）2001—2003年度四川省地震趨勢研究報告，成果編號200411702；（7）四川RS衛星遙感系統，成果編號200611702；（8）西南地區強地震短期前兆特徵和預測方法研究，2006EA047-3-R02），為防震減災事業的發展作出了貢獻。
近年負責的國家重點基礎研究發展規劃項目《大陸強震機理與預測》（95130505）課題“川滇西部流動地震實驗場：數字地震、前兆場動態變化與強震機理及預測研究”，取得豐碩成果。對川滇活動地塊與震源力學機制的研究給出了川滇地塊、邊界構造、震源破裂空間展布圖象、震源斷層錯動方式、邊界帶的運動速率、次級地塊的活動方式等重要研究結果。這對川滇特定構造背景條件下震源錯動與巨觀破壞、強震機制與危險性預測、震害評估等有重要的價值。對數字地震記錄分析和強震機理研究，對地震構造小尺度非均勻性和危險性分析都有重要價值。對微震震源參數及演化過程的研究利用P波初動和短周期P、S波振幅測定川滇地區大量的中小地震震源機制解。利用微震體波不同波段資料求得波譜參數隨時間的變化過程，研究了多個地震區中強震前後震源區應力狀態與孕震演化過程。這些結果對大陸地震機理、孕育過程與強震預報有重要的套用前景和拓展空間。對姚安6.5級、雅江6.0級、施甸5.9級震群的深入研究，包括地震的地下流體異常、形變觀測異常、重磁電異常和巨觀異常特徵；給出了震區構造、發震構造、應力場及震前變化和地震破裂過程；地震的短臨跟蹤預測、現場預報和地震應急等。這些研究成果對大陸地震預測研究和套用實踐有重要意義。該課題發表研究論文38篇。當前主研方向：地震學和地震預報。
另外，在為地方和企業防震減災科技諮詢服務方面，作為項目負責人和主研人員之一，曾參予完成金沙江溪落渡水電站工程地震綜合研究項目；松藻礦區地震基本烈度評定與地震危險性研究項目；桐子林電站工程區地殼穩定性評價及地震危險性研究項目；四川省聚脂工程廠址區地震基本烈度鑑定及地震危險性研究項目；巧家金沙江大橋地震安全性評價項目；巧家金沙江葫蘆口橋位及清水溪橋位場地穩定性和地震安全性評價項目；寶雞-彭縣，天水-寶輪石油管道工程活動斷裂調查與地震危險性研究項目等，獲得好評和省局的科技獎。
