單位疫苗
肽疫苗單位疫苗（genetic engineering subunit vaccine）基因工程亞單位疫苗是用DNA重組技術，將編碼病原微生物保護性抗原的基因導入受體菌（如大腸桿菌）或細胞，使其在受體細胞中高效表達，分泌保護性抗原肽鏈。提取保護性抗原肽鏈，加入佐劑即製成基因工程亞單位疫苗。首次報導成功的是口蹄疫基因工程疫苗，此外還有預防仔豬和犢牛下痢的大腸桿菌菌毛基因工程疫苗。
合成肽疫苗
（synthetic peptide vaccine） 合成肽疫苗是用化學合成法人工合成病原微生物的保護性多肽並將其連線到大分子載體上，再加入佐劑製成的疫苗。最早報導（1982）成功的是口蹄疫疫苗。合成肽疫苗的優點是可在同一載體上連線多種保護性肽鏈或多個血清型的保護性抗原肽鏈，這樣只要一次免疫就可預防幾種傳染病或幾個血清性型。目前研製成功的合成肽疫苗還不多，但越來越受到人們的重視，相信該類疫苗在未來的生產實踐中能發揮重要的作用。
抗體疫苗
（antiidiotype antibody vaccine）
抗體抗獨特型抗體疫苗是免疫調節網路學說發展到新階段的產物。網路學說認為，生物體對抗原的免疫答應是通過獨特型（ID）與抗獨特型（Anti-Id）之間的反應而調節的。獨特型是指與某一抗原免疫
應答有關的，能與抗原發生特異性反應的一組細胞（T、B細胞克隆）及其因子（T細胞因子和抗體）所具有的抗原特異性，在正常情況下，機體的Id處於極低水平，當機體受到抗原刺激時，T、B淋巴細胞增殖、抗體水平升高，相應的Id水平也升高，繼而刺激Anti-Id（Ab2）的產生，Anti-Id的產生又可刺激Anti-anti-Id（Ab）的產生。如此循環下去，構成對原始應答的複雜免疫調節網路。當抗原與Ab1結合後，可以阻礙Ab2與Ab1上的Id結合 ，因而說明Ab2能識別Ab1的抗原結合部位。Ab2β模擬抗原，可刺激機體產生與Ab1具有同等免疫效應的Ab3由此製成的疫苗稱為抗獨特型疫苗或內影像疫苗。抗獨特型疫苗不僅能誘導體液免疫，亦能誘導細胞免疫，並不受MHC的限制，而且具有廣譜性，即對易發生抗原性漂變的病原能提供良好的保護力（見圖23-2）。 單抗技術以及“獨特型網路”的發現意味著Ig可被用作“替代”抗原。對糖類和脂類抗原來說，這一方法可以製造一個“蛋白質拷貝”，而蛋白質作為疫苗具有某些優點。
工程活疫苗
（genetic engineering live vaccine）
基因工程活疫苗包括基因缺失疫苗和活載體疫苗二類。
基因缺失疫苗
基因工程（gene defect vaccine） 是用基因工程技術將強毒株毒力相關基因切除構建的活疫苗，該苗安全性好、不易返祖；其免疫接種與強毒感染相似，機體可對病毒的多種抗原產生免疫應答；免疫力堅強，免疫期長，尤其是適於局部接種，誘導產生黏膜免疫力，因而是較理想的疫苗。目前以有多種基因缺失疫苗問世，例如霍亂孤菌A亞基基因中切除94%的A1基因，保留A2和全部B基因，再與野生菌株同源重組篩選出基因缺失變異株，獲得無毒的活菌苗；將大腸桿菌LT基因的A亞基基因切除，將B亞基基因克隆到帶有粘著菌毛（K88，K99，987P等）大腸桿菌中，製成不產生腸毒素的活菌苗。另外，將某些皰疹病毒的Tk基因
切除，其毒力下降，而且不影響病毒複製並有良好的免疫原性，成為良好的基因缺失苗。
活載體疫苗
（live vector vaccine） 是用基因工程技術將保護性抗原基因（目的基因）轉移到載體中使之表達的活疫苗。目前有多種理想的病毒載體，如痘病毒、腺病毒和皰疹病毒等都可以用於活載體疫苗的製備。痘病毒的TK基因可插入大量的外源基因，大約能容納25Kb，而多
數的基因都在2Kb左右，因此可在TK基因中插入多種病原的保護性抗原基因。製成多價苗或聯苗，一次注射可產生針對多種病原的免疫力。國外已研製出以腺病毒為載體的B肝疫苗、以皰疹病毒為載體的新城疫疫苗等。活載體疫苗具有傳統疫苗的許多優點，而且又為多價苗和聯苗的生產開闢了新路，是當今與未來疫苗研製與開發的主要方向之一（見圖23-3）。
DNA疫苗
DNA（DNA vaccine）
這是一種最新的分子水平的生物技術疫苗，套用基因工程技術把編碼保護性抗原的基因與能在真核細胞中表達的載體DNA重組，這種目的基因與表達載體的重組DNA可直接注射（接種）到動物（如小鼠）體內，目的基因可在動物體內表達，刺激機體產生體液免疫和細胞免疫。
植物疫苗
轉基因植物（transgenic plant vaccine）
該苗用轉基因方法將編碼有效免疫原的基因導入可食用植物細胞的基因中，免疫原即可在植物的可食用部分穩定的表達和積累，人類和動物通過攝食達到免疫接種的目的。常用的植物有番茄、馬鈴薯、香蕉等。如用馬鈴薯表達B型肝炎病毒表面抗原已在動物試驗中獲得成功。這類疫苗尚在初期研製階段，它具有口服、易被兒童接受等優點。