歷史沿革
北元(1368年—1402年），明徐達大軍攻陷大元帝國首都元大都後，退居蒙古高原的原元朝宗室的政權，因國號仍叫大元，以其地處塞北，故稱北元。明朝雖承認其獨立性，但否認其為元朝的繼承者。明人認為明興代元，元運已終，明朝才是中國的正統王朝。因此，明初人稱北元大汗為“元君”，稱其國為“殘元”、“故元”，後來稱之為韃靼或北虜。直到1402年鬼力赤殺死叛臣也速迭兒，稱卓里克圖汗，北元正式滅亡。 北元共歷七帝，歷時35年。特別註明：北元僅指大蒙古國的一個階段，因為自從北元後主脫古斯帖木兒敗亡後，蒙語文獻中便不再使用“大元”國號。
當年，阿里不哥與忽必烈爭奪皇位，失敗後鬱郁死去（疑似被忽必烈毒殺）。忽必烈的所做所為無疑引起了阿里不哥子孫與和林方面保守貴族的仇恨。在他們看來，元大都方面無疑是他們不共戴天的仇敵。有元一代，儘管忽必烈及其子孫在祖宗根本之地設立行省，實行宗王出鎮制度，但這塊龍飛之地卻從未平靜過。阿里不哥一係為首的反元鬥爭持續不斷，這就是阿里不哥一派地方勢力與元朝中央勢不兩立的明證。在這種心態驅使下，一旦元朝衰落，對蒙古草原的控制減弱，他們就會奮起反元。1388年，機會來了：北元皇帝、大汗脫古斯帖木兒被叛臣也速迭兒弒殺。關於這位弒汗自立的也速迭兒，《華夷譯語》中所載降明的蒙古知院捏怯來的奏報稱是阿里不哥的子孫。
在脫古斯帖木兒敗亡後的很長一段時間裡，“部帥紛擎”，戰亂頻仍，與外界的聯繫基本中斷。當時的明朝在捕魚兒海戰役勝利後，重點亦轉向了對內部事務的處理。1399年明太祖去世，朱棣與建文帝同室操戈，是為“靖難之役”。這段時間《明實錄》基本上沒有關於蒙古的記載。直到朱棣“靖難“成功，當上了皇帝，才又重新開始了對北部邊防的經略，致書蒙古大汗，要求“遣使往來通好，同為一家”，而此時已是1403年了。這時的蒙古大汗恰恰是鬼力赤（即卓里克圖汗）當明朝方面獲悉蒙古已去大元國號後，遂有(明史)的。"鬼力赤篡立，稱可汗.去國號，遂稱韃靼”的誤載。事實上，“去國號”的不是鬼力赤，而是也速迭兒。
在以後的明代蒙古歷史上，大元國號仍出現，也先汗、達延汗時期即如此。但是，他們恢復大元國號的舉動給明蒙雙方都帶來了巨大的震動，這恰好反映出明代蒙古在大多數時期已取消了大元國號這一事實。
大元國號的廢棄一定意義上意味著蒙古政權放棄了爭奪中原的目標，轉為立足於蒙古本身。“北元”（1368-1388）僅代表一個時期的結束，其後進入《明史》所說的韃靼時期（為明人所稱，蒙方一直以蒙古自稱）。但是從成吉思汗開始的“大蒙古國”政權仍然繼續，直至1635年察哈爾部為滿洲的後金-清所滅亡。故大蒙古國（1206年-1635年）依照中國名稱的劃分，可劃為蒙古（1206年-1271年）-元朝（1271年-1368年）-北元（1368年-1388年）-韃靼（1388年-1635年）。現一般指元朝，為（1206-1368年）。
北元在歷史上發揮了一定的作用，有的學者認為，由於北元的牽制，明朝加強了與琉球等國的聯繫，以獲取火藥等火器對付蒙古騎兵。
退守漠北
明太祖朱元璋大將軍徐達等率師攻陷大都，元順帝妥歡貼睦爾北奔上都，元亡。占據上都的順帝除領有蒙古故地以外，所
依靠的力量主要有三枝：元朝河南王擴廓帖木兒率領十餘萬軍隊，占據山西、甘肅方面。北元朝末代丞相納哈出擁二十餘萬眾據守遼東。元朝梁王直接管轄之下的雲南還有十餘萬軍隊，策應大元皇帝的軍事行動。此外，北元與東面的高麗、西面的畏兀兒地區仍舊保持著政治經濟的聯繫。
1368年冬，元惠宗命大將擴廓帖木兒從山西出兵奪回大都，軍行途中，明太祖命大將徐達襲擊他的後方太原。元軍回師救援，正中計謀，被明軍襲破大營。折兵四萬，僅率十八騎逃入甘肅。山西被明占據。1369年春夏，北元遠相也速幾次進攻通州(今北京通州區)，都被明軍擊退。明軍乘勢北進。惠宗從上都退往應昌(今內蒙古克什克騰旗達里諾爾西岸)，宗王慶生、平章鼎住被明軍追及擒殺，一萬將士被俘。上都陷落。蒙古貴族留戀故元，一直圖謀恢復其在全國的統治，不斷向明統治地區發動進攻，明朝對此深以為患。
洪武時期多次對北元用兵，其中規模較大者有：洪武二年，常遇春、李文忠攻下開平（即上都），迫元順帝北走應昌（今內蒙古自治區克什克騰旗達爾諾爾附近）。三年，以徐達為征虜大將軍出征沙漠，駐守在沈兒峪口(今甘肅定西縣北)的擴廓帖木兒與徐達率領的明軍激戰。擴廓帖木兒大敗，僅與妻子和少數隨從北渡黃河，跑到漠北和林，陝西、甘肅也被明朝占據。 擒北元郯王以下官員一千八百六十五人。左副將軍李文忠等率東路出居庸關，直克應昌，惠宗之孫買的里八刺及后妃、諸王、官吏等多人被俘，解往京師。時順帝已卒，太子愛猷識理達臘僅以數十騎敗走和林（今蒙古人民共和國額爾德尼桑圖附近），會合敗於陝甘的擴廓帖木兒，在和林愛酞識理達臘即皇帝位，稱必力克圖汗，年號宣光，以明年為宣光元年（1371，明洪武四年）。
徐達元節節敗退，朱明打算一勞永逸徹底毀滅它的勢力，以絕後患。洪武五年，明軍十五萬兵分三路，出擊
漠北。中路徐達出雁門趨和林，東路李文忠由居庸出應昌，西路馮勝由金蘭趨甘肅。中路軍由徐達統率，在土刺河打敗擴廓帖木兒的軍隊，隨後擴廓貼木兒與元將領賀宗哲合軍，向徐達的主力發起進攻，徐達被擊敗，其所率明軍遭到毀滅性打擊，明軍死亡數萬人。李文忠所率東路軍與北元兵在克魯倫河、土剌河、鄂爾渾河一線受挫。馮勝所率之西路軍，在甘肅永昌、掃林山〔在肅北〕等地擊敗數枝北元軍。出蘭州，由亦集乃路（今內蒙古自治區額濟納旗東南的黑城）至瓜州（今甘肅安西東）、沙洲（今甘肅敦煌西），取得了一定的勝利。這一次明對元的戰爭，西路軍勝利，中路軍失敗，東路軍失敗，整體以失敗告終。明軍在短時期內不敢再深入草原作戰，北元則爭取了喘息時間，雙方在邊境地區不斷發生拉據式的衝突。此後，明太祖朱元璋吸取此役受挫的教訓，採用尺進寸取，專事經營沿邊地區的方針，向遼東和青海方向延伸，得地後隨即設衛，避免孤軍深入漠北，北元諸王將士相繼歸附。1375年〔宣光五年，洪武八年〕，元朝皇帝倚為股肱的擴廓帖木兒病死於漠北，使北元軍隊失去了一位能征慣戰的驍將。這一年納哈出進攻遼東州城，屢被擊敗。
雲南失陷
雲南行省明朝在不惜勞師費財屢征元朝的同時，對主動投降和戰爭中被俘的大批北元貴族、官吏和軍民，都給予優厚的待遇並予安置。明朝希望藉此招引更多的北元人馬。明初幾十年間，確實有大量的蒙古人和漢人從北方跑到內地，成為明朝的臣民。當然，明朝的最終目的是招降北元皇帝。朱元璋曾封昭宗愛獻識理達臘之子買的里八刺為崇禮侯，不久將他送還漠北，並幾次遣使給愛酞識理達臘送信，勸他及早歸降。但是明朝皇帝從來沒有得到元朝皇帝的回音。
脫古思帖木兒就是愛猷識理達臘之子買的里八剌。1370年在應昌時曾被明軍俘虜，1374年被送還。1378年愛猷識理達臘死去，謚昭宗。他繼任元朝皇帝，稱烏薩哈爾汗，年號天元(1379-1388)，是為元益宗。他對明朝堅持繼續不妥協的立場。其丞相驢兒、蠻子、哈剌章和國公脫火赤等集軍於應昌、和林、扣掠塞下。明朝多次召降不成，於洪武十三年派沐英率師出討，戰於亦集乃路，俘獲其國公脫火赤、樞密知院愛足、平章完者不花等，其餘眾多降。與此同時，明廷又開始對雲南及遼東的經略，以翦除北元在此兩地的勢力。據守雲南的梁王把匝剌瓦爾密為元世祖忽必烈第五子忽哥赤的後裔，明兵取大都後與北元遙相呼應，執臣節如故，又兩次殺害明廷的勸降使節。太祖遂決定用兵。洪武十四年七月，命傅友德為征南將軍，藍玉、沐英為副將軍，往征雲南。守雲南的元軍遭明朝大軍的征討。明朝將領在曲靖擊敗司徒平章達里麻所將領精兵十餘萬，俘二萬，後直取昆明。梁王見大勢已去帶著妻、子一同投滇池自殺。左丞達的、右丞驢兒均自殺。與漠北蒙古貴族逐相呼應的這支力量被消滅了。藍玉、沐英相繼攻取大理等地，平定雲南。
遼東失陷
明朝遼東1381年，朱元璋在進攻脫古思帖木兒之前，需要消滅納哈出。被譽為知兵善戰的納哈出率20萬元軍眾駐紮金山(吉林雙遼縣)一帶，始終沒有受到很大的軍事衝擊。這支強大的勢力，使明朝攻打元朝汗庭時的掣肘之患。
洪武二十年，明以馮勝為大將軍，與傅友德、藍玉等率兵二十萬出征東北，明軍步步為營，修築寬河(河北寬城縣)、會州、富峪(河北平泉縣境)、大寧(今內蒙古寧城縣)四座城，用以存積糧草，當作根據地。隨後大軍直趨金山。明軍壓境，納哈出深感不安。這時明軍派來了使者，勸他投降，不久納哈出的部將全國公觀童向明稱臣。經過一番猶豫動搖，最後納哈出投降了，二十萬部眾除一些逃散的之外，都作了俘虜，其中僅官員將校就有三千三百多人。納哈出被朱元璋封為海西侯。 自此遼東盡屬明有，漠北與高麗的聯繫亦被阻絕。納哈出率部投降，使形勢發生了巨大的變化。朱元璋立即命藍玉為大將軍，征討下一個更主要的目標——脫古思帖木兒。他認為"肅清沙漠，在此一舉"，因此要求藍玉勿失時機，必取成功。
走向滅亡
1388年三月，藍玉率師十五萬北進。四月，來到捕魚兒海(今貝爾湖)附近，距離脫古思帖木兒汗帳不過百餘里路程。脫古思帖木兒以為明軍與納哈出作戰不久，糧草匱乏，不會深入北方再戰，沒有作迎敵的準備。而明軍前鋒奔襲他的大營之時，恰好風沙彌天，幾十步外不見人。明朝兵馬突然出現，脫古思帖木兒根本不能作有效的抵抗，太尉蠻子倉促上陣，很快戰敗被殺。脫古思帖木兒帶著太子天保奴、知院捏怯來、丞相失烈門等數十人逃往和林方向，行至土剌河一帶，為其部將也速迭兒所縊殺，捏怯來、失烈門逃去南下，投降了明朝。 這一次戰役，脫古思帖木兒的次子地保奴、嬪妃公主一百二十三人、官員三千餘、人口七萬七千多、馬駝牛羊十五萬多頭，以及大量印章、圖書、兵器、車輛，都被明軍俘獲。
這次的失敗使黃金家族——忽必烈家族的大元政權喪失了在蒙古人中至高無上的中央汗國的地位，大多數蒙古部落宣布脫離它而獨立。乞兒吉斯部（分布在葉尼塞河上游沿岸）首領鬼力赤，否認殘元皇帝額勒伯克的宗主權，於1402年打敗並殺死了他，取得了統治各部的霸權。至此合法的元朝皇帝不復存在了，蒙古各部又回到了爭奪蒙古帝國大汗寶座的紛爭當中。
捕魚兒海戰役使北元貴族遭到最大的失敗。如果說在此之前他們或許還有著重振勢力入主中原的希望，那么這個希望到這時就完全破滅了。自脫古思帖木兒死，蒙古內部開始陷入連綿不斷的內訌之中，其間雖然有過幾次統一，但對明朝始終未能構成傾復性的威脅。韃靼一明朝的南北對峙，從脫古思帖木兒敗亡之後成為定局。
韃靼時期
明成祖殘元的滅亡，使明朝失去了政治上的最主要敵人，蒙古已經成為了“邊患”，而不再是前一王朝殘餘勢力。因此，永樂帝對於
鬼力赤表示了極大的友好，承認了他對於蒙古各部的宗主權。
但鬼力赤也並沒有保持汗位有多久，便在1408年被阿蘇特部阿魯台和衛拉特（瓦剌）部馬哈木的聯軍殺死。阿蘇特部是蒙古化了的伊朗人，起源於高加索，因蒙古帝國西征而進入四川、蒙古高原，元朝時期，有幾個軍團全由他們組成。而衛拉特部是森林蒙古人中的一個強大的部落，在成吉思汗時代被稱為“林木中百姓”，主要定居在貝加爾湖西岸。
阿魯台和馬哈木都不想成為蒙古帝國的大汗，他們最為希望的還是自己的部族獨立於蒙古人之外而獲得外部承認，因此，在打敗鬼力赤後，便表示效忠明朝，證明自己不同於其他爭奪蒙古帝國汗位的部族。這樣是明朝求之不得的，明政府給了他們極大的支持。依靠這種支持，衛拉特部將其勢力範圍擴張成從貝加爾湖西岸到額爾齊斯河上游的整個西蒙古地區。
然而，阿蘇特部和衛拉特部對於蒙古中部和東部控制都沒能長久，鬼力赤之子額色庫重新崛起，要與阿魯台和馬哈木爭奪大汗寶座，雙方進行了十幾年的戰爭，直到額色庫於1425年病死。
北元在額色庫不停的與阿魯台和馬哈木爭奪最高宗主權的同時，在1408年，殘元末代
皇帝額勒伯克之子本雅失里復辟了自己的汗位，宣布自己為蒙古帝國的大汗。作為黃金家族的後代，本雅失里無疑要比阿蘇特部和衛拉特部具有號召力，不久，包括阿魯台在內的各蒙古部落聚集在這位正統代表者一邊。而好不容易盼到忽必烈家族衰亡的明朝，對這位新一任蒙古大汗的敵視是不言而喻的，永樂皇帝下旨要本雅失里作出臣屬的明確表態。但希圖重現祖上功業的本雅失里怎么會向推翻自己家族在中國皇位的朱氏家族表示臣服呢？因此，明成祖率軍隊進軍蒙古本土，直抵成吉思汗故地—鄂嫩河上游平原，於1410－1411年擊潰了本雅失里和阿魯台的軍隊。這次失敗對本雅失里來說是致命的，因為這使他喪失了作為大汗的權威。
瓦剌時期
江山易主
1412年，衛拉特部首領馬哈木乘機攻殺本雅失里，奪取了汗位，與大明斷交。永樂帝又率兵征討蒙古高原，雖然馬哈木的抵抗使明軍遭到慘重失敗，但為了保存實力，他率軍撤退到土拉河以西休養生息。馬哈木的威信由於這次入侵暫時受損，他未能阻止明朝軍隊進入蒙古草原。
馬哈木逃走後，大汗寶座又懸空了下來，這時，居住在大興安嶺以東、滿洲邊境的嫩江附近的科爾沁部首領阿台在1425年率部眾占領了蒙古中東部地區。那個見風使舵的阿蘇特部首領阿魯台，這回又支持阿台殺死了本雅失里，擁立阿台為蒙古帝國大汗。科爾沁人是成吉思汗弟弟哈撒兒的後裔，也屬於黃金家族。永樂帝朱棣又開始支持衛拉特部。
永樂帝所貫徹的為了打倒黃金家族而扶持衛拉特勢力的政策，在他死後才發生了效力。在1434至1438年間，衛拉特首領、馬哈木之子脫歡率軍攻進蒙古東部，殺死了帝國大汗阿台和他的重要輔臣阿魯台，奪得了大汗寶座。雖然，黃金家族——忽必烈家族的一個王子、額勒伯克之子、本雅失里的兄弟阿占在此時被擁護正統的首領們宣布為大汗，但在事實上，蒙古的帝國已經從黃金家族—忽必烈家族轉到了衛拉特—綽羅斯家族人手中。
攻打明朝
親征瓦剌的明英宗朱祁鎮對於明朝皇帝來說，成吉思汗的黃金家族的元朝已經完結了，草原的這些新君主是一支沒有顯赫歷史的民
族，他們在帝國的歷史上既不顯赫也不重要，他們不可能如黃金家族那樣具有無上的威望和號召力。那么，元對於明的威脅就應該自此結束了。
但衛拉特人並沒有忘記他們繼承的是蒙古帝國的汗位，雖然在表面上，他們把自己和其他蒙古人尤其是黃金家族的距離拉得很遠，但他們無時無刻不在想著恢復蒙古帝國原來的疆域。
在明國還比較強的時候，衛拉特人是不會隨便捋虎鬚的，他們還記得祖上馬哈木的教訓。因此，恢復帝國的第一刀他們向西南地區的察合台汗國砍去。脫歡的兒子額森（也先）擊敗了東察合台汗國的衛思汗，強娶了他的妹妹哈尼木公主，因為衛思汗是黃金家族，所以這一政治聯姻，使得衛拉特人有了足以號召所有蒙古人的血統。
額森繼承其父脫歡的汗位時，蒙古帝國的疆域從巴爾喀什湖延伸到貝加爾湖，又延伸到長城附近。象徵為正統地位的原首都哈拉和林也是新的蒙古帝國的神聖領土不可分割的一部分。1449年，他向大明公主求婚遭到悔婚，於是，額森蹂躪了山西北部、大同附近的明邊境。明英宗及太監王振前往迎戰。在土木堡展開戰鬥。額森給了明軍災難性打擊，殲滅明軍10餘萬人，俘虜明英宗。因不善圍攻戰，額森無法攻陷該地的設防城市大同和宣化，於是，帶著俘虜英宗皇帝返回蒙古高原。
降明稱臣
領導京師保衛戰的于謙三個月以後，他捲土重來，進軍至北京西北郊，但他遇到明朝名將于謙的抵抗，發動的各次進攻都被打退
，不久明朝的各路援軍趕來。由於受到優勢兵力的威脅，他沿居庸關撤退。1450年，額森決定釋放明英宗，並於1453年與明議和，並宣布自己是明的屬臣，這一行動表明他拋棄了蒙古帝國的宗主權，把自己看成是一個獨立的可汗。這樣做無疑並不明智，原本已經臣服於他的各黃金家族的部落和汗國又重新自立。
1455年，額森被暗殺。額森之子阿馬桑赤台吉繼其父汗位，在1456年進攻東察合台汗國，在伊犁河附近大敗羽奴思汗。而在這時，皇后哈尼木（察合台汗國衛思汗妹妹）在後方製造混亂，她的兒子亦不刺忻和也里牙思兩兄弟對阿馬桑赤發動叛亂，卻沒有成功。但經過這次內亂，衛拉特的實力嚴重的被削弱了。
韃靼後期
達延復辟
在衛拉特人實力削弱的時候，成吉思汗後裔們並未立即組織反攻，因為他們正在家族戰爭中互相殘殺。
達延汗1467年，成吉思汗的第27代繼承人滿都古勒大汗在討伐他的侄孫和繼承人博勒呼濟農的一次戰爭中去世。而博勒呼濟農在他能夠稱汗之前的1470年也被暗殺。一度人丁興旺的黃金家族中，現在僅剩下一個5歲的男孩博勒呼濟農之子達延。
達延的命運及其不幸，家族的長輩都在內訌中死去，小小的孩子孤苦無依，連他的母親都拋下他改嫁了，這簡直比成吉思汗年幼時的遭遇還要悲涼。所幸，滿都古勒汗的年輕遺孀滿都海賽音可敦把他置於自己的保護之下。滿都海賽音可敦是一個了不起的女人，她不但撫養了達延，還在1470年宣布他為大汗。最為難得的是，滿都海賽音可敦作為女人率領軍隊打敗了衛拉特人，將他們徹底趕出了蒙古中東部地區。為達延汗日後的統治奠定了基礎。
達延汗在位時間37年，從1470年到1517年。在1481年親政之後，達延汗鎮壓了右翼的土默特人、兀良哈人的叛亂。並從1497年到1505年間，他對從遼東到甘肅的明國邊境地區進行了一系列卓有成效的攻擊，使得明國無法與衛拉特人聯繫。
明朝後期的蒙古形勢1543年達延汗去世之後，他的孫子博迪繼承了汗位。雖然廣大的領土被達延汗的眾多子孫瓜分，但從1544年到1634年蒙古帝國的汗位一直穩固的在達延汗的長支後裔察哈爾部中傳承，歷經博迪汗（1544－1548年）、庫登汗（1548－1557年）、圖們札薩克圖汗（1557－1593年）、徹辰汗（1593－1604年）和林丹汗（1604－1634年）。
雖然達延汗的長期統治穩定了蒙古帝國汗位傳承，但並沒有克服蒙古民族的最大弱點—實行瓜分家族遺產的習慣法。當帝國的創建者死後，帝國便成了一種類似聯邦式的家族國家，國內的各級首領，都是兄弟或堂兄弟，他們雖然承認察哈爾部的最高權力，但處於半獨立狀態。
走向衰微
隨著時間的流逝，察哈爾部的汗位繼承者們逐漸失去了足以統治整個蒙古的力量，西方的衛拉特人和東方興起的通古斯人（滿人）都是他們可怕的敵人。但這個時候，衛拉特人正在對付哈薩克汗國、沙皇俄國以及內部的綽羅斯家族與和碩特家族的權力爭奪，因此，結束蒙古帝國歷史的，只能是通古斯人建立的後金帝國了。
1604年，林丹汗繼承汗位，接受黃教沙爾巴呼圖克圖的灌頂戒教，稱林丹庫圖克圖汗。林丹汗並不是一個昏庸無能的可汗，他早已看出後金帝國對於蒙古的野心，因此上從繼位始，便開始重新統一各部，自稱“統領四十萬眾蒙古國巴圖魯青吉斯汗”。1627年派兵收服右翼鄂爾多斯、喀喇沁、土默特等部，與喀爾喀部卻圖汗結為聯盟，聲威大振，所轄地域東起遼東，西至甘肅。但是，次年，朵顏兀良哈的蘇布台、喀喇沁的達來台吉、土默特和布石圖汗、額爾多斯的額仁沁濟農以及永謝布、阿蘇惕、阿巴嘎、喀爾喀等部聯合組成大軍十萬，在土默特的召城一戰中，消耗了林丹汗精銳兵力四萬餘人，這使得林丹汗的實力大為削弱，而他的敵人是綜合了蒙古人的彪悍和漢人的謀略的後金皇帝努爾哈赤和皇太極，這就注定有勇猛少計謀，統治著的已經衰微的蒙古帝國的他只能失敗。
歸附後金
征服漠南蒙古的皇太極努爾哈赤時，科爾沁部、扎魯特部便在聯姻之下歸附了後金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部為了避免林丹汗的報復，也投奔了後金。1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科爾沁部。後金出兵援助科爾沁，林丹汗退走。皇太極即位後，把林丹汗做為主要的敵人。1628年，派遣貝勒阿濟格與老哈河上游受林丹汗統治的喀喇沁部會盟，共擊林丹汗。9月，皇太極親率大兵至綽洛郭爾，宴會察哈爾部控制下的敖漢、奈曼、喀爾喀、札魯特和喀喇沁等部領兵前來的諸首領。林丹汗空有大汗之名，但已經陷入了孤立，被迫退出西拉木倫河流域，至歸化城（今呼和浩特）固守。
1632年4月，皇太極再率大軍西進，多爾袞從征。至西拉木倫河畔，會集蒙古諸部兵，共擊林丹汗。面對勢力遠勝自己的敵軍，林丹汗無奈自歸化城驅人畜十萬渡黃河西逃。但面對已經大勢已去的局勢，部眾十之七八在途中散去。林丹汗逃奔青海，兩年後在青海打草灘病死，他臨死前，也許會和明朝的末代皇帝崇禎一樣，哀嘆“朕不是亡國之君！”，他們都努力過了，但是他們的才能都無法使他們重現祖上的榮耀。
1635年，多爾袞與岳托等領兵萬人渡河，招降林丹汗部眾於額哲，林丹汗的妻子和兒子歸降，交出大汗印信，整個漠南蒙古完全納入了後金的版圖，蒙古帝國的汗位至此斷絕，而蒙古帝國，也永遠的消失了。
明朝防禦北元
設立羈縻衛所
明朝疆域這類衛所以降附明朝的首領為都督、都指揮使、指揮使、千戶、百戶、鎮撫等官職，自己管理內部事務定期向明廷朝貢。蒙古地區最著名的是泰寧衛(今吉林洮安一帶)，初以遼王阿札失里為指揮使；福余衛(今齊齊哈爾一
帶)，以海撒男答奚為指揮同知；朵顏三衛(今綽爾河流域)，初以脫魯察兒為指揮同知。泰寧、福余、朵顏三衛統稱兀良哈三衛或朵三衛，一直存在至明朝末年。在三衛的的西北面還曾設立斡難衛(今鄂嫩河流域)、堅河衛(今額爾古納左旗根河一帶)、海剌千戶所(今海拉爾一帶)、哈剌孩衛(今哈刺哈河流域)等，這些衛所在設立後不久都消亡了。在今包頭、呼和浩特、集寧地區一度設立官山、失寶赤、五花城、斡魯忽奴、燕只、瓮吉剌等千戶所，隨著蒙古勢力的逐漸南下，這些千戶所也很快消亡了。
在明朝的西北地區，即今甘肅、青海西部，以及東察合台汗國地區先後設立安定、阿端、曲先、罕東、罕東左、沙州、赤斤蒙古、哈密等八衛，以蒙古族首領為指揮使等官，有的還封以王號。
築建長城壕垣
明長城從鴨綠江起，沿著今撫順、昌圖、遼河下游、黑山、義縣、山海
關一線，修築了壕垣。東從山海關起，西至嘉峪關，經過十八次大興土石，修築了長城，稱為邊牆，其中宣化、大同之南還修築了內長城，稱為次邊，這就是今日見到的萬里長城。這些花費了無數人力、物力、財力而修築的長城和壕垣，基本上都是為了防禦蒙古騎兵的南下。
沿長城設重鎮
嘉峪關自明初至中葉，明朝先後設定了九個重鎮統領前線軍士，這九個重鎮統稱九邊鎮，即：遼東鎮(治廣寧，今遼寧北鎮)、薊州鎮(治三屯營，今河北遷西縣西北)、宣府鎮(治宣府，今河北宣化)、大同鎮(治所在今山西大同)、
山西鎮(治所在今山西寧武)、延綏鎮(治所在今陝西榆林)、寧夏鎮(治所在今銀川)、固原鎮(治所在今寧夏固原)、甘肅鎮(治所在今甘肅張掖)。各鎮都有總兵官、巡撫，數鎮之上還有總督。這些封疆大吏統領的兵力，多時達百萬，少時也有幾十萬，約占全國兵力的三分之二。如此眾多的兵力，當然基本上也是為了阻止剽悍的蒙古騎兵。
元朝被推翻之後，蒙古貴族企圖收復中原，於是不斷組織力量反擊。朱元璋為了鞏固自己的統治，對蒙古採取征討和招撫並用的策略。其結果，雙方都沒有能夠如願以償，形成了南北對峙的局面。
明在二十多年間，對北元進行了一系列軍事征討，取得了很大的勝利。然而他們知道，這離徹底消滅撤離中原的中央王朝元朝所謂殘餘勢力還差得很遠。蒙古的軍事力量雖然在元朝後期一度衰敗,但回歸到了草原，蒙古人很快就恢復了昔日剽悍勇武的素質再次表現出吃苦耐勞、能征慣戰的特點。同時，明軍儘管三五次深入北方作戰，可是由於後勤、生活習慣諸方面原因，並未能占據草原地區多久。北元一蒙古終始是明王朝的巨大威脅。《明史·兵志》說："終明之世，邊防甚重"，主要就是指對北方蒙古防禦而言的。為了保障北方邊境的安全，明朝在一系列軍事勝之後，在能夠控制的蒙古地區和蒙明邊境建立了許多設定。這些設定，有的鏇設鏇滅，有的長期存在並有所變化。
北元世系
廟號 | 漢語諡號 | 汗號 | 名字 | 年號 | 身世 | 在位年 |
| 惠宗 | 宣仁普孝皇帝, 順皇帝 ,（, 明太祖 ,謚） | 烏哈噶圖汗 | 妥歡帖睦爾 | 至正 | 元明宗 , 長子 | 1368年-1370年 |
| 昭宗 | 武承和孝皇帝 | 必利克圖汗 | 愛猷識理達臘 | 宣光 | 元惠宗 , 長子 | 1370——1378 |
| 益宗 | 寧孝皇帝 | 烏薩哈勒汗 | 脫古思, 帖木兒 | 天元 | 元惠宗次子 | 1378——1388 |
| 恭宗 | 興原皇帝 | 卓里克圖汗 | 恩克卓里克圖 | 元益宗長子 | 1389——1391 | |
| 恩克卓里克圖汗 | 也速迭兒 ,（有人認為是恩克卓里克圖） | 1391——1394 | ||||
| 康宗 | 大古皇帝 | 尼古埒蘇克齊汗 | 額勒伯克 | 元益宗次子 | 1394——1399 | |
| 愍宗 | 順天皇帝 | 脫歡 ,汗 | 坤帖木兒 | 元康宗之子 | 1400——1404 | |
| 韃靼 , 時期 | ||||||
| 威宗 | 月魯, 帖木兒汗 | 鬼力赤 | 1404——1408 | |||
| 純宗 | 完者帖木兒汗 | 本雅失里 | 1408——1412 | |||
| 達利巴 | 1412——1415 | |||||
| 阿台 | 1415——1438 | |||||
| 額色庫汗 | 斡伊剌歹 | 1415——1433 | ||||
| 岱總汗 | 脫脫不花 | 1433——1451 | ||||
| 隱帝 | 滿都古勒汗 | 阿噶, 多爾濟 | 1451——1453 | |||
| 天聖汗 | 也先 ,（, 額森 ,） | 1453——1454 | ||||
| 烏哈克圖汗 | 烏爾古爾吉思 | 1454——1465 | ||||
| 摩倫汗 | 脫古斯, 蒙克 | 1465——1466 | ||||
| （空缺） | ||||||
| 烏格克圖汗 | 滿都魯 | 1475——1478 | ||||
| 滿都海 ,（稱制） | 1478——1487 | |||||
| 烈宗 | 達延汗 | 巴圖 , 蒙克 | 1487——1517 | |||
| 巴爾斯博羅特 | 1517——1519 | |||||
| 阿拉克汗 | 博迪 | 1519——1547 | ||||
| 庫騰汗 | 達賁遜 | 1547——1557 | ||||
| 札薩克圖汗 | 圖門 | 1557——1592 | ||||
| 神宗 | 徹辰汗 | 布延 | 1592——1604 | |||
| 林丹 | 1604——1634 | |||||
註：鬼力赤以後元朝稱謂不在史籍中出現，韃靼是明人對蒙古本部的稱呼，但仍然是蒙古高原君主。猶如遼代多次在契丹和遼國號之間進行轉換，但後世統稱為遼。此時的蒙古本部經常對明朝稱臣，對內稱帝（汗）。
