站點：靈岩南路站-上南路站-華夏西路站－高清路站－東明路站－高科西路站－臨沂新村站－上海兒童醫學中心站－藍村路站－浦電路站－世紀大道站－源深體育中心站－民生路站－北洋涇路站－德平路站－雲山路站－金橋路站－博興路站－五蓮路站－巨峰路站－東靖路站－五洲大道站－洲海路站－外高橋保稅區南站-航津路站－外高橋保稅區北站－港城路站。
另設港城路車輛段（與10號線共享）和三林停車場。
6號線目前採用大小交路混合運營方式，靈岩南路至港城路為大交路，上海兒童醫學中心至巨峰路為小交路。
全線4節遍組，採用上海阿爾斯通交通設備有限公司生產的C型車，站台按照4節編組列車建設。
換乘車站：
世紀大道（與2、4號線換乘）
藍村路（與4號線換乘）
由於車輛尚未完全到位，6號線目前運營時間隔間較長，尖峰時間較擁擠。
6號線首末班車時刻表：
首班車
車站 港城路方向 車站 靈岩南路方向
港城路 7:12 港城路 6:00
外高橋保稅區北站 7:09 外高橋保稅區北站 6:02
航津路 7:06 航津路 6:05
外高橋保稅區南站 7:03 外高橋保稅區南站 6:08
洲海路 7:00 洲海路 6:11
五洲大道 6:58 五洲大道 6:14
東靖路 6:55 東靖路 6:16
巨峰路 6:53 巨峰路 6:18
五蓮路 6:51 五蓮路 6:21
博興路 6:49 博興路 6:23
金橋路 6:47 金橋路 6:25
雲山路 6:44 雲山路 6:27
德平路 6:42 德平路 6:29
北洋涇路 6:40 北洋涇路 6:32
民生路 6:37 民生路 6:34
源深體育中心 6:35 源深體育中心 6:36
世紀大道 6:33 世紀大道 6:39
浦電路 6:30 浦電路 6:41
藍村路 6:28 藍村路 6:44
上海兒童醫學中心 6:25 上海兒童醫學中心 6:47
臨沂新村 6:22 臨沂新村 6:49
高科西路 6:20 高科西路 6:52
東明路 6:17 東明路 6:54
高青路 6:14 高青路 6:57
華夏西路 6:12 華夏西路 7:00
上南路 6:10 上南路 7:02
靈岩南路 6:08 靈岩南路 7:04
末班車
車站 港城路方向 車站 靈岩南路方向
港城路 22:30 港城路 21:11
外高橋保稅區北站 22:27 外高橋保稅區北站 21:13
航津路 22:24 航津路 21:16
外高橋保稅區南站 22:21 外高橋保稅區南站 21:19
洲海路 22:18 洲海路 21:22
五洲大道 22:16 五洲大道 21:25
東靖路 22:13 東靖路 21:27
巨峰路 22:11 巨峰路 21:29
五蓮路 22:09 五蓮路 21:32
博興路 22:07 博興路 21:34
金橋路 22:05 金橋路 21:36
雲山路 22:02 雲山路 21:38
德平路 22:00 德平路 21:40
北洋涇路 21:58 北洋涇路 21:43
民生路 21:55 民生路 21:45
源深體育中心 21:53 源深體育中心 21:47
世紀大道 21:51 世紀大道 21:50
浦電路 21:48 浦電路 21:52
藍村路 21:46 藍村路 21:55
上海兒童醫學中心 21:43 上海兒童醫學中心 21:58
臨沂新村 21:40 臨沂新村 22:00
高科西路 21:38 高科西路 22:03
東明路 21:35 東明路 22:05
高青路 21:32 高青路 22:08
華夏西路 21:30 華夏西路 22:11
上南路 21:28 上南路 22:13
靈岩南路 21:26 靈岩南路 22:15
