IO.SYS的內部啟動選單
Win 9X的IO.SYS由原DOS的系統檔案IO.SYS、MSDOS.SYS合併而成，提供標準硬體的輸入/輸出接口和DOS的中斷調 用，功能全面增強，它基本上控制著Win 9X的全部啟動過程，是Windows的DOS實模式的核心檔案。但它需要根據MSDOS.SYS的設定才能實 現正常的啟動過程。
IO.SYS可由啟動功能鍵改變啟動過程，這些功能鍵對應著啟動選單各選項：功能鍵
對應的啟動選單項 F4：
Previous MS-DOS version F5：
Safe mode Shift+F5： Command prompt only F6：
Safe mode with network support F8：
啟動時調出啟動選單 Shift+F8： Step-by-step confirmation 系統啟動出現“Starting Windows 95...”時按下功能鍵即可
IO.SYS提供啟動選擇選單，便於用戶根據需要選擇啟動方式：
⑴Normal
正常啟動模式(默認的啟動方式)
當MSDOS.SYS中的BootWin=0時，選擇本項系統將啟動舊版DOS
⑵Logged(BOOTLOG.TXT)
正常啟動模式，同時在根目錄下形成BOOTLOG.TXT
BOOTLOG.TXT記錄了啟動過程中發生的所有情況，是Win 9X系統啟動過程唯一全面的診斷記錄，可供用戶檢查啟動過程中的問題
⑶Safe mode
安全模式的GUI，螢幕四角有“安全模式”字樣不載入CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT，也不載入啟動程式組中任何程式，只載入最基本硬 件配置 (標準VGA模式，無音效卡、光碟機等)，即最簡單的GUI啟動，用於糾正因硬體配置等造成的GUI啟動問題。系統出現問題無法正常啟動時，多數情況 下會進入該啟動模式，但該模式能解決的問題非常有限，多用於顯示器等配置系統配置主要在控制臺上調整。要進入正常的GUI，必須重新啟動
⑷Step-by-step confirmation
單步執行 Windows啟動
用於確定因系統檔案損壞造成的啟動故障，該方式僅能確定DOS啟動過程中的系統問題，主要修正Config.sys和Autoexec.bat中存在的問題要確定GUI啟動過程中的問題，只能藉助BOOTLOG.TXT檔案
⑸Command prompt only
僅執行完整的實模式 DOS啟動過程，進入純DOS狀態載入全部支持Win啟動的DOS驅動程式，主要用於只能運行於純DOS模式下的套用軟體或解決嚴重的系統問題，可用命令Win啟動正常的GUI
⑹Safe mode command prompt only最簡單的 DOS啟動僅執行最基本的IO.SYS、MSDOS.SYS和 COMMAND.COM三個系統檔案，不載入默認驅動程式(HIMEM.SYS、IFSHLP.EXE和SETVER.EXE)和CONFIG.SYS， AUTOEXEC.BAT，其它的環境默認值同Win 9X 的設定，該模式無法繼續啟動正常的或安全模式的GUI，主要用於處理最嚴重的系統故障。
⑺Previous MS-DOS version
啟動舊版DOS，執行雙重啟動根目錄下應有以.DOS為擴展名保存的五個原DOS系統檔案。該選項的出現由MSDOS.SYS中的參數 “BootMulti”控制注意：當MSDOS.SYS中的BootWin=0時，選擇本項將啟動正常的Win 9X系統 ⑻Safe mode with network support帶實模式網路訪問的安全模式該選項的出現由MSDOS.SYS中的參數 “NetWork”控制用於排除網路系統的PC故障，可通過實模式網路系統，獲得更大的系統支持
IO.SYS提供的擴展的DOS默認配置
IO.SYS在啟動時與DOS的最大不同，是提供能滿足大多數DOS套用的預設CONFIG.SYS配置，能夠自動載入必要的驅動程式，以保證Win 9X正常啟動，具體內容如下：
HIMEM.SYS
：支持1M以上記憶體，提供擴展記憶體(XMS)管理保證Win啟動的必需檔案
DBLBUFF.SYS
：雙重快取驅動程式，僅需要時載入，多用於支持SCSI卡
IFSHLP.EXE
：增強的檔案管理驅動程式，支持Win的VFAT系統保證Win啟動的必需檔案
SETVER.EXE
：版本登錄服務，消除版本限制，僅在DOS下用
Dblspace.bin
：DOS 6.0磁碟壓縮驅動程式，僅在硬碟被壓縮時才載入
Drvspace.bin
：DOS 6.22以後的磁碟壓縮驅動程式，同上
DOS=HIGH,UMB
：將DOS系統移入HMA，以留出更多的常規記憶體而UMB對系統沒有任何作用，實屬擺設
FILES=30
：能打開的最大檔案數，能滿足大多數套用僅為DOS下使用，Win 9X不需要
BUFFERS=30
：設定最大的磁碟緩衝區數，能滿足大多數套用僅為DOS使用，Win 9X不需要
FCBS=4
：檔案控制塊數，現已極少使用，僅為DOS使用
LASTDRIVE=Z
：最大盤符設定，該值設定過小，將無法載入光碟機
STACKS=9,256
：設定棧數目、大小，該設定為舊程式使用Win 9X系統不需要
SHELL=COMMAND.COM/P ：指定Win 9X命令行處理程式
IO.SYS提供的系統環境設定如下：
命令查尋路徑 ： PATH=C:\Windows;C:\Windows\COMMAND
DOS提示符 ： PROMPT=$P$G
臨時檔案目錄 ： TEMP=TMP=C:\Windows\TEMP
命令行處理程式位置：COMSEPC=C:\Windows\COMMAND\COMMAND.COM
IO.SYS提供了較完善的系統配置，使取消CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT成為可能。出於兼容性考慮，IO.SYS不載入 EMM386.EXE驅動，不提供擴充記憶體EMS和上位記憶體UMB。EMM386.EXE在系統搜尋新硬體時可能引起系統當機，在日常使用時不會有問題。
IO.SYS控制下的啟動過程
⑴系統啟動時，IO.SYS顯示“Starting Windows 95...”，此時可由啟動功能鍵選擇啟動方式。
⑵IO.SYS根據啟動選單選擇和MSDOS.SYS的配置確定啟動模式。
⑶若使用原DOS系統，IO.SYS自動將DOS和Win 9X的系統啟動檔案對換，然後由原DOS控制系統啟動過程。(即Win 9X的雙重啟動過程最終是由IO.SYS控制完成的，與引導記錄等無關)
⑷IO.SYS根據啟動模式先由CONFIG.SYS進行系統硬體配置，若CONFIG.SYS中沒有載入Win 9X啟動的必需檔案(如 HIMEM.SYS、IFSHLP.EXE等)，系統則根據默認設定自動載入。(如果要載入使用擴展記憶體的驅動程式，如EMM386.EXE等，必須在 CONFIG.SYS第一行加上HIMEM.SYS驅動，否則由於系統此時未提供擴展記憶體，EMM386.EXE等程式將無法運行)
⑸完成CONFIG.SYS等硬體配置後，IO.SYS通過COMMAND.COM調用AUTOEXEC.BAT進行軟體配置。
⑹系統根目錄下的BOOTLOG.TXT是由IO.SYS控制完成的，其它一些日誌檔案多是在安裝系統時建立的。
⑺完成DOS啟動過程後自動調用Win.COM，開始啟動GUI。
是系統重要檔案，建議備份，如果被病毒刪除的話可以在安全模式下將備份檔案恢復
