主要職能
黑龍江省航務管理局隸屬於黑龍江省交通運輸廳，其主要職能為：
（一）慣徹執行國家水路交通行業發展戰略、方針政策和法律法規。
（二）按照全省水路交通行業的發展規劃、中長期計畫，制定年度水路新建改建計畫，經批准後，組織實施；負責水路交通行業統計和信息引導。
（三）負責全省水運基礎設施建設項目的管理，組織實施重點水路交通工程建設。
（四）指導全省水路交通行業體制改革；負責全省水路的運政管理和港政管理,維護水路交通行業平等競爭秩序。
（五）實施船舶代理，外輪理貨、航道疏浚、港口及港航設施建設使用岸線布局的行業管理。
（六）負責全省水路交通行業科技進步工作，組織科技開發，推動行業科技進步；指導全省水路交通行業成人教育和職業技術教育。
（七）指導監督全省水路交通行業財務審計工作和國有資產保值增值工作。
（八）負責局機關、直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資和局管班幹部管理工作；指導水路交通行業職工隊伍建設。
（九）負責政府間水路交通行業的涉外工作，開展國際間水路交通經濟技術合作與交流。
（十）管理和指導港口、航運公安工作。
（十一）承辦省政府和省交通廳交辦的其他工作。
職能機構
內設機構
黑龍江省航務管理局設12個處（室），均為正處級。
（一） 辦公室（外事處）
負責會議組織、文電管理、信訪信息；秘書事務等機關日常政務及資產管理、聯絡接待、保密保衛等行政事務；負責機關綜合協調，督查督辦工作；負責水路交通行業的涉外工作，開展國際間水路交通經濟技術合作與交流。
（二） 運輸管理處
負責全省水路運政管理工作；擬定水路運輸管理規章；組織實施國家、省水路重點物資運輸和緊急運輸；依法審核水運（服務）企業，審批水運航線、船舶；管理水路運輸價格和運輸規費稽徵工作；查處水路運輸違法經營行為。
（三） 港口管理處
負責全省港政管理工作；負責港口、碼頭的開停業、經營範圍和新建港口、碼頭的審批工作；負責對外開放港口的審核工作；負責港口規費稽徵工作。
（四） 航道管理處
負責全省航道行政管理工作；制定航道的發展規劃；提出劃分航道技術等級方案；審批與通航有關的攔河、跨河、臨河建築物等水上工程；依法對違反航道管理的單位或個人進行行政處罰；指導航道規費稽徵工作。
（五） 政策法規處
組織研究全省水路交通發展戰略和產業政策；負責水路交通法規、規章的調研、論證、草擬等工作；負責水路交通行政執法監督檢查及行政複議和訴訟；指導水路交通行業體制改革工作。
（六） 計畫統計處
組織編制全省航運、航道、港口規劃，開展運量調查工作；負責全省水運基礎設施建設有關項目的管理；組織實施重點水路交通工程建設；負責水路交通行業統計和信息工作；負責水路交通戰備工作。
（七） 財務審計處
組織制定水路交通行業會計、審計規章制度，監督執行財務計畫；指導水路交通規費徵收管理工作；負責水路交通基礎建設專項資金管理工作；指導監督直屬單位國有資產保值增值；執行國家和省審計規章制度；負責水路交通專項資金審計和局直屬單位行政負責人離任審計工作。
（八） 科技教育處
負責編制全省水路交通行業科技教育發展政策規劃；推進科研、教育體制改革；負責水路交通重大科技項目的實施；貫徹執行國家有關水路交通技術標準和規範，指導全省水路交通行業成人教育和職業技術教育工作。
（九） 人事勞資處
負責局機關、直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資和局管幹部管理工作；負責局直屬事業單位人才交流和智力引進工作；指導水路交通行業安全管理工作。
（十） 離退休幹部工作處
負責局機關離退休人員的管理和服務工作；指導局直屬單位離退休人員的管理工作。
（十一） 黨委辦公室
負責局機關和直屬事業單位的黨群工作；指導水路交通系統精神文明建設工作；負責黨員幹部培訓工作。
（十二） 紀檢監察機構。
負責監督局機關和直屬單位黨員、幹部貫徹執行黨的路線、方針、政策情況；指導全省水路交通系統行風建設；負責黨風、廉政教育；查處違反黨紀、政紀的重大案件。
派出機構
| 哈爾濱航務管理處 |
| 佳木斯航務管理處 |
| 黑河航務管理處 |
| 齊齊哈爾航務管理處 |
直屬單位
| 黑龍江省航道局 |
| 哈爾濱航運學校 |
| 黑龍江省海員總醫院 |
| 黑龍江省航務勘察設計院 |
| 黑龍江省松花江航運樞紐建設管理中心 |
| 黑龍江省航運救撈站 |
| 黑龍江省水運工程質量監督站 |
| 黑龍江省航運衛生監督所 |
| 松遼水系航運規劃辦公室 |
| 黑龍江黑航工程監理諮詢有限公司 |
| 黑龍江龍航工程總承包有限責任公司 |
| 黑龍江省龍航大型設備江海運輸公司 |
領導班子
暫缺 省交通運輸廳黨組成員、省航務管理局局長、黨委書記
| 工作分工：負責局黨委、行政全面工作 主管：財務審計處 |
于海洋 黨委副書記、紀委書記
| 工作分工：負責局黨委日常（兼紀委書記）工作 主管：局人事勞資處、政治工作處（黨辦、機關黨委、團委）、紀檢監察處 分管：海員工會、關工委、省海員總醫院、省龍航大型設備江海運輸有限公司 |
陳德斌 副局長
| 工作分工：負責局水運建設管理工作 主管：局計畫統計處（戰備辦）、政策法規處、工程管理辦公室 分管：松花江航運樞紐建設管理中心、黑龍江和松遼水系航運規劃辦公室、省航務勘察設計院、黑龍江黑航工程監理諮詢有限公司、省水運建設發展有限公司，協調航海學會工作 |
李長勝 副局長
| 工作分工：負責局常務工作 主管：局辦公室（外事辦、信訪辦、綜治辦）、運輸管理處、離退休幹部工作處、機關服務中心、安全辦 協管：財務審計處 分管：哈爾濱航務管理處、佳木斯航務管理處、黑河航務管理處、齊齊哈爾航務管理處及各市（地）、縣（市）航務管理機構、黑龍江龍航工程總承包有限責任公司 |
薛立平 副局長
工作分工：負責局航道、港政管理工作
主管：局航道管理處、港口管理處
分管：省航道局、省航運救撈站、哈爾濱航運學校、省航運衛生監督所，協調港航協會工作
