靖國神社爭議，1978年日本政府將二次世界大戰甲級戰犯入祠靖國神社後，引發日本國內與國際社會的爭議。
日本
反對參拜
日本宮內廳長官富田朝彥1988年4月28日筆錄昭和天皇本人對合祭甲級戰犯後不再參拜的解釋：“我曾聽說，有段時期一些人提出要合祭甲級戰犯，甚至包括松岡和白鳥，好在筑波對此謹慎處理”，表示贊同1966年靖國神社宮司（即負責人）筑波藤磨從日本厚生省接過甲級戰犯的祭祀名錄後，並沒有把他們供奉合祭的做法。昭和天皇表示反對戰敗時期的宮內大臣松平慶民的長子松平永芳作靖國神社宮司時候在1978年10月把東條英機等14名甲級戰犯偷偷移入靖國神社合祭的做法：“松平的兒子怎么想的，松平強烈希望和平，我覺得兒子太不懂父親的心了”，“所以，我在那以後就不去參拜了，那是我的真正想法”。（參見《日本經濟新聞》2006年7月19日文章《靖國神社合祭甲級戰犯 昭和天皇大感不快》）
日本國內的反對者認為，甲級戰犯合祀問題會導致對侵略戰爭的肯定。
日本自民黨前幹事長加藤紘一說，“聲稱同美國搞好關係就行的小泉外交，要挨美國的背摔”，“首相參拜再走下去，會吃苦果”。
日本自民黨籍前首相橋本龍太郎雖然參拜過靖國神社，但他認為“小泉繼續參拜將給日中關係帶來不良影響”，說道：“小泉先生在這個問題（參拜靖國神社）上一直說自己要去，我拚命勸他說，千萬不要把這個問題政治化。”
前公明黨參議院議員福本潤一曾勸誡小泉純一郎：“請你想一想如果德國總理去祭奠希特勒的墳墓，猶太人會作何感想。”
日本東京大學教授高橋哲哉說：“小泉先後5次參拜靖國神社，違反日本國憲法的‘政教分離’原則。”
支持參拜
日本首相小泉純一郎認為參拜靖國神社是基於個人信仰和日本的文化傳統，別國不應該對此說三道四、干涉日本內政，小泉說：“向為國捐軀的英靈致敬是理所當然的”，“雖然存在甲級戰犯問題，但人一死都會成佛”。“世界上拿靖國神社說三道四的，只有中國跟韓國”。
日本右翼政治勢力認為，日本昭和天皇1978年開始放棄參拜靖國神社與甲級戰犯合祭沒有因果關係。他們認為靖國神社紀念為國犧牲的人，不應該拿不同的標準衡量參拜一事。
日本外務省曾說，希特勒的侵略性質“學術上尚無定論”，因此靖國神社祭祀的戰爭罪犯的性質也尚無定論。
神道政治聯盟，“神道死者全部成為神，外國的干涉是對日本文化的否定。”
日本首相麻生太郎表示：“為什麼中國政府在靖國神社問題上總是糾纏不清？難道是想讓日本難堪嗎？在很多方面，靖國神社就像（美國的）阿林頓國家公墓一樣。因此我認為任何人去祭奠英靈都是理所當然的。”他認為：“對甲級戰犯的裁定是在美國占領日本時決定的，而不是根據日本法律決定的。”
東條英機的長孫女東條由布子反對將東條英機和其他戰犯的名字移出神社。“這樣的做法不是個人的問題，也不是在外國提出了要求後是否撤出神社的問題，而是我們希望鄰國的中國跟韓國能夠正視過去那段歷史，更加理解我們的心情。”[1]
BBC中文網撰稿員安田峰俊認為日中之間的文化差異是造成各國對參拜認知不同的原因，“按日本人的死生觀來講，不管他生前有過什麼功罪，戰犯在生前已受罪處刑，死後都可以成為祭祀對象。13世紀後期，元朝侵日，當地後世九州居民也建了神社，合祀元軍兵士，視他們靈魂為神靈。靖國神社祭祀的戰犯僅數百柱，其他大多數是為日本國家事業流血犧牲的烈士靈魂。”他認為“除了極少數愚昧的愛國賊把靖國神社視為他們排外主義的象徵，成為崇拜對象外，多數日本國民都厭惡當時的軍國主義者，祈求世界和平。日本人也沒有意識到日中之間的文化差異，不知道中國‘死者也要贖罪’的傳統思想。”他也認為中國把“參拜靖國神社”行為和“日本右傾化”、“復興軍國主義”等主張簡單地連起來，等同聲援日本右翼份子，讓原本普通日本國民也變成強硬反華派，根本不能產生建設性的成果[2]。
台灣
立法院長張道藩參拜靖國神社
1956年4月19日，時任立法院長的張道藩訪問日本參拜靖國神社。當時日本才戰敗將近10年，又接受美軍的保護與占領，肯定大東亞戰爭的聲音在當時還不受到日本社會歡迎；蔣介石戰後對待日本的寬大政策，也讓那一代的日本人相當感念。當時的台灣與中國大陸，資訊尚不流通，因而張道藩前往參拜靖國神社的事情，並沒有引來廣泛的批判，而且當時日本還沒有將甲級戰犯列入靖國神社祭拜，因此參拜並未引發爭議。但當時乙級和丙級戰犯已經被奉祀入靖國神社。當時的靖國神社也已經奉祀有在乙未戰爭中戰死在台灣的日軍，和在二戰中被日軍徵召的台灣人。
台灣團結聯盟參拜靖國神社
主條目：2005年台灣團結聯盟參拜靖國神社事件
2005年4月4日台灣團結聯盟主席蘇進強等一行10人在日本東京靖國神社對二戰間陣亡的台籍日本兵進行參拜活動，由於2005年是第二次世界大戰結束60周年，再加上參拜了軍國主義象徵的日本神社，因此引發廣泛爭議。
蘇進強表示，他是以台灣人和台灣本土政黨的立場，對第二次世界大戰期間被日本軍徵召陣亡而被奉祀在神社內的約28,000名台灣英靈、以及為國犧牲的日本人表示敬意。但是，靖國神社中包括多名甲級戰犯在內的日本軍人曾經給亞洲帶來戰爭，是個極具爭議的宗教場所，被日本侵略過的亞洲國家和地區大都認為靖國神社是軍國主義和法西斯的代表。
立委金素梅赴靖國神社抗議
2005年6月14日台灣的台灣無黨籍立法委員高金素梅率五六名高砂義勇隊遺族“還我祖靈”代表團前往日本東京靖國神社抗議，要求“將高砂義勇隊犧牲者自靖國神社除名”。因場外有數萬日本軍屬遺族在場抗議，為防止發生意外，高金素梅一行被日本警察拒之門外，雙方僵持無果，前述要求亦被靖國神社以有違宗教習慣為由回絕。高金素梅等人同時受到日本右翼的阻撓。6月17日，高金素梅等在大阪高等法院控訴，要求靖國神社歸還台灣原住民的祖靈、日本首相小泉純一郎停止參拜靖國神社。6月19日，高金素梅率團返台。9月23日，高金素梅一行在紐約聯合國總部前廣場批評說，“日本是對歷史不負責任的國家”。9月30日上午，大阪高等法院判決小泉參拜靖國神社屬“公家”性質，違背日本憲法政教分離的原則，此事件在中國亦引起熱烈反應與廣泛報導。但是也有原台籍日本兵要求高金素梅道歉，質疑高金素梅不懂靖國神社裡有台籍英靈的這段歷史。[3]2006年8月15日，高金素梅再次再度率團前往靖國神社抗議，仍無效果。
立委高金素梅先後十次到日本要求靖國神社歸還台灣原住民的祖靈：“靖國神社是美化侵略戰爭的神社，它無權將台灣原住民的祖靈和殘害台灣原住民的兇手合祭在一起，這是無視台灣原住民人權、文化權和信仰權的暴力行為。日本政府必須正確對待歷史，只有這樣才能迎來亞洲的和平。”
前台灣地區領導人李登輝參拜靖國神社
台灣地區領導人李登輝卸任後，在2007年6月7日訪日期間，以私人身份到靖國神社悼念其兄長。[4]李登輝的胞兄李登欽（日本名：岩里武則）在第二次世界大戰期間作日本海軍士兵，被派往菲律賓參與馬尼拉戰役時戰死，遺體下落不明，後被日本政府作為陣亡軍人入冊靖國神社供奉。曾有日本名岩里政男的李登輝認為靖國神社問題是中韓兩國處理不了國內的問題而編造出來的，日本政治家表現實在太弱，靖國神社問題沒有理由被外國人和外國政府批評，日本祭祀為國捐軀的人理所當然。[5]日本政府強調這不影響中日關係，但新華社則發表評論文章，稱有分析人士指出李氏參拜靖國“暴露了台獨分子的醜惡嘴臉”，並稱李被指為“一個日本軍國主義思想化了的民族敗類”。
中國大陸
馮錦華塗字事件
馮錦華於2001年8月14日在靖國神社門前的狛犬底座上用油漆噴寫了“該死”兩字。[6]有媒體評論此舉“是迄今為止，全球華人中抗議小泉參拜最激烈的行動”。馮被捕後，以“器物損壞罪”被判有期徒刑10個月，緩期三年執行。[7]中華人民共和國外交部發言人章啟月曾對判決結果表示遺憾，稱“我們曾多次向日方強調，馮錦華案有其特殊的政治背景，日方應公正合理地予以處理。對目前的判決結果，我們表示十分遺憾。”[8]日本政府並取消馮錦華的工作簽證。
2005年全國遊行抵制事件
2005年3月在四川成都市發生反對參拜靖國神社和抵制日貨的小型集會，憤怒的集會參與者除了散發傳單和喊口號以外，出現了砸毀春熙路日資伊藤洋華堂百貨公司一樓外門玻璃行為。陸繼引發深圳、廣州、上海、北京大型抗議活動。深圳、廣州和北京的遊行抗議活動多達幾萬人次，並且有如砸毀日資公司，焚燒和毀壞日本公司廣告牌、一些日本產的汽車等行為。北京遊行者包圍了日本大使館，並投擲石頭雞蛋、油漆等。[來源請求]中國政府對遊行抗議活動持默許態度，但後期考慮到中日外交關係，對類似活動進行了勸阻，並降低媒體報導熱度，2005年媒體預期的5.1抗議大遊行沒有發生。[來源請求]這一系列遊行，表明中國民眾對日本政界認同侵略殖民歷史不滿並引發反日情緒。
2005年5月23日，中國副總理吳儀以國內有緊急事務為由，無預警地取消了原定與日本首相小泉純一郎的會面，提前結束訪日行程；但隔日依計畫原定參訪蒙古國。中國官方否認此舉與靖國神社議題有關，仍有許多人認為中國政府藉此表示對小泉首相將再參拜靖國神社的發言不滿。日本政府認為取消會面嚴重違反國際外交禮儀，無論日本人對首相參拜靖國神社贊成或反對意見都屬日本內政問題，其他國家不應以任何行動干涉。
對台灣前總統李登輝參拜靖國神社看法
日本政府強調李登輝參拜靖國不會影響中日關係，但新華社發表文章，稱有分析人士指出李氏參拜靖國“暴露了台獨分子的醜惡嘴臉”，並稱李被指為“一個日本軍主義思想化了的民族敗類”。[9]
2011年焚燒靖國神社大門事件
2011年12月26日凌晨4時許，靖國神社大門遭人縱火。日本警方迅速將火撲滅。2012年1月1日，有人以“劉恕恩”為網名在中華網論壇上發帖聲明是自己所為。[10]次日，“劉恕恩”又發帖，描述了他縱火的來龍去脈，包括縱火後立刻登機飛往韓國。3日，“劉恕恩”又在論壇上解釋了自己的縱火動機：其祖父劉別生是新四軍16旅48團團長，外婆是韓國慰安婦。“當恕恩在電視上看到野田首相就韓國慰安婦和南京大屠殺問題依然躲躲閃閃不願意道歉賠償時，恕恩怒火焚心。”[11]1月8日上午8時20分左右，“劉恕恩”又向日駐韓大使館投擲燃燒瓶，此人實為廣東人劉強，後被韓警方逮捕並在韓國被判刑10個月。據人民網17日報導，中國外交部發言人劉為民11日在回答記者提問時曾表示，中國駐韓國使館已對當事人進行探視，“我們正在進一步了解有關情況，將通過外交和領事途徑同韓方保持溝通。”[12]
2012年11月29日，韓國首爾高級法院刑事20部舉行審理的罪犯引渡請求首次審判上，劉強表示在靖國神社是想“敦促消極處理過去歷史問題的日本政府反省”並表示“更想在中國接受審理”[13]。2013年1月3日，韓國地方法院判決稱劉強“為了政治上的大義，犯下了罪行，且並未構成人員傷亡”，並根據《大韓民國與日本國之間罪犯引渡條約》第三條中“被請求國判斷要求引渡的罪犯犯下政治性犯罪時，不允許對罪犯進行引渡”的規定拒絕將劉強引渡至日本。劉強於2013年1月3日夜間被釋放，中國駐韓大使館於當日派車迎接。劉強將於近日返回中國[14]。
韓國
2001年8月13日下午在日本首相小泉純一郎參拜了靖國神社後，一小部分韓國民眾聚集在日本國會大廈附近舉行和平示威，抗議小泉參拜神社的行動。據漢城（今首爾）一家電視台報導，這20名男子曾經計畫在日本駐漢城大使館前進行切指活動，但遭到了韓國警方的阻撓。於是，他們來到獨立門前進行抗議。這些男子一方面強烈譴責小泉到供奉戰犯的靖國神社進行參拜，另一方面，他們拿出了隨身攜帶的長柄大鐮刀切斷小指仰天長嘆，抗議小泉參拜。
2005年，414名朝鮮籍日本兵遺屬控告靖國神社違反日本和平憲法：1945年至1987年，日本厚生省不斷將二戰中死亡士兵名單和軍人名單送到靖國神社內供奉祭祀，違法了日本戰後和平憲法第20條“禁止國家參與宗教活動”之規定。
靖國神社是日本本土宗教場所，而在其中祭祀、供奉那些並不信仰這種宗教的韓國人等於對這些人的侮辱，這些韓國人的牌位放在靖國神社內，這破壞了日本和平憲法第13條：個人宗教信仰自由權利應受到尊重。
日本占領朝鮮半島期間，把朝鮮當地不少具歷史意義的文物掠走。當中有不少就放在靖國神社展覽。經韓國與日本協商2005年10月20日，日本把放在靖國神社的北關大捷碑歸還給韓國，再由韓國轉給北韓。
國會議員金希宣說：“日本不僅不對過去的侵略歷史進行反省，反而將甲級戰犯作為‘英靈’供奉在靖國神社，這是對曾經遭到日本軍國主義踐踏的亞洲各國人民的褻瀆。”
針對2006年8月15日，日本首相小泉純一郎任內第六次參拜靖國神社，青瓦台統一外交安保政策首席秘書徐柱錫16日説，無論誰成為下任日本首相，若繼續參拜靖國神社，就不會舉行韓日高峰會談。徐柱錫強調説，韓國政府希望日本用實際行動表現出取信於國際社會的努力，參拜靖國神社問題也一樣。
美國
美國左翼認為日本目前的民族主義可能滑向“反美民族主義”。靖國神社宣傳的“皇國史觀”含有“反美”的因子，指出美國是日本軍國主義最大的敵人，具反帝國主義之含意。
2005年6月23日，美第一大報《今日美國》文章中說，靖國神社是亞洲“怨府”、“最大的是非之地”，小泉參拜靖國神社是“日本外交的最大問題”。
美國眾議院外交委員會主席亨利·海德參加過太平洋戰爭，2006年向美國眾議院議長遞交的書簡中說，日本首相小泉純一郎如在2006年6月訪美期間要在國會發表演講，就應該表態不再參拜靖國神社，又說“靖國神社供奉的東條英機乃甲級戰犯，曾策劃襲擊珍珠港。如果小泉在當年羅斯福總統對日宣戰演說之地演講後，再繼續參拜，會讓美國人感到侮辱。”這是美國政界人士首次把歷史問題與日美邦交聯繫起來。
2006年9月14日，美國眾院國際關係委員會專門就“日本與鄰國關係”舉行聽證會，討論日本首相小泉參拜靖國神社造成日本與中韓關係惡化問題，指出日本不僅與中韓關係緊張，而且與俄羅斯也關係不佳。共和黨議員及國際關係委員會主席亨利·海德表示，日本首相小泉每年參拜靖國神社，造成日本和它最大貿易夥伴中國的關係跌入30年來最低點，也使北韓核問題變得難以解決，並對靖國神社內“游就館”提出批評：“日本向年輕人灌輸說，日本在亞洲發動戰爭是為了從西方列強手中解放亞洲及太平洋的殖民地，但我見到的那些被日本占領過的人們，沒有人把日本看成‘解放者’”。海德本身在二戰期間參加了太平洋戰爭，2005年10月20日以“書信外交”的方式，強烈批評小泉參拜靖國神社的做法。民主黨議員湯姆·蘭托斯表示，日本首相參拜靖國神社，傷害了東北亞國家人民感情，也導致地區局勢緊張損害了美國利益，所以下任日本首相必須停止這種行為。蘭托斯本身是二戰納粹集中營倖存者，他表示能理解日本領導人希望向那些在為國家服役期間死亡的人員表示敬意，但是日本領導人參拜供奉有14名甲級戰犯的靖國神社，如同向二戰期間德國納粹頭子希姆萊等人的墳墓獻花圈。蘭托斯強調，否認歷史就注定要重複歷史，他對下任日本首相傳達的信息就是向戰犯致敬是道德敗壞的行為，與日本這樣的大國身份不相稱。這種行為必須終止。前任白宮亞洲事務高級主管格林，和美國戰略與國際研究中心國際安保計畫局長坎貝爾也紛紛發言，並且建議日本新首相上任後首訪選擇中國。
日本TBS電視台14日播放了聽證會的主要內容，並強調美國議員表示對日本首相參拜靖國神社的態度。當時即將接任日本首相的安倍晉三立刻作出反應，聲稱這次聽證會不是美國政府舉行的，也不能代表美國政府的意見，日本政府沒有必要作出任何回應。安倍堅持這個問題不是政治家應該做的，而應該交給歷史學家，一些報紙也認為，“不能把海德等人的發言，當成美國國內一部分人的意見”。
《朝日新聞》17日社論稱“美國的立法部門專門討論（日本的歷史認識問題），這不能不說是一個‘特例’”聽證會的舉行本身就代表美國對於靖國神社的態度發生了變化。
《讀賣新聞》評論稱“聽證會的一系列發言表明，美國已經開始以新首相政權誕生為前提對日本外交進行詳細剖析”。
印尼
外交部長哈桑‧維拉尤達針對2006年8月15日小泉純再次參拜靖國神社之行為發表談話，指出小泉此舉將破壞維護這一地區和平的努力。
新加坡
新加坡外交部針對2006年8月15日，日本首相小泉純一郎再次參拜靖國神社，發表聲明指出，小泉參拜靖國神社的行為已經並將繼續引發中國、韓國及亞洲其他國家和地區的強烈反對。新加坡政府多次表明在參拜靖國神社問題上的立場，這一立場至今仍未改變。
馬來西亞
針對2006年8月15日，日本首相小泉純一郎再次參拜靖國神社，當地華僑團體在吉隆坡聯名向日本駐馬大使遞交抗議書説，8月15日是馬來西亞抗擊日本侵略和太平洋戰爭勝利61周年紀念日，小泉的行為等於鼓勵日本軍國主義以各種形式復活。
法律爭議：憲法政教分離原則
主要爭點有三
（一）首相小泉純一郎的參拜為公務行為或私人行為
（二）首相的參拜行為有無違反日本憲法的政教分離原則
（三）首相參拜有無侵犯被告的宗教信仰自由並因而涉及精神賠償
仙台高等法院（1991年）
1991年仙台高等法院針對岩手縣議會，決議要求首相正式參拜靖國神社是否正確的“岩手靖國訴訟案”作出裁定，以“參拜帶有宗教意義，作為政府將引起社會各界對宗教的關注”為由，首次裁定參拜行為違反憲法。
日本最高法院（1997年4月）
1997年4月2日日本最高法院以十三票贊成、二票反對判定，愛媛縣政府使用公款參拜、供奉靖國神社的行為，違反憲法政教分離原則並已下令愛媛縣政府收回於1981年至1986年間捐給靖國神社在內的各神道神教社的16萬6千日元。
原告為愛媛縣24名納稅人1992年控告愛媛縣政府以公款捐贈神社是違反憲法的行為。1989年，愛媛縣地方法院受理此案判定違憲，但1992年，愛媛縣高等法院推翻地方法院裁定，判定被告合憲，理由是這類“捐款”行為符合日本特有的社會習俗，未觸犯“政教分離”原則。原告不服抗訴最高法院。經過5年最高法院以“違憲”判決確定。
這個判決不是對政治家參拜靖國神社的違憲的判例，但也不是承認政治家以私費支付行為。各地的遺族會所主辦的英靈祭奠節，無宗教儀式的地方，地方首長參加也沒有問題。
日本最高法院（2005年9月）
2005年10月12千葉縣宗教人士狀告日本首相小泉純一郎參拜靖國神社違反憲法，因不服2005年9月29日東京高等法院駁回原告訴訟請求的判決，將此案抗訴日本最高法院。
千葉縣39名宗教人士以小泉參拜靖國神社違反日本憲法中保障公民信教自由權的規定、使其在精神上遭受痛苦為由，起訴小泉及日本政府並索賠390萬日元。
2004年11月千葉地方法院一審判決，認為小泉參拜靖國神社不構成對原告權利和法律利益的具體損害，因此沒有必要判定參拜在客觀上是否存在違法性，駁回原告的精神賠償請求。
2005年9月29日東京高等法院在二審中駁回原告抗訴，支持千葉地方法院一審判決，以“參拜屬於私人行為”為由，未對小泉參拜靖國神社是否違憲進行裁定。
大阪高等法院（2005年7月）
2005年7月26日，日本大阪高等法院就小泉純一郎參拜靖國神社訴訟案作出判決，支持大阪地方法院駁回原告訴訟請求的一審判決，並對原告方的抗訴予以駁回。
原告是日、韓兩國戰歿者家屬和宗教人士共338人起訴日本政府、小泉本人及靖國神社，要求支付每人1萬日元的賠償。其中117人是住在韓國的戰死者遺族，原告中有5人要求對參拜進行“違憲審查”。
針對日本首相小泉純一郎於2001年8月參拜靖國神社，原告於2001年11月向大阪地方法院提出訴訟。在起訴書中說，小泉在參拜靖國神社時使用公車，有秘書同行，而且還以“內閣總理大臣”的名義獻花，所以不是個人參拜行為，而是內閣總理大臣的公職行為。原告團主張小泉參拜這一舉動違反了日本憲法規定的政教分離原則，同時也給他們帶來了精神上的痛苦。
大阪高等法院（2005年9月）
由台灣原住民立委高金素梅等188名名原告，向日本大阪法院控訴日本首相小泉純一郎參拜靖國神社違反日本憲法案，她代表原住民遺族，反對被迫當日本兵而犧牲的原住民祖先，死後又被迫和加害者合祀在靖國神社。
2005年9月30日大阪高等法院針對小泉參拜靖國神社，判決首相小泉參拜靖國神社是“公”的行為，“違反日本憲法禁止的宗教活動”規定，判決小泉違憲。但小泉參拜靖國神社“並未侵害思想與信教自由”，因此原告所提的賠償每人一萬日圓要求遭到駁回。
法官大谷正治判決理由說明，首相小泉參拜使用公務車，並有秘書官陪同，實踐小泉出任首相前的約定，未明言私人參拜，具有政治目的等，因此判小泉參拜“具有公的性質”。
這是繼2004年4月福岡地方法院作成“違憲”判決後的第二個例子，高等法院的判決則是第一次，對未來日本首相參拜靖國神社的立場帶來重大的影響。
東京高等法院（2005年9月）
2005年9月29日，東京高等法院就日本千葉縣宗教界人士提出首相小泉純一郎參拜靖國神社違憲、造成精神侵害，並要求賠償的訴訟案件作出判決，否定2004年11月千葉地方法院作出的小泉參拜靖國神社屬“職務行為”的判決，認為參拜是個人行為，不能認定違憲，也駁回了原告要求賠償的請求。
高松高等法院（2005年10月）
2005年10月5日日本高松高等法院下午，就日本四國地區70餘名戰歿者遺屬和宗教人士組成的原告團，向高松高等法院狀告日本首相小泉純一郎參拜靖國神社違憲案作出二審判決，維持松山地院一審判決，駁回原告狀告小泉參拜靖國神社違憲和要求賠償159人賠償157萬日元。
高松高等法院在判決中說，小泉參拜靖國神社沒有直接侵害他人的信教自由。法院迴避了小泉參拜靖國神社是否違反規定“政教分離”的日本憲法的問題。
松山地方法院2004年３月一審判決，小泉的參拜行為不屬於行使公職權力，也沒有侵害原告的利益，駁回原告要求認定小泉參拜靖國神社違憲和給予賠償的訴求。
福岡高等法院那霸分院（2006年10月）
2006年10月12日年福岡高等法院那霸分院就日本沖繩戰役遺屬等人狀告小泉參拜靖國神社違反規定政教分離原則的憲法，使其人格受到侵害，要求國家和前首相小泉做出損害賠償的抗訴案例做出判決，認定“針對是否違反憲法，沒有做出判斷的必要性”，支持那霸地方法院一審判決，駁回原告請求。
2005年6月9日日本福岡高等法院那霸分院開始就沖繩民眾狀告首相小泉純一郎參拜靖國神社違反憲法一案的抗訴進行首輪口頭辯論。2004年10月那霸地方法院一審判決認為，小泉不是以首相的身份而是以個人身份參拜靖國神社的，因此判決原告敗訴。原告方則認為一審迴避了依照憲法進行判決的原則，繼而提起抗訴。
松山地方法院（2004年3月）
2004年3月15日松山地方法院（審判長：澤野芳夫判決）就戰歿者遺屬及宗教人士狀告日本首相小泉純一郎參拜靖國神社案下達判決，駁回了原告的請求。松山地方法院判決沒進行“違憲”，也沒有對參拜的“公私性質”判斷，並駁回了原告的訴訟請求。
原告是日本四國島86名二戰陣亡者家屬及宗教人士，組成“小泉首相靖國神社參拜違憲訴訟四國訴訟團”，認為日本首相小泉純一郎2004年1月1日進行的參拜靖國神社的行為違反了日本《憲法》規定的政教分離原則，以使其遭受精神痛苦為由，要求小泉、日本政府、靖國神社對其進行每人一萬日元的賠償，2004年8月16日向松山地方法院提起訴訟。
原告主張“如果是以內閣總理大臣的身份參拜的話，當然會被認為是在支持靖國神社所擁有的美化過去戰爭中加害者的教義”。
被告日本政府主張“首相的行為是個人行為，同其職務無關，沒有屬於《國家賠償法》中規定的違法行為”
福岡地方法院（2004年4月）
2004年4月7日福岡地方法院針對2001年8月首相小泉純一郎參拜行為屬於日本憲法第20條明令禁止進行的宗教性活動，判定首相的參拜行為違反了憲法的這一條規定，不過地方法院駁回2000多名原告所提出的損害賠償請求。這些人包括陣亡者親屬、宗教團體。這是日本法院第一次作出不利小泉純一郎的判決，但是福岡地方法院同時駁回了211名原告提出的每人得到10萬日元(945美元)賠償的要求。
龜川清長庭長根據仙台高院1991年“岩手靖國訴訟”判例，從嚴解釋政教分離原則，在判決書中指出首相公式參拜屬“明確的宗教行為”，岩手靖國訴訟是日本法院首次明確判決國家或地方自治體公式參拜違憲，根據該判例所確立的“目的與效果基準”，亦即“行為之目的具有宗教意義，其效果有助長或壓迫特定宗教者”，駁回小泉自訴“基於個人信念”參拜的說法認為“可謂援助、助長、促進做為擴廣神道教義宗教設施的靖國神社”，然而大阪高院在1992年7月的判決只說有違憲之嫌，福岡地院雖明確判定違憲，屬於下級法院的判決，對同級法院判斷有影響，但法務省認為“未具法律拘束力”。
原告於2004年4月15日表示由於“已經達成提起訴訟的目的”，所以決定不再抗訴。
日本在野的民主黨、共產黨、社民黨獲悉判決結果後表示，小泉作為首相應該真誠地接受判決，今後必須遵守憲法，不再參拜靖國神社。
小泉對福岡法院的裁決表示：“這很奇怪，我不知道為什麼參拜靖國神社違反了憲法。”在記者問道他是否還會再去參拜靖國神社時，小泉回答：“我會的！”
日本《讀賣新聞》社論，聲稱中國不要握著“靖國神社”的歷史牌不放，還說中國批評小泉參拜靖國神社是干涉內政。該報認為，小泉要用什麼方法追悼戰歿者，都是一國的傳統和習俗，是內部問題。
日本戰爭責任資料中心的事務局長上杉聰表示：靖國神社中祭祀著甲級戰犯，這一點激怒了中國，同時造成日中兩國陷入異常狀況且雙方首腦無法舉行會談。應該以此次的判決為契機，應該將靖國神社問題這根芒刺連根拔除。”
民主黨政調會長枝野幸男表示：“政教分離原則是日本國憲法中的一條重大原則，雖說現在只是下級法院的審理，但（首相）對於這種可能違憲的行為仍應該謹慎行事。”他認為今後應該暫停現在這種形式的參拜。同時，他還指出：“首相個人心情的表達不應該超出個人行為的範圍。”
為解決參拜靖國神社問題，日本內閣和學術界提出了兩方案：一是將甲級戰犯靈位遷出靖國神社；二是另立國家公墓，做為國家領導人祭奠之所。但前一方案遭到靖國神社的強烈反對，並且還牽涉到乙級、丙級戰犯如何處理的問題；後一個方案較可行，也有很多人贊成，但被小泉擱置起來。
大阪地方法院（2004年5月）
2004年5月13日大阪地方法院，針對236名台灣原住民狀告小泉純一郎參拜靖國神社違反憲法、要求其對參拜行為給原告造成的精神損失賠償每人1萬日元的訴訟請求，予以駁回。
法官吉川慎一在判決中稱，小泉參拜靖國神社不能認定是作為國家公職人員首相的行為，而屬私人行為，從而全面駁回了對該行為是否違憲的判斷及賠償請求。
原告是台灣立員高金素梅及參加過“高砂義勇隊”並在靖國神社被一起祭祀的台灣原住民的後裔。義勇隊後裔認為，將兇手與被害者同置一處的做法，是對台灣原住民族最大的污辱與傷害。236名原告在訴訟書中主張“小泉參拜靖國神社，是以首相公職進行的活動，違反了日本憲法規定的政教分離原則，並控訴小泉的參拜行為對“在日本殖民統治下遭受苦難的被害者及其子孫造成無比的痛苦””。
被告小泉一方主張，參拜是基於憲法保障的個人信教自由權利，並非公務活動。
日本媒體認為大阪地方法院的判決，是在日本國內同類審判中首次給小泉參拜靖國神社屬於“私人”性質。
千葉地方法院（2004年11月）
2004年11月25日本千葉地方法院判決，日本首相小泉純一郎2001年8月13日是以公職身份參拜靖國神社的，但駁回了原告要求小泉和日本政府給予精神賠償的訴訟請求。
千葉地方法院(庭長:安藤裕子)，在判決中以小泉簽名的頭銜是“內閣總理大臣”、乘坐公務車前往和秘書隨行為由，認定小泉是以公職身份參拜靖國神社的。但法院稱小泉沒有強迫他人參拜靖國神社等侵犯信教自由的行為，因此駁回原告要求給予精神賠償的訴訟請求。
原告由千葉縣63名戰歿者遺屬和宗教人士組成，小泉參拜靖國神社違反憲法政教分離和信教自由規定，並帶來了精神上的痛苦，因此要求小泉和日本政府給予630萬日元的精神賠償。原告對判決表示不服，準備向千葉高等法院提起抗訴。原告律師廣瀨理夫說判決結果可能給小泉免罪符。
那霸地方法院（2005年1月）
2005年1月28日日本沖繩縣那霸地方法院就日本首相小泉純一郎參拜靖國神社違憲訴訟案作出判決，判決書沒有認定小泉參拜靖國神社的性質，並駁回了原告要求索賠的訴訟。
原告是94名沖繩戰役遺族組成，小泉參拜靖國神社是以公職身份從事的宗教活動，違反了日本憲法關於政教分離和信教自由的規定，他們的信教自由受到了侵犯，在精神上蒙受了痛苦。他們向法院狀告日本政府和小泉，要求給予總計940萬日元的精神賠償。
被告是日本政府辯解說，小泉不是以內閣總理大臣的身份，而是以個人身份參拜靖國神社的，不能說原告的具體權利和利益受到了侵害。
判決書記載小泉2001年8月13日乘坐公務車，在秘書的陪同下參拜了靖國神社，簽名是“內閣總理大臣小泉純一郎”。2002年4月21日，小泉以同樣方式參拜了靖國神社。但判決書沒有認定小泉參拜靖國神社的性質，並駁回了原告要求索賠的訴訟。
東京地方法院（2005年4月）
2005年4月26日，東京地方法院駁回了由日本和韓國公民發起的反對日本首相小泉純一郎和東京都知事石原慎太郎參拜靖國神社行為的訴訟。東京地方法院裁定：除非法律上有特別規定，基於過去事實的訴訟不被接受，駁回了原告方的訴訟請求。
原告是1078名日本和韓國公民發起，認為參拜違反日本憲法規定的政教分離原則，要求政府賠償精神損失（每人3萬日元）並停止參拜
法律爭議：英靈合祀
主要法律爭點為:
（一）靖國神社戰後宣稱成為民間神社，其有無權力可將二戰前戰死者逕自列入神社祭祀
（二）靖國神社有無權力在未經家屬同意逕將戰死者列入神社祭祀
大阪地方法院（2009年2月）
2009年2月26日大阪大阪地方法院（審判長：村岡寬）針對有關9名遺屬要求靖國神社將陣亡軍人從合祀名冊中刪除一案，作出一審判決，駁回了原告的訴求。本判決是以靖國神社為被告對象，遺屬拒絕合祀案訴訟首個判決。
原告9名遺屬認為靖國神社將11名陣亡軍人作為“戰爭英靈”合祀，使他們在精神上飽受痛苦，神社與政府賠償每人100萬日元的精神損失費，總計為900萬日元。
原告方認為靖國神社未經許可擅自合祀，侵害了緬懷逝者的人格權，但審判長村岡寬指出“這並不在法律保護的範圍之內”，認可了神社“祭祀何人是宗教教義問題”的說法。
日本政府1980年代前向神社提供了“祭神名票”（寫有死者姓名、籍貫、生卒年月、所屬部隊和軍銜等資訊的卡片），用於製作相當於合祀名冊的祭神冊和靈牌冊。原告方因此認為政府也負有責任，然而法院以“合祀是靖國神社的決定”為由駁回了訴求。
不當行為
2013年5月下旬，韓語論壇上出現了一組圖片顯示，在靖國神社正殿後面的神池公園，一名身著黃色襯衫的男子背身向神池撒尿，可以看到神池周圍的柵欄已被尿液污染的畫面，並用韓語寫“在此小便，今後日本的政治家出現一次狂言，愛國人士便會在上面小便一次”的情況。對此，靖國神社表示“這種惡作劇性質極其惡劣，靖國神社作為神聖之地，不容玷污，對惡作劇者的行為決不饒恕。”[15]
安徽省合肥市宿州路一家小吃店“蓉李記”的廁所被負責人徐先生改名成“靖國神社”，原因是去年中日兩國釣魚島之爭時，徐先生為表愛國之情而做的。社會學家王開玉說“表達愛國的方式多種多樣，但以這種方式來表達愛國之情未必妥當。”[16]
