5月底，日軍100多名侵駐三溪。亨源派游擊隊伺機狙擊。乘日軍午餐之時，突然襲擊，當場斃敵3人，日軍慌忙向縣城撤退。亨源率部編入由當時任長樂代縣長、地下黨員劉潤世領導的長樂游擊總隊，任副總隊長兼第一大隊長。8月3日，游擊總隊得到情報，日酋馬(尾)營(前)守備司令中島中佐，率部乘兩艘小艇前往玉田視察。遂召開總部緊急會議，研究伏擊方案，經勘察琅尾港一帶地形後，選定琅尾港桔林區為陣地，選派48名戰士埋伏在敵艇必經之琅尾港小冬浦桔林中，阻擊敵人。8月4日傍晚，日軍分乘兩艘汽艇，由坑田返回馬尾，當第一艘汽艇駛進伏擊圈時，游擊隊突然發起襲擊，擊斃中島中佐等官兵42人，擊毀敵艇一艘，游擊隊員無一傷亡。得到中共華中局和福建省委嘉獎。
同年9月，日軍從閩海撤退，亨源和劉潤世率隊光復長樂縣城，亨源掛名衛生院長。
民國31年4月，因“江田事件”發生，劉潤世涉嫌被調走，亨源同黃國璋帶100多名骨幹武裝轉到海島。12月間，亨源從海島返回南陽時被捕，監禁福州牢獄100多天，在牢獄中仍宣傳抗日救亡道理，後在被押解往三元集中營途中，感化法警高健武，攜其一起投奔游擊隊。亨源脫險後，按照省委指示，到福清海口、龍田、高山一帶進行隱蔽活動。民國33年6月，省委派武工隊打通長樂路線與亨源取得聯繫。8月，省委移駐長樂南陽。同年9月，長樂二次淪陷，亨源在福清、龍田、高山一帶重組抗日武裝。民國34年5月，日軍退出長樂，國民黨軍隊對革命基點村瘋狂清鄉。陳亨源帶領的一批武裝，被敵人圍困於南陽岩洞，他依靠民眾，轉移到玉田等地。同年10月，亨源率領游擊隊在龍捲墓、福清七社、上壠一帶開闢新區，發展黨員，成立支部。
民國38年1月，閩中特委決定成立長樂縣委，亨源兼任縣委書記。2月，閩浙贛游擊隊閩中支隊司令部成立，黃國璋為司令兼政委，亨源任副司令員。3月15日，亨源派出精幹人員，夜襲長樂漳港公所，鎮壓鎮長，毀敵檔案。16日搗毀江田鎮公所，繳槍28支，開倉濟貧。17日，發動江田一帶貧農團數千人，於江田、三溪交界地區，一舉殲滅長樂保全隊4個分隊，斃敵30餘名，俘虜20餘人，繳槍20多支。3月底，省保全團從福清調兵一連，救援長樂保全隊，包圍游擊隊。亨源命令突圍。而自己因心臟病突發，自計未能得脫，遂將20發卜殼槍交給警衛員陳英，令其突圍。警衛員中彈身亡，亨源跳入深澗，幸而得免。
同年5月底，亨源於首祉祠堂召開縣委會議，開展農運和建立農村政權，籌糧、籌款，為配合解放軍解放長樂作準備。同年8月16日，閩中各縣相繼解放。亨源任閩侯專員公署專員，兼福建支前司令部副司令員，時已重病在身，但仍頑強工作，處理繁忙公務。於1950年10月9日病逝，終年50歲。
