會昌五年(845年)八月，武宗下令“毀佛寺，復僧尼為民”。義存穿上儒服，到福州北峰芙蓉山延慶院侍弘照大師。大中元年(847年)閏三月，宣宗恢復佛寺，義存禮拜弘照為師，次年，北游吳、楚、梁、宋、燕、秦等地，在幽州寶剎寺受戒。大中七年，從福州出遊，朝參江南名山寶剎，曾在湖南武陵德山寺作“飯頭”(管理一伙食)。
鹹通六年(865年)，義存回閩，仍住芙蓉山石室(今芙蓉洞)。後擇福州之西、離府城二百里的雪峰山(今屬閩侯縣)結庵興法。在當地民眾和官府的資助下，建成當時閩中規模最大的寺院。乾符二年(875年)，獲賜名應天雪峰禪寺，義存獲賜紫衣袈裟，號真覺大師。
義存在雪峰寺“演唱未嘗少懈，衲子云集，至無容所”，僧眾多時達1500人。其門下高僧輩出，南禪中的雲門、法眼二宗，都與他有淵源關係，雲門宗的創始人文偃(匡真禪師)是義存的弟子，法眼宗的創始人文益(淨覺)是他的三傳弟子。這兩宗的教徒都尊雪峰為“祖庭”。此外，福州玄沙院開山祖師備，福州怡山長慶寺中興祖慧?、福州鼓山湧泉寺開山祖神晏等，也都出於義存門下。晚年，義存歸里葬雙親於南安楊梅山，並建亭設庵，後成岩寺，俗稱小雪峰。
五代閩王王審知對義存特別禮待，經常請他到府中說法。泉州刺史王延彬也建寺迎請義存掛錫，大加禮敬。後梁開平二年(908年)五月初二日，義存圓寂。閩王遣子延稟往祭。義存著有《雪峰清規》、《雪峰義存禪師語錄》等傳世。
