郭的祖籍是寧夏金積堡(今寧夏吳忠市)。父親是貧窮的念書人，人稱郭先生，在伊斯蘭教哲赫忍耶派馬化龍教主家府當記賬(會計)。他為人忠厚，辦事誠實，深得馬化龍教主的信任。於是，馬把族中的侄孫女(人稱龍爺的親孫女)婚配郭先生為妻。同治十年(1871年)，陝甘總督左宗棠鎮壓了馬化龍領導的寧夏回民起義，屠殺了馬化龍的親族一千多人，並將三千多老弱婦孺押解到化平(今涇源縣)山區開荒，其中就有郭先生夫婦。從此，郭先生就和苦難的回民一起過著饑寒交迫、刀耕火種的半原始生活。同治十二年(1873年)，郭南浦出生在化平廳黃花川楊家店子村，他是郭先生家惟一的男孩子，他還有3個妹妹，家庭生活非常困難。他在懂事的時候就跟隨母親上山撿柴。當時化平的回民鄉親缺醫少藥，許多人生病因無力醫治而死去。郭先生因曾在馬化龍府中學了點能治小病的知識，能識別一般草藥用途，便大膽地上山採藥開始看病。天長日久，名聲傳開，他竟成了化平幾千回民的良醫。化平廳官府傳郭先生問罪，說他不報官府私自行醫，重責郭先生40大棍並禁止他看病。從此他每日上山打柴，下田種地，斷絕親友來往，教子讀書。以後，郭南浦年及弱冠便隨父學醫、傳授密方，家庭生活能得布衣溫飽。不幸在光緒十五年(1889年)夏，化平遭受一傳染病，三千多人病死了四分之一，這次郭南浦的父母相繼病故。4口人的生活要他負擔，未滿10歲的妹妹要他撫養，打柴種地要他操勞，於是郭南浦白天勞動，晚上在老師張元太指教下讀書。光緒二十年(1894年)，郭南浦參加縣上科舉考試，到平涼應試就中首名秀才。回鄉後，郭南浦看到在化平張家大戶的勢力範圍內沒有他立錐之地，於是徒步離家到了沙溝(西吉沙溝鄉)面見馬元章教主(伊斯蘭教哲赫忍耶沙溝派)。馬元章見郭南浦雖衣衫破舊，但氣魄非凡，是個有志之人。馬問他有無技能，郭說略懂中醫。馬即給了他100兩銀子的本錢，叫他到固原黑城子馬的店鋪里賣藥行醫暫且餬口。以後由馬元章的兒子馬寅武作媒，在三營鎖家岔娶鎖家姑娘為妻，才開始了他的安定生活。
郭南浦在黑城子行醫10年。黑城子是一個只有50戶人的小鎮，買藥看病的人很少，所收不能維持4口人(兩個女兒)的生活。他的夫人鎖氏經常領著女兒給人做小工(農活)維持生活。後來，郭在固原交朋結友，開始了他的空買空賣的生意，賺錢很多，人們都奉稱他為“郭老爺”。他又娶了化平自家寡婦作二房。此時，郭的生活富裕，專請了一位阿訇教他學阿拉伯文。經過三年苦學，他的阿文有了基礎，深得馬元章教主的讚許，說郭是有作為的人。
光緒三十年(1903年)春天，甘肅張家川阿訇馬千山(人稱馬五兒，原是馬元章的三弟馬元超的義子，受馬元章的培養成名)和馬元章族中侄輩打了架，氣憤不平，上蘭州督署告馬元章縱子行兇，並列舉馬元章先輩的反清事跡。陝甘總督升允受理訴案，調馬元章到蘭州打官司。馬元章無意和馬千山對簿公堂，便召開了家人會議，馬元章談了不去蘭州打官司的原因，徵求誰願代表他去蘭州打官司。很多人都沉默不語，惟郭南浦願往。馬紹武(馬元章侄子，中文程度很好，後去新疆任喀什提督、省民政廳長，1935年春被盛世才活埋)也願同往。郭到蘭州住在廣武門外安進福的坑坑店裡。在第一次對簿公堂中，馬紹武出庭，沒有辯過馬千山而敗了下來。第二次郭南浦出庭，辯敗了馬千山，官司打贏了，宣判馬千山誣告。由此馬千山惹了回民眾怒，在甘肅、寧夏自知不能立足，恐遭意外，便到了河南督軍趙倜軍中當了旅長，後在與馮玉祥作戰中被馮的大炮擊斃。
郭南浦打贏了官司，深得蘭州回民的信任和擁護，郭也不想回固原，想在蘭州安家落戶。但苦無正當職業，生活也日漸緊張，時有斷炊之慮。正在進退兩難之際，蘭州駐軍督統陸洪濤貼出招請能治腳疽良醫的告示，因為陸洪濤的女兒腳得疽瘡，百醫無效，所以出告示請醫。郭南浦看過告示，就撕了告示以表示他能治此病，此舉舊社會名曰“攬榜”，因郭有個父傳的專治疽瘡的密方名“神藥”，故而敢“攬榜”。陸洪濤立刻傳見郭南浦，問了他的家世出身，行醫年限，並說治療疽病確有把握，遂付他白銀百兩暫作買藥之費。經過一月的治療陸女的腳疽痊癒。名聲傳出，郭南浦一舉成了有名的外科良醫。陸派郭為副官，從此郭在蘭州有了名氣，生活逐漸富裕，買了公館(住宅)，娶了第三房夫人(靜寧縣馬氏)。郭共娶妻六房，生子8個，女兒11個。從此開始了他疏財仗義，廣交朋友的社會活動。清宣統元年(1909年)，郭和蘭州的同盟會會員田崑山等人交往，加入了同盟會。他又介紹于右任到沙溝面見馬元章教主，於要求號召西北回民贊助革命一致反清，並送鄒容著《革命軍》100本。當時馬元章表示贊助革命，並派人護送于右任到平涼。郭將他加入同盟會的情況告訴了馬，馬非常驚訝!馬提醒說：“清朝國勢雖已衰弱，但對外不足，對內有餘，我們的處境如燕棲幕上，再不能自討災難。今盤踞甘肅的馬安良、馬福祥、馬麟是清朝的忠實奴臣，握有兵權，時刻監視我們，逼迫我們鋌而走險，用我們的血肉為他們立功，我們應牢記同治年間的經驗教訓，再不能上他們的當去作無謂的犧牲，今後做事要慎思。”接著馬親書一條幅，上書“業精於勤荒予嬉，行成於思毀於遂”。郭一生以此為座右銘。
郭在蘭州專心從事公益事業。首先為回族反清犧牲的領袖人物馬明心等建立了陵墓，自己出錢修建了兩座清真寺，出資辦了一所回民國小，凡是公益事業的捐助他都大力資助。所以他一生沒有積蓄，經常兩袖清風。由於他不愛錢，只愛名，所以得到了蘭州回民民眾的好評，成為蘭州伊斯蘭教中舉足輕重的人物。為此馬元章教主重用郭南浦負責管理蘭州、河州地區哲赫忍耶教派的宗教事務。
民國初年，甘肅省長張廣建、督軍陸洪濤委任郭南浦為省府參議、督軍府雇問，使郭成為甘肅回族中的顯赫人物，同時也是國民黨在回族中惟一聲望素著的老黨員。郭還與當時西北有軍權的馬安良、馬福祥、馬廷相、馬麟、馬麒、馬進祥以及後來的馬鴻賓、馬鴻逵、馬步芳等均有交往，和全國回族名人唐柯三、達浦生、王靜齋等結為友好，可以說“友天下公”。
民國六年(1917年)，河南白朗軍攻破甘肅天水，打死鎮守使馬國仁(臨夏人)。隴南回民中有教派成見的人控告馬進西(馬化龍的孫子，哲赫忍耶教派板橋派教主)父子“勾通白朗預謀造反”。白朗軍敗退，天水官府將馬進西父子二人逮捕入獄。郭聞訊即進行營救，但事關政治要案，他個人無能為力，遂派人通知馬元章設法營救。
民國七年初(1918年)，馬元章受張廣建、陸洪濤邀請到蘭州住郭南浦家裡。他首先走訪了張、陸，受到張、陸熱烈的歡迎。這些官場應酬的種種花費，都是郭出錢支應。每天常有百人在郭家吃住，時達一年之久，花費郭2萬多銀元。營救馬進西是以馬元章的名義，由郭南浦向各方周鏇，由郭賄送張、陸謝金白洋1萬銀元才將馬進西救出。馬元章稱讚郭南浦慨解義囊的行為是“教門的中流砥柱”。
馬進西被釋放後到了蘭州，在郭的調解下，馬元章、馬進西雙方放棄前嫌，彼此相見和睦如故。民國八年(1919年)初，馬元章動身回沙溝前夕，問郭南浦共欠多少外債?郭回答約有10萬白洋。馬說：“老郭，你以後只有開個錢廠，才能還清這筆債。”以後郭南浦果然開辦了蘭州銅元廠，賺了一大筆錢，還清了10萬元外債。
民國二十一年(1932年)，甘肅省主席馬鴻賓被馮玉祥的國民軍師長雷中田為奪權而扣押。當時正是國內軍閥混戰各據一方之際，人人自危，朝夕難保。但郭南浦不懼危險，規勸雷中田釋放馬鴻賓：“放了馬鴻賓風平浪靜，殺了馬鴻賓風雲激變。西北是回民聚居區，馬鴻賓在回民中頗有威望，你殺了他會惹起回民的反對，你要想主鎮甘肅，你與回民的關係搞不好是不會安定的。”雷中田贊許郭的中肯。後在各方人士斡鏇下釋放了馬鴻賓，從此郭、馬成為莫逆之交。
民國十七年(1928年)，國民軍司令劉郁芬主鎮甘肅，對少數民族有偏見，尤其對河州回民極為仇視，處處壓迫凌辱，激起了18歲的回民青年馬仲英等人的義憤，馬聯合河州回民用武力反抗國民軍師長趙席聘的民族壓迫政策。郭說馬仲英的造反事出無奈，劉郁芬不應該實行欺回政策，無故造成西北回漢百姓的災難和流血，劉郁芬應負罪責。同時，郭也斥責馬仲英不應該到處攻城掠地屠殺無辜的漢族百姓，為劉郁芬屠殺河州回民製造藉口。馬仲英起事後，派人向郭贈他騎馬背槍照片一張以示致敬。郭也將照片懸掛多年，以示對這個勇敢的回族青年的愛惜之情!
1937年盧溝橋事變發生後，日本侵略軍的鐵蹄踏進祖國中原大地。愛國心切的郭南浦不顧七旬高齡，以甘肅回民抗日救國代表的身份，要求國民黨政府當局允許他到海外僑胞中宣傳抗日救國並募捐，他的要求獲得批准。他到香港受到海外華僑的熱烈歡迎和幫助，募到了約10萬白洋的現金。郭到重慶將此款交入國庫，受到蔣介石的接見，蔣讚許郭是“抗日的白髮功臣”。郭趁此向蔣介石建議要重視回民教育，應平等對待各民族。蔣介石聽了郭的意見後，由蒙藏委員會交給郭30萬元法幣，約合10萬銀元，叫郭負責興辦回民教育。
郭平素對興辦回族教育、培養青年學生非常熱心。在他家裡，經常有在蘭州上學的外地學生吃住。受過他資助的學生，今天在甘、寧、青地區不在少數。郭用蔣介石給的30萬元，在甘肅固原、海原、隆德、涇源、西吉(此五縣時屬甘肅省管轄)興辦省立生活學校(相當國小，後改名中心學校)七處，教職員工省級待遇(高於地方待遇三倍)，學生每人每月發生活費6元(白洋3元)，每年發衣服一套，每校發手工紡織大小木機一套。這些設備在當時還是比較完善的。這些學校培養出了不少回民知識分子，今天多在西海固地區擔任一定的職位。
在1938年至1940年期間，回民聚居區固原、海原、隆德等處連續發生了三次回民反蔣起義，此為有名的“固海三次農民暴動”。溯其原因，是國民黨政府實行民族壓迫政策而激起的回民武裝反抗。當時國民黨第八戰區司令長官朱紹良看到用武力消滅回民起義不但消滅不了，反而會把事態擴大，所以利用回民上層誘降回民起義領導人，故組織了一個龐大的“慰問宣撫團”，在蘭州邀請郭等十多名回民知名人士參加，規勸起義首領馬英貴、馬國琳、白受彩三位首領投降，但此三人降後均被國民黨殺害。郭南浦晚年時每談及此事都報有難言之疚。
1949年秋，解放軍兵臨蘭州。時任西北軍政長官的馬步芳準備逃往海外，邀郭南浦、馬震武(伊斯蘭教哲赫忍耶教派沙溝教主)等同逃海外。郭南浦以老朽無用，不能乘飛機，有生之年不多，想在故土埋身為辭沒有走。同年8月26日，蘭州解放，萬民歡笑。郭南浦等歡迎人民解放軍解放蘭州，還受彭德懷司令員之託，與在蘭州的回族開明人士如馬季康(回族學者)、馬守禮(原甘肅正寧縣長，被俘後參加工作)等，到寧夏規勸馬鴻賓(西北軍政長官公署副長官)、馬鴻逵的兒子馬敦靜(寧夏兵團司令)認清形勢，早日起義，以免寧夏人民遭受戰禍。郭等到銀後，馬敦靜卻把以郭為首的代表團人員軟禁在旅館裡，不讓外界任何人與之相見。後來，馬鴻賓來看望郭等人時，郭耐心勸其儘快率八十一軍起義。
9月23日，寧夏解放。因郭等代表團人員為寧夏解放做了一件好事，得到人民解放軍十九兵團首長的獎勵，並贈送給郭南浦“和平老人”錦旗一面以資表揚。甘肅省人民政府成立，郭南浦曾任省政府委員、省人大代表、甘肅省政協常委等職。1950年夏天，郭隨省代表團去北京，受到毛主席親切接見，併合影留念。
1958年夏天，郭南浦被定為現行反革命分子，是馬震武“陰謀造反的黑軍師”，並對郭進行批鬥。郭南浦投井自盡。1984年，黨又為郭南浦平反昭雪，恢復名譽。
