法國南部的蠶絲業很發達。可是，在1865年，不知道什麼原因，蠶兒不斷地生病，不吐絲，不作繭，渾身起棕黑色的斑點，並且成批地死亡，使養蠶業受到很大的損害。貧窮困苦的養蠶者請求政府援助。最後，人們還是紛紛推薦巴斯德來解決這個問題。因為人們認為，研究這一類問題，沒有比巴斯德更有良心的科學家了。他們曉得，巴斯德只要知道有許多人陷於困境，為了救人，他必定會以不屈不撓的精神來研究的。
上議院議員、巴斯德的恩師竇馬寫信給巴斯德，邀請他到自己的家鄉――阿萊研究蠶病。
接到恩師的委託，巴斯德感到一陣心慌與緊張。他是一位化學家，只與酒的發酵打過交道，沒與動物、昆蟲的疾病打過交道。他也從來沒有見過蠶。但蠶病如此嚴重，他知道這是一件大事。他在給恩師的回信中寫道：“老師說的事情，使我很煩惱。我很感激老師瞧得起我，何況研究目標又很大！可是，我很擔心，因為從我生下來到今天，一次也沒看過和摸過蠶。假如我和老師一樣生長於養蠶的地方，而多少對蠶有些知識的話，我是決不猶豫的。”
“但是，也許我能做也說不定，假如辭謝了老師緊急的委託，我一定會後悔的，我豈能辜負了老師的關懷？一切就請老師安排吧。”
巴斯德為了拯救法國蠶絲業，勇敢地擔負起了這個艱巨的任務。
他在臨出發去阿萊之前，前去拜訪了法國著名的昆蟲學家法培爾，在法培爾那裡他了解了許多蠶的知識。他還閱讀了有關蠶的種種書籍。在經過相當的準備後，他才出發去阿萊。
在阿萊，巴斯德和助手們進行了廣泛深入的調查。他們發現這種黑斑病見於蠶卵、蠶身及蛾身上，是好像撒散開的胡椒一樣，呈現出棕黑色的小斑點。大部分病蠶是在結繭之前就死亡。
這種病到底是從哪裡來的呢？如何才能使蠶避免它呢？巴斯德走訪了許多養蠶戶。得到的回答是：不知道這病是怎么得的，但這病蔓延得很快。養蠶人曾用過種種辦法對付蠶病，但都沒有收到效果。他們把硫磺和木炭粉撒在蠶身上，用胡椒和糖，用灰和煤屑……還有人把葡萄酒撒在桑葉上餵蠶等。任何方法都防不了這種小黑斑病。
巴斯德選在一個小養蠶場進行了研究工作。這一次他仍然使用顯微鏡幫助他工作。
就在巴斯德到達阿萊的第九天，發生了一件意外的事，使他不得不停止了手中的實驗。
巴斯德接到來自家鄉阿爾布瓦的電報：“父病急。”他憂心如焚地趕回家鄉時，敬愛的父親已經逝世了。巴斯德心中非常悲痛。但他沒有沉浸於悲痛之中，為父親辦理好後事，馬上返回了阿萊，又開始了蠶病的研究工作。他知道許多人正為蠶病苦惱，他要盡全力為他人服務，以慰父親在天之靈。
巴斯德把蠶放在水中，然後把它磨成紙漿一樣的汁。他取一滴蠶的漿汁放在顯微鏡底下進行觀察。巴斯德發現，在病蠶體內布滿呈球狀的病原體，這是一粒粒微小的棕色顆粒。由於病蠶身上呈褐色或黑色的小點，巴斯德把這種蠶病稱為微粒子病。終於弄清楚了使蠶得病的病源是原生動物。
巴斯德根據調查和研究，提出在蠶蛾交配前將公蛾和母蛾成對分開，交配後解剖蠶蛾，在顯微鏡下檢查蛾的皮下脂肪，看不到小球狀的病原體，就可以確定這對蠶是健康的，所產的孵便可孵育新蠶。可是用這種方法選育蠶子，第二年在春蠶結繭時，仍患了微粒子病。
在以後的研究中，巴斯德的助手傑內斯用病蠶未吃過的桑葉飼養健康的蠶，並結了繭，繭出了蛹，蛹變成了蠶蛾。這些蛾子也是健康的。而把病蠶的磨碎物塗抹在桑葉上，用這些桑葉飼養蠶，蠶便患了微粒子病。病蠶變態成為蛾子後，體內所有器官都布滿了球狀的病原體。由此得出這樣的結論：這些引起蠶發病的球狀物是活的，是蠶的病原體。它侵入蛾子體內的各個部位。如果對蛾子體內的所有器官都進行檢查，找不到病原體的蠶蛾便是健康的，所產的卵就可以用作蠶種。
於是，巴斯德建議：凡是產完卵的蛾，都要進行檢查，發現有病原體的，應當把蠶蛾、蠶卵統統燒掉。蠶農們按照這一方法去做，第二年孵出來的新蠶沒有再患微粒子病。巴斯德還建議：健康的蠶不要吃病蠶玷污過的桑葉，把健康的蠶與表現出感染微粒子病的蠶群隔離飼養。
在巴斯德緊張的研究蠶病的過程中，不幸的事接連不斷：父親去世後不久，他的2歲的小女兒因病去世；1866年大女兒因患傷寒病也離開了人世。巴斯德又累又急，緊張的研究工作又放不下。這時一些持不同學術觀點的人在雜誌報刊上對他研究蠶病進行惡意誹謗和攻擊。1868年10月19日，巴斯德患腦溢血而半身癱瘓。
醫生告訴巴斯德，這種病是治不好的。可是，巴斯德頑強地與疾病鬥爭，堅持治療和鍛鍊偏癱的肢體。堅強的意志創造了奇蹟，使他從病床上爬了起來，又回到了實驗室。
12月，巴斯德拖著仍不很靈活的左手、左腳回到阿萊，繼續進行他的關於蠶病的研究。巴斯德的助手們則分赴法國南部各地，進行實地試驗。
前後共用了5年時間，終於解決了微粒子病給蠶絲業造成的危害。法國南部的絲絹協會正式承認巴斯德的預防方法絕對正確有效。
後來，不僅法國，其他各國均廣泛用巴斯德的預防法，蠶病被完全消滅了。就這樣，巴斯德挽救了法國的蠶絲業，為他的國家帶來了巨大的財富。
