機種：SFC
1994年1月21日發賣
售價：9800日元
容量：24MROM+64K SRAM
評價：以第一作為基礎再加上後半部分的劇情將之補完。美型的人物，高故事性及高難度為其特點。由此開始FE成為真正的名作，至今這部作品仍相當受FE迷們的支持
1990年，在無數玩家千呼萬喚的企盼聲中，任氏家族的二代目超級任天堂（SFC）終於粉墨登場。儘管是剛剛上市，SFC卻帶著當仁不讓，捨我其誰的王者氣質。僅用兩年時間，就以大量優秀的軟體把它所有的競爭者都趕進了墓地。而作為任天堂忠心耿耿第二方的Intelligent Systems會社自然也不甘沉寂。除了協助上層部門——橫井軍平所管轄的R&D1完成了《超級銀河戰士》等作品外，Intelligent Systems會社最大的項目，就是投入在對應SFC的《火焰之紋章 紋章之謎》的新作之上。
吸取了外傳的教訓，製作小組沒有對作品系統進行特別激進的改變。甚至連原創題材也未曾採用，而是在第一作的基礎上進行了強化式的延伸與發展，整個作品被分為上下兩部（暗黑戰爭篇、英雄戰爭篇），上篇20章以第一作25章的壓縮內容為主體，描述了阿利提亞王子馬爾斯為反對暗黑龍復活起兵征戰整個阿卡內亞大陸的壯麗篇章。而下篇22章則是前篇延續，講述了在暗黑戰爭中曾與馬爾斯王子合作抗戰的草原之國王哈丁在登基成為阿卡內亞聖王國後，他的妻子——阿卡內亞公主妮娜並非真正愛著自己，而是對身份神秘的黑騎士卡繆充滿了思念。被嫉妒與苦悶占據了心靈的哈丁被前作中邪惡的大祭司加尼弗利用，發動了與大陸諸王國之間“英雄戰爭”的故事。全篇在全新的界面與系統上完成了對FC第一作在各方面的補完，除了作品的畫面、動感、音效等系統設計之外，職業、武器、道具、作戰任務乃至各個角色不同作戰性能和劇情對白上也都做了相應的強化，令作品表述更為緊湊、華麗、充滿了戲劇性和感染力。
加賀昭三在本作中最大程度地發揮了自己撰寫劇本和導演劇作的超凡能力，他對於古代各民族起源與在封建制度下所形成的社會體系、社會思想與社會人文等知識的研究頗為深刻，這為他給作品構築龐大而深邃的背景打下了堅實的文化基礎。無論是龍人族的最初演變還是人類社會的起源發展，他都將之演繹得淺顯細緻，通俗易懂；他並非能將精力平均且完全地分布給每一個筆下的角色，但卻善於以堪寥寥的篇幅讓所描述之人物的性格活靈活現，躍然紙上；他所敘述的故事情節將戰爭與愛情有機地融合在一起，環環相套絲絲入扣，將真摯的情感表露置於龐大的戰爭畫卷中去。顯示出嫻熟的導演技巧和精妙的劇作安排。篇中的悲劇女性妮娜公主為能實現復國之願甘願接受月之女神阿爾特彌斯的命運，在實現願望的同時令她失去了自己所愛和深愛自己的人，並直接導致昔日戰友反目成仇的英雄戰爭，最終在孤兒院中走完了人生之路。作品以細膩的情懷，幽怨的表述將這位傳統的王族女性悲傷的、無力與世俗抗衡的一生表述得淋漓盡致，不僅震撼了所有《紋章》FANS 的心，也令許多從未接觸過“《FE》系列”的新玩家們感受到了巨大的心靈衝擊。該作發售後很快突破了60萬套（最終銷量約78萬套），成為當時“《FE》系列”中銷量最高的作品。日本權威遊戲雜誌FAMI通主編浜村弘一絲毫不吝“史詩”、“完美”等讚美之辭。一些遊戲雜誌編輯與核心玩家於本作發行後甚至自發組織起了所謂的“FE教”，以顯示對FE無上的執著與忠誠。加賀昭三也在經歷短暫挫折後成為遊戲界的焦點，並榮幸地成為可獲得與任天堂老闆山內溥對酌小飲之殊榮的少數製作人之一。《紋章之謎》也許並非加賀昭三製作能力最高體現的代表，但確實是讓他本人走上人生最高峰的作品。在此後，《火焰之紋章》的聲名在S·RPG界如同金字塔頂端一般至高無上，被日本業界諸廠商稱為“不可逾越的山峰”。
