職能
珠海高欄港經濟區管理委員會主要職責：（一）貫徹執行國家和省市有關方針、政策、法律、法規和規章。
（二）貫徹落實《珠江三角洲地區改革發展規劃綱要》，加快發展臨港現代產業，承擔建設“全國沿海主樞紐港”、“高欄港工業區、海洋工程裝備製造基地和國際商務休閒旅遊度假區”的任務。
（三）負責制定轄區經濟社會發展規劃和城市規劃建設等配套政策並組織實施。
（四）負責協調中央和省在轄區設立的派出機構，協調市直單位派駐轄區的有關機構。
（五）負責領導所轄各部門的工作。
（六）承辦市委、市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，高欄港經濟區管理委員會設12個內設機構：（一）珠海高欄港經濟區管理委員會辦公室。
負責文秘、會務、接待、機要、檔案檔案等機關日常運轉工作；負責信息、保密、政務公開工作；承擔機關資產管理、後勤服務等工作；負責外事辦證工作；承擔與市人大、市政協的聯絡工作。
（二）珠海高欄港經濟區管理委員會黨群工作部。
貫徹執行黨的路線、方針和政策；負責紀檢監察、黨建、組織、人力資源和社會保障、宣傳、新聞出版、精神文明建設和機關作風建設工作；負責群團組織、工青婦、統戰、民族宗教事務工作；負責離退休人員管理工作。
（三）珠海高欄港經濟區管理委員會統籌發展局。
綜合提出港區發展戰略，組織擬定和實施港區經濟社會發展規劃和年度計畫；組織擬訂和實施港區控制性詳細規劃和各專項發展規劃；
（四）珠海高欄港經濟區管理委員會產業發展局。
負責研究提出產業發展戰略和政策，組織實施產業發展專項規劃，負責工業、信息化、商貿、旅遊、招商引資、投資推介、科教研發、智慧財產權保護等工作。
（五）珠海高欄港經濟區管理委員會建設局。
貫徹執行城市建設、房地產管理和住房保障等方面的法律、法規和規章；負責市政園林公共設施、基礎設施、人防工程等建設；負責環境治理和監管建築安全生產工作；負責交通運輸工作；協調港口、供水、供電、通訊等工作。
（六）珠海高欄港經濟區管理委員會財金事務局（國有資產監督管理局）。
貫徹執行財政、金融工作方面的政策、法律、法規和規章；組織擬訂和實施財稅發展規劃、政策和改革方案；負責編制和實施年度財政收支預決算草案；負責管理監督財政收入和財政支出；負責管理預算外財政專戶及各項政府性基金；負責財稅管理、國有資產監管、投融資等工作；承擔監督檢查各部門財務活動等工作。
（七）珠海高欄港經濟區管理委員會環境保護局（市環境保護局高欄港分局）。
（八）珠海高欄港經濟區管理委員會安全生產監督管理局（應急管理辦公室、總值班室）。
制定安全生產工作規劃；依法行使安全生產綜合監督管理職權；依法監督檢查新建、改建、擴建工程項目的安全設施與主體工程“三同時”情況；組織安全生產工作檢查；協調處理區內安全生產工作的矛盾和問題；組織落實安全生產工作措施、計畫和責任制；制定區內各類重、特大事故應急救援預案並組織實施；負責區值班工作；負責區應急指揮的組織、協調等相關工作；負責石化倉儲區閘口管理工作。
（九）珠海高欄港經濟區管理委員會社會事業局。
貫徹執行社會事業方面的政策、法律、法規和規章；組織擬訂和實施社會事業發展規劃；負責民政和社會福利事務；承擔社區組織、社會組織、社區公共設施的建設和監督管理工作；承擔促進社會管理體制創新發展的責任；承擔文化娛樂、體育事業、公民教育、廣播電視等責任。
（十）珠海高欄港經濟區管理委員會衛生和人口計畫生育局。
（十一）海洋和農漁局。
負責海洋漁業管理工作；負責農、林、畜牧、漁業管理（生產、技術、培訓），農（林、畜牧、漁）業執法和農村管理，農村經濟合作組織的經營及財務管理、收益分配和檢查落實。協助農村發展經濟，認真做好農（林、畜牧、漁）業生產管理的契約鑑證、統計等工作，落實農（林、畜牧、漁）業生產各項管理法規；推廣農、林、畜牧、漁業技術；負責水利和“三防”工作。
（十二）珠海高欄港經濟區管理委員會綜治信訪維穩辦公室（武裝部）。
人員編制和領導職數
高欄港經濟區行政編制95名（區鎮合一），其中，書記1名、副書記2名；主任1名，副主任4名；內設機構領導職數35名（正科級13名、副科級22名）。後勤服務人員數13名。其他事項
（一）高欄港經濟區與南水鎮實行“區鎮合一”。
（二）珠海市人大常委會高欄港經濟區工作辦公室作為市人大常委會派出機構，受市人大常委會和高欄港經濟區黨委雙重領導，其辦公室主任由高欄港經濟區黨委副書記兼任，另設專職副主任1名（正科級），專職工作人員1名，該2名人員的工資關係及日常管理由高欄港經濟區負責。
（三）所屬直屬機構和事業單位的設定、職責和編制事項另行規定。
