發展歷程
成立背景
海峽交流基金會成立經過
1990年11月21日，海基會召開捐助人會議，並舉行第一屆董監事第一次聯席會議，通過《財團法人海峽交流基金會捐助暨組織章程》，選聘第一屆董事42人、監事6人。
1990年11月26日，海基會向行政院大陸工作會報申請設立許可。
1991年2月8日經行政院大陸委員會許可，並於同日向台北地方法院辦妥財團法人登記，3月9日正式對外服務；1991年4月9日與行政院大陸委員會簽訂委託契約，處理有關兩岸談判對話、文書查驗證、民眾探親商務旅行往來糾紛調處等涉及公權力之相關業務。
2012年9月27日，《海峽交流基金會組織章程》修改，將董事長從“無給職”改成得為“有給職”，海基會董事長月薪可能落在新台幣23萬到29萬元之間。
2013年5月，兩岸兩會互設辦事機構有新進展，經雙方談判團隊溝通，海基會初期將在北京、上海和廣州各設一館處，形成“一代表處、二辦事處”格局；海協會則同意先在台北設代表處，將來再考慮設其他分館。
各部地址
總部大樓海基會第一代會本部設於台北市松山區敦化北路201號（台塑大樓）。
海基會第二代會本部設於台北市松山區民生東路三段156號17樓（宏泰世紀大樓）。
海基會第三代會本部設於台北市中山區北安路536號（文湖線捷運大直站3號出口旁），為海基會新建大樓共建有地上9層、地下2層，遷入日期為2012年4月9日，為民服務。
組織結構
組織
董事會
監事會
董事長
副董事長
秘書長（3人）
主任秘書
機構
秘書處
文教處：兩岸人民急難服務中心
經貿處：台商服務中心
法律處：聯合服務中心、法律服務專線、大陸配偶關懷專線、中區服務處、南區服務處
綜合處
歷任董事長
辜振甫：1991年3月9日－2005年1月3日
劉德勛：2005年1月3日－2005年6月11日（陸委會副主委兼海基會副董事長，代理）
張俊雄：2005年6月11日－2007年5月
洪奇昌：2007年7月12日－2008年5月26日
江丙坤：2008年5月26日－2012年9月26日
林中森：2012年9月27日－2016年8月30日
田弘茂：2016年8月31日
機構章程
總則
第一條 本財團法人定名為“財團法人海峽交流基金會”(以下簡稱本會)。
第二條 本會以協調處理台灣地區與大陸地區人民往來有關事務，並謀保障兩地區人民權益為宗旨，不以營利為目的。但提供服務時，得酌情收服務費用。
第三條 本會為達成前條所定之宗旨，辦理及接受政府委託辦理下列業務：
一、台灣地區與大陸地區人民入出境案件之收件、核轉及有關證件之簽發補發等事宜。
二、大陸地區文書之驗證、身分關係之證明、協助訴訟文書之送達及兩地人犯之遣返等事宜。
三、大陸地區經貿信息之蒐集、發布；間接貿易、投資及其爭議之協調處理等事宜。
四、兩地區人民有關文化交流之事宜。
五、協助保障台灣地區人民在大陸地區停留期間之合法權益。
六、兩地區人民往來有關諮詢服務事宜。
七、政府委託辦理之其它事項。
第四條 本會之主事務所設於台北市，並得視業務需要，在海外及大陸地區設定分事務所。
第五條 本會基金來源，由捐助人五十三人共捐肋新台幣陸億柒仟萬元成立之。本會經費之來源如下：
一、基金運用之孳息。
二、委託收益。
三、政府或民間捐贈。
四、依本章程第二條所收取之費用。
組織
第六條 本會設董事會，為本會之決策機構，掌理基金之籌募、保管及運用，秘書長之任免，工作方針之核定，業務計畫及預算之審議等事宜。
第七條 本會董事會置董事四十三人。第一屆董事由捐肋人選聘之。
本會董事長一人，綜理會務，對外代表本會。副董事長一至三人，襄助董事長處理會務。均由董事互選之。
本會名譽董事長一人，由董事會敦聘德高望重之人士擔任。名譽董事長、董事長、副董事長及董事，均為無給職，但得酌支交通費。
第八條 董事任期三年，連選得連任。
董事長、副董事長、董事在任期內，遇有辭職或其它原因出缺時，得由本屆董事會補選之。其任期以補足原任期為限。
第九條 每屆董事會於任期屆滿前一個月，推選次屆董事人選。新任董事會於上屆任滿之日成立，並依第七條第二項規定選舉董事長及副董事長。
第十條 董事會每三個月召開會議一次，由董事長召集並為主席。董事長因故缺席，由副董事長代理之。董事長、副董事長均缺席時，由董事互推一人代理之。董事長認為必要或經董事三分之一以上提議，得召開臨時董事會。
第十一條 董事會之決議，須經二分之一以上董事出席，並以出席董事過半數同意行之。
第十二條 董事因故不能出席前條所定之會議時，得委託其它董事代行職務。但每一董事以受一人委託為限。
第十三條 本會置秘書長一人，由董事長提名，經董事會同意聘任之；解任時亦同。秘書長承董事會之命，綜理本會事務。
第十四條 本會置副秘書長一至三人，主任秘書一人，由秘書長提請董事長同意聘任之；解任時亦同。
第十五條 本會設左列各處，辦理第三條所定業務：
一、秘書處
二、文化服務處
三、經貿服務處
四、法律服務處
五、旅行服務處
六、綜合服務處
各處置處長一人，視業務繁簡，得置副處長一至二人，專員、組員、辦事員、雇員若干人，並得於處下分科辦事。本會視需要得設人事室及會計室。
本會海外及大陸地區設立之分事務所各置主任一人，視業務綮簡，得置副主任一至二人，其它人員配置得比照前項辦理之。
第二項及第三項所定工作人員，由秘書長提請董事長聘任之。其職掌及人員分配，另以職掌表及編制表定之。
第十六條 本會置監事陸人，由捐肋人選聘之，掌理基金、存款之稽核，財務狀況之監督及決算表冊之查核等事宜。
第十七條 監事之任期、缺任、給與及次屆監事之產生等，均準用本章程有關董事之規定。
第十八條 本會得因業務需要，由秘書長提請董事長同意聘任顧問若干人。
第十九條(刪除)。
基金管理
第二十條 本會之會計年度，與政府之會計年度同。
第二十一條 本會秘書長應於會計年度開始前三個月擬定業務計畫及預算，提報董事會審議通過後執行。
第二十二條 本會基金之保管及運用，應於會計年度結束後二個月內編制基金保管及運用報告、暨全年度決算，提報董事會通過後，送請監事核備。
第二十三條 本會年度經辦業務及基金收支平衡表，均應依法向主管機關報備。
附則
第二十四條 本會因情勢變更，致不能達捐肋目的時，得依法報經主管機關許可後，解散之。本會解散後，應依法辦理清算。其剩餘財產，歸屬國庫。
第二十五條 本章程未規定事宜，依有關法令規定辦理之。本章程於一九九零年十一月廿一日經董事會通過訂定，於報請主管機關核備後施行。
主要業務
該會的主要工作有如下7項業務：
(1)兩岸人民入出境收件、核轉及有關證件簽發補發。
(2)祖國大陸地區文書驗證、身份關係證明、協助訴訟文書送達及兩地人犯遣返。
(3)祖國大陸地區經貿資訊的收集發布，間接貿易、投資及其爭議的協調處理。
(4)兩岸人民有關文化交流事宜。
(5)協助保障台灣地區人民在祖國大陸地區停留期間的合法權益。
(6)兩岸人民往來有關諮詢服務。
(7)政府委託辦理的其他事項。
主要會談
辜汪會談
海峽交流基金會焦唐會談
1994年1月31日到2月5日、1994年8月4日至8月7日，海基會副董事長兼秘書長焦仁和與海協會常務副會長唐樹備先後在北京、台北進行二度焦唐會談，就如何落實“辜汪會談共同協定”及後續事務性協商問題進行會談，兩度焦唐會談後，1994年8月24日，依“兩會聯繫與會談制度協定”第五條通過訂定《兩會商定會務人員入出境往來便利辦法》。江陳會談
第一次江陳會談
2008年6月12日，海基會董事長江丙坤和海協會會長陳雲林在北京舉行協商談判，針對多項攸關兩岸交流議題達成共識，包括兩岸包機直航、大陸遊客來台等，並將推動兩岸合作在台灣海峽海域探勘開發油田。雙方並簽署《海峽兩岸包機會談紀要》。
第二次江陳會談
2008年11月4日，兩會再度由江丙坤與陳雲林領銜於台北圓山飯店舉行協商談判，針對兩岸包機直航新航線及增加班次與航點、兩岸海運直航、全面通郵、食品安全管理機制，以及面對世界金融風暴兩岸如何應對等問題進行協商。兩會會談成果包含四個協定，《海峽兩岸空運協定》、《海峽兩岸海運協定》、《海峽兩岸郵政協定》、《食品安全協定》。
第三次江陳會談
2009年4月26日，海基會董事長江丙坤和海協會會長陳雲林在南京舉行兩岸協商談判。由海峽交流基金會董事長江丙坤率領代表團前往南京，針對共同打擊犯罪及司法互助、兩岸定期航班、兩岸金融合作等議題進行協商。雙方簽署了《海峽兩岸金融合作協定》、《海峽兩岸空運補充協定》、《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協定》三項協定。
第四次陳江會談
第四次陳江會談，台灣稱作第四次江陳會談，是於2009年12月在台中舉行的兩岸協商談判。雙方由海峽交流基金會董事長江丙坤與海峽兩岸關係協會會長陳雲林率領代表團，針對兩岸租稅問題、兩岸標準檢驗與認證合作、兩岸農產品檢疫檢驗以及兩岸漁業勞務合作等問題進行協商。雙方簽署了《兩岸標準檢測及認驗證合作協定》、《兩岸漁船船員勞務合作協定》、《兩岸農產品檢驗檢疫協定》
2009年12月21日兩會代表及台灣財政部長李述德宣布，《避免雙重課稅及加強稅務合作協定》（租稅協定）因“技術性問題”，暫不簽署。這是兩岸復談以來，首度預定簽署的協定無法如期簽成。參與會談的海基、海協兩會都強調這是因為“技術性問題”尚待磋商，但媒體評論實際原因是卡在主權稱謂的政治問題無法克服。
第五次江陳會談
