組織介紹
暗部Group“ 暗部組織”屬於學園都市上層所管理的機密組織，大部分被統括理事會直接掌控，部分直屬於理事長亞雷斯塔·克勞利。
資料庫有記載的至少五個，為各自目的而行動，其職責是維持學園都市內部的安定和執行“無法向光明表達的事”，包括 暗殺、滅口、對抗外來威脅、研究黑科技、服務統括理事，暴力維穩(包括武裝鎮壓學生和反恐)和消除資料等，暗部成員所執行的絕大部分都是“黑暗”而“殘酷”的惡行。
每個組織主要成員一般有四人，在四人的背後有著龐大的人員支持，如後勤保障、隱滅證據等等 。一般暗部成員被殺後屍體會迅速焚燒消除痕跡。
此外許多統括理事為自身安全和其他目的也有個人組建的暗部，如藥味久子理事的戀查，潮岸理事的杉谷，美濃部班和亡本理事的法式大餐
組織列表
| 組織 | 領導者 | 隸屬 | 主要負責 |
暗部組織列表| (Dragon) | 愛華斯 | —— | 代號為“龍”的學園都市最高絕密機關，幾乎無人知曉。 |
| (Group) | —— | 統括理事會 | 秘密處理“光明世界”無法處理的問題，滅口、鎮壓、暗殺 |
| (School) | 垣根帝督 | 統括理事會 | 與Group同等級別的暗部組織。消除資料，暗殺 |
| (Item) | 麥野沉利 | 統括理事會 | 防止包括統括理事會在內的上層部的失控及鎮壓其他暗部的暴動 |
| (Block) | 佐久辰彥 | 統括理事會 | 監視學園都市與外部合作機構的聯繫，阻止技術外泄 |
| (Member) | “博士” | 亞雷斯塔直屬 | 擁有眾多高科技技術的暗部組織，進行各種研究 |
| 獵犬部隊 | 木原數多 | 亞雷斯塔直屬 | 執行特殊保密任務，手段十分殘忍 |
| 迎電部隊 | —— | 亞雷斯塔直屬 | 專門應對情報泄漏尤其是非正常都市內外無線電聯繫，消除情報泄露源 |
| 新入生 | 黑夜海鳥 | 統括理事會 | 新約中登場的暗部組織，職責不明 |
| (Study) | 有富春樹 | StudyCorporation公司 | 有富春樹個人掌控的民間類暗部，非官方暗部，負責給警備員供給零配件 |
| 黑鴉部隊 | 莎特奧拉·塞克溫茨雅 | 星軌之門社 | 統括理事會所認證，解決民事問題的通常被都市內企業僱傭的維持緩衝部隊 |
| 屍喰部隊 | 本名不明 | 統括理事會 | 《某科學的超電磁炮》與《某科學的一方通行》漫畫中登場的暗部組織，暗部二軍，非一線精銳 |
| 木原一族 | —— | 亞雷斯塔直屬 | 4千餘無級別區分判斷出某領域科學遭濫用時從該領域出現的執行者，暗部性質的科研團體 |
| 法式大餐 | | 統括理事會 | 統括理事亡本裹藏的私屬暗部，為其個人服務，主要是獲取食材，暗部二軍，非一線精銳 |
| DA | 菱形光比古 | 統括理事會 | 警備員的極端，堅持扭曲的正義，有超越普通警備員的裝備，後被肅清 |
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部分組織名單
註：名字後面帶“ KIA”的表示該角色已死亡
| 成員 | 聲優 | 能力 | 等級 | 備註 | 守護之人 |
「Group」| 土御門元春 | 勝杏里 | 肉體再生 | Lv0 | 英國清教成員，最高階陰陽師，雙重間諜 | 土御門舞夏 |
| 一方通行 | 岡本信彥 | 矢量操作 | Lv5 | 學園都市超能力者中的第一位 | 最後之作 |
| 結標淡希 | 櫻井浩美 | 坐標移動 | Lv4 | 學園都市最強的空間能力者 | 過去的友人 |
| 艾札力 | 岸尾大輔 | 阿茲特克系魔法 | —— | 阿茲特克的優秀魔法師，中美洲魔法結社 新生之光 成員，叛逃至學園都市 | 御坂美琴 |
| 成員 | 聲優 | 能力 | 等級 | 備註 | 狀態 |
「School」| 垣根帝督 | 松風雅也 | 未元物質 | Lv5 | 學園都市排名第二的超能力者 | 首領 |
| 姓名不詳 | 井澤詩織 | 心理定規 | 不詳 | 身份不明，穿著禮服的年輕美麗少女 | —— |
| 砂皿緻密 | 木內太郎 | —— | —— | School僱傭的傭兵狙擊手，擁有高超的狙殺能力，此外還曾被都市其他人僱傭過 | 傭兵 |
| 譽望萬化KIA | | 念動能力 | Lv4 | 頭戴土星環，向垣根帝督挑戰失敗，卻被拉入暗部school。 | 被殺 |
| 弓箭獵虎 | | —— | Lv0 | 砂皿緻密前任的School狙擊手，享受獵殺對方的過程，有出色的嗅覺，偵查和追蹤能力，後被芙蘭達重創 | 被辭退 |
| 成員 | 聲優 | 能力 | 等級 | 備註 | 狀態 |
「Item」| 麥野沉利 | 小清水亞美 | 粒機波形高速炮 | Lv5 | 學園都市排名第四的超能力者 | 首領 |
| 絹旗最愛 | 赤崎千夏 | 氮氣裝甲 | Lv4 | 喜歡看B級電影，擅長暗殺 | —— |
| 瀧壺理後 | 洲崎綾 | 能力追跡 | Lv4 | 很有可能成為第八位Lv5超能力者 | 核心 |
| 芙蘭達·塞維倫 KIA | 內田真禮 | —— | 不詳 | 金髮的少女，擅長製作炸彈及精通各類爆破 | 被殺 |
| 濱面仕上 | 日野聰 | —— | Lv0 | 前Skill Out首領，組織下位人員 | 下部組織成員 |
| 成員 | 聲優 | 能力 | 等級 | 備註 | 狀態 |
「Member」| 博士KIA | 杉崎亮 | —— | —— | 像科學家一樣的中年男子，擅長操作各種高科技，少有的非木原科技人才 | 首領 |
| 馬場芳郎KIA | 林大地 | 不詳 | 不詳 | 遠程控制機械犬支援“博士”，常常隱藏於地下防核掩體中 | 助手 |
| 索綺特 | 大和田仁美 | —— | —— | 阿茲特克魔法師，艾札力義妹 | —— |
| 查樂 KIA | 高橋大輔 | 死角移動 | Lv3 | 卑鄙的年輕男子，喜歡使用人質戰術 | —— |
| 警策看取 | | 液化人形 | Lv4 | 御坂0號的朋友，因刺殺婭蕾斯塔未遂而入少年感化院，後與木原幻生達成共識而加入Member | Member與理事會的中間聯絡人 |
| 成員 | 聲優 | 能力 | 等級 | 備註 | 狀態 |
「Block」| 佐久辰彥 | 水越健 | —— | —— | 體格像熊的壯碩男子，Block的領導者 | 首領 |
| 手鹽惠未 | 森永千才 | —— | —— | 體格良好的女子，擅長體術，以警備員身份潛伏入警備員本部 | 警備員 |
| 山手 KIA | | —— | —— | 出場即被艾札力殺死，並以其面貌作為偽裝入侵了Block | —— |
| 鐵網 KIA | 續木友子 | 意見解析 | 不詳 | 陰鬱的少女，能識別人內心所想，能力等級不詳 | —— |
| 成員 | 聲優 | 備註 |
「獵犬部隊」| 木原數多 KIA | 藤原啟治 | 獵犬部隊首領，直屬亞雷斯塔 |
| 麥克 | 小島英樹 | 追殺茵蒂克絲的獵犬部隊成員 |
| 丹尼斯 | 松尾大量 | 追殺茵蒂克絲的獵犬部隊成員 |
| 奧森 | 松尾大亮 | 被一方通行劫持的獵犬部隊司機 |
| 洛特 KIA | 宮崎寬務 | 追殺一方通行的獵犬部隊成員 |
| 南希 KIA | 牛田裕子 | 追殺一方通行的獵犬部隊成員 |
| 薇拉 KIA | 茅野愛衣 | 追殺一方通行的獵犬部隊成員 |
| 成員 | 聲優 | 備註 |
STUDY
| 有富春樹 | 間島淳司 | 首領 |
| 小佐古俊一 | 小林佑介 | |
| 櫻井純 | 持月玲依 | |
| 關村弘忠 | 比上孝浩 | |
| 斑目健治 | 古川慎 | |
| 布束砥信 | 葉山郁美 | 非正式成員 |
| 屍喰部隊 | |
| 成員 | 能力 | 等級 | 備註 |
| 未知（本名不明） | 鳥瞰把握 | Lv3 | 首領 |
| 清 | 未命名（能控制半徑1米內摩擦係數） | 不明 | —— |
| 納爾 | 念力使者 | 不明 | —— |
| 藥君 | 未命名（能控制液體比重從而分離液體） | 不明 | 藥劑師 |
| 成員 | 能力 | 等級 | 備註 |
「新入生」| 黑夜海鳥 | 氮氣爆槍 | Lv4 | 半機器人，結合“腕”能力能夠達到Lv5 |
| 銀裳·阿爾法 | 無能力者 | 本體是四隻腳的迷你驅動鎧，持有一百多台的驅動鎧用強化外裝 |
「新入生」接受學園都市上層指示襲擊無能力者芙蕾米婭·塞伊文，其目的是誘使濱面仕上和一方通行聯合，使學園都市上層將他們定位為“無法估量的膨脹勢力”，並以此作為加以清除的藉口。
| 成員 | 聲優 | 能力 | 等級 | 備註 |
黑鴉部隊
| 莎特奧拉·塞克溫茨雅 | 日笠陽子 | 稀土擴張 | Level 4 | 隊長 |
| 烏鴉7 | 島崎信長 | | | |
| 烏鴉4 | 村田太志 | | | |
