故事背景
發生在南宋年間，金國大舉入侵的時候。徽宗、欽宗被金人掠走，成為歷史上永難洗刷的“靖康之恥”；幸得岳飛韓世忠等愛國名將率部奮起反擊、浴血奮戰，大宋江山才得保全。公元1139年，金國宰相韃懶被刺的訊息傳來……故事梗概
一、衡山上這天，衡山派大弟子獨孤劍正一個人在山上練劍。忽然間又想起了師父劉輕舟下山之前說過的話。師父似乎說殺死自己父親 “仙劍客”的兇手可能是與父親齊名的另一個高手張風；而且暗示自己這趟下山會遇到不測，不由心中隱隱感到有些不安。這時，師弟盧青急急忙忙地跑了過來，說師父已經回來了，還受了重傷，讓他趕快前去相見。來到山頂上的大院子裡，在最右上方的一間屋子裡見到了師父。原來他在山下遇襲，已經奄奄一息了。臨終前劉輕舟讓獨孤劍到山下的一石頭下去取一封重要的血書，並讓他把這封血書教給柳...結果話還沒說完就撒手歸西了。來到大廳里和師弟師妹們對話，一直到對話重複了什麼都問不出來了，再出門下山去。到了出山口，在最右邊的那棵染有血跡的樹下找到了師父說的那封重要的血書。原來是一張名單，上面列出了一長串的名字。這是什麼意思呢？看來師父說的那個柳...應該就是名單上的柳中原了。突然竄出來一群殺手，竟然敢威協我們把這封信交給他。輕鬆趕跑了紅衣殺手後，決定到武夷山去找柳中原問個究竟。
二、武夷山
來到了武夷山，要打一群猴子。這能難得住RPG之王----英俊瀟灑的大俠獨孤劍嗎？來到這裡打聽之後才知道柳中原已經下山去了臨安，這不是逗我們玩嗎？好吧，只好再下山來去臨安。
三、臨安
進城之後，來到妓院二樓，在一間屋子裡遇到一個叫秋雨的妓女，對話之後她會送給你一塊紅玉，叫獨孤劍以後遇到一個在韓世忠將軍手下的叫做劉雲的將軍時交給他。接著，來到城中右下角的木頭房子裡遇到了寡婦趙七娘，口口聲聲地說獨孤劍是她等待已久的老公，還把門都鎖起來不讓出去。無奈之下只好騙她說在街上已經見到了一個對趙七娘仰慕已久的人，而且還要給她找來，這才脫身出門。到了大街，見到一個傻乎乎的周木匠，剛好這傢伙正在發愁自己找不到老婆，一翻對話之後周木匠立刻找趙寡婦去了。再來到趙七娘家，兩個人千恩萬謝後會給你禮物酒。到酒館裡向老闆打聽柳中原的下落，才知道他前幾天還和張風在這裡喝過酒，看來酒館是他常來的地方。在城裡多轉上兩圈，和行人都聊聊天，有時間的話你還可以到賭場裡和老闆賭上兩把，只要多存存檔，保管有贏無輸。再回到酒樓的二樓的時候，發現已經坐了幾個江湖人物。先去和那個路達對話，原來這傢伙是金人的走狗。
這時旁邊的張如夢也起身走了過來，兩人一起把他給揍了一頓。趕走路達之後，和張如夢、方勉對話，隨即二人離去。正準備走，突然又跑來一個姑娘，口口聲聲叫我大哥。原來她是張如夢的妹妹張琳心，誤把獨孤劍認作了張如夢。張琳心告辭離開之後，獨孤劍呆呆地有些失落。忽然樓下傳來一陣吵鬧聲，有人大叫“採花賊”。獨孤劍來到樓下，一打聽才知道是張琳心已經給一個武功高強的人給抓走了。出去找到了東邊城牆下的那個小叫化小雷，給了他幾量銀子，問採花賊何方去了。他讓你猜一個謎語：“春天五人去爬山，爬了一山又一山。”此謎解乃“日出” 二字，當然是東方了。可東門有士兵把守，不讓出城。小雷又出一謎指點出城之法，該謎是：“伍子胥財寶丟光，孫仲謀痛失江山；兩個人結成伴當，直吵得地覆天翻。”伍子胥名員，員去貝為一“口”，孫權是吳國君主，吳去天也為一“口”字，兩口合在一起，按上下排列正是一個“呂”字。獨孤劍心領神會，當下來到賭場，找那個軍官呂文才，這小子倒也爽快，直接問你是打架還是賭錢。當下也不客氣，任選一樣，最後呂文才乖乖地交出了東門的令牌。
四、漁村
來到東門，向守門的士兵使用令牌後即可出城。出城後往東走，一直到了海邊。去碧霞島得坐船，可現在海浪這么大，怎么辦？先是有個小子想詐我十兩銀子，就算給了他他也不會帶你出海的。打聽一下才知只有老王有這本事，可老王死也不肯。找那先前的騙子得知只有一個叫賈老實的人請得動老王。於是再回到城裡，到左下角的客棧里，看到一個一臉奸相的傢伙，此人便是賈老實。向他求教，可他又提出一個條件，必須要迎春院的南宮彩虹姑娘的一滴眼淚才肯幫忙。走到迎春院的右邊，就是那個小叫化小雷靠上面一點的地方，大俠我施展輕功，跳上樓去。終於見到了南宮彩虹，她給了我一個茶杯和一滴清水。回到賈老實那裡，用茶杯騙過他後，兩人一起來到海邊。老王一看是賈老實，只好答應出海。
五、碧霞島
到了島上，必須先殺掉島上所有的殺手。一隻走到洞中，發現原來張琳心是故意被採花賊抓來的，她想解救別的被抓的女孩。可是交手之下，張琳心不是此人的對手；危急時刻，獨孤劍現身出手，擊退採花賊。本想立即回臨安，可天色已晚，只好在洞中過夜。
晚上，獨孤劍和張琳心正在談心，突然聽見女子的呼救聲，兩人決定一起去救其他被抓來的女子。在洞裡找到一條船，坐船來到另外一個地方，終於找到了被困的女子何梅。三人再按原路返回。出洞後天已大亮，找到老王，老王將他們送回臨安。
六、臨安
進了城，如果此時你直接去找何梅的老爹何員外，他會非常感謝你，並有意招獨孤劍為婿。答應他，玩家就得到《新劍俠情緣》的第一個結局， 如果不答應就繼續獨孤大俠的江湖之行吧！從何員外家裡出來，在城門口遇到張如夢，說找獨孤劍有事商量，然後開始打吧！勝利後蒙面人出現就走張如夢！不知過了多久，醒來了發現血書不見了，這樣來到客棧一樓問問掌柜的！他說是張琳心！來到張府家丁說已經不再府里所以來到南城門！剛想出去見到張琳心原來血書是被他的父親拿走的！然後一起去武夷山！
七、武夷山
到了山頂，到處都是屍體。在大廳里找到一個尚未斷氣的武夷山的弟子，問出柳中原他們已經撤到後山洞去了。出了大廳在山頂的左上角找到了上後山秘洞的梯子。終於進入了一個大的廳中，中間放了一張桌子，兩邊的石壁上都刻得有字。千萬別錯過，去看看那些字。原來是當年“血旗門”門主柳四海和“五色教”教主海山陽在此洞中決戰，最後同歸於荊兩人都把自己的獨門絕招記了下來，獨孤劍和張琳心兩人各自學會“風雷九洲”和“鳳舞九天”，這可是兩人最厲害的武功啊！找到了受傷的柳中原和殺手的頭目。對話中，殺手頭目竟然說方勉是他們的幕後指使者……管他是真是假，幹掉他再說。來到柳中原面前，柳老前輩在臨死之前讓獨孤劍快去長安通知顧楓，他可能是下一個暗殺對象。兩人決定在去長安之前先到臨安的張風處去取那封血書。
正走到臨安的半路上，張風忽然出現，帶走張琳心，並將獨孤劍點了穴道，然後獨自離去。等了一會兒，獨孤劍的穴道終於解開了，並得到了張風交給他們的血書。兩人立即起身進入城中。
八、臨安
進城之後才知道臨安已經發生了巨變。聽說皇上下令抄了張風的家，一定就是為了那幅“山河社稷圖”。呂文才把段鐵匠帶來了，要威逼他交出寶劍和女兒。段鐵匠誓死不從，呂文才一劍殺了他。兩人大怒，衝出來殺了呂文才。段鐵匠臨死前告訴二人女兒芙蓉現在海邊的老王那裡，要二人將她帶到成都的姑媽家。這是酒店老闆跑來告訴張家已經被查封了但是張琳心不放心還是來到了張府！小雷自告奮勇去找段芙蓉。殺進張府，一路找到後院，聽蔣伯說張風到了後面就沒有出來。找到後面的小柴房，進去後發現一條地道，出來後見到2位高手正在火拚，所以兩人聯手打敗了南宮滅！張風已經是性命垂危，這是張風要求獨孤劍殺他！這是會有兩種選擇！選擇：殺，張琳心會以身救父，張風終於說出當年他與獨孤雲去金國的事情！選擇：不殺，張風說完實情後去世了！然後2人決定去找段芙蓉姑娘！三個人不再沿原路返回臨安，而直接向上走來到海邊的漁村處，到老王那裡見到了段鐵匠的女兒芙蓉。獨孤劍向她敘述了她父親死亡的經過，並讓她一起上路，送她到成都去。芙蓉用家傳的“巨闕”寶劍送於獨孤劍表示感謝。隨即老王送他們上路了。
九、華山
到了華山腳下的石塘鎮，四人分開行動，由小雷護送芙蓉到成都去，獨孤劍二人則去華山。進入華山。可是華山上正在舉行爭奪掌門之位的比武，守在山口的華山弟子因二人無請帖而不讓他們上去。沒辦法，只好先返回石塘鎮，打聽之下，鎮上的李三對上山的路很熟，又和華山的掌門有些交情，也許他有上山的辦法。來到石塘鎮，有一位砍柴的老者打聽一下得知李三去了長安！於是先到長安去找李三。
十、長安
從石塘鎮往西，到了古城長安。一進門，和旁邊的那個賣菜的老頭對話，他會告訴你李三因路見不平，已經被惡少姚少爺抓走了。來到酒館，竟碰到了已喝得大醉的張如夢。張如夢讓二人等他一下，說自己有點事要辦。於是玩家開始控制張如夢，醉醺醺的張如夢走起路來東倒西歪的……走出長安東門，卻看到南宮彩虹與一個神秘人對話，經過劇情後,南宮彩虹揮袖而去！一路追到妓院，裡面姚少爺正在調戲一位姑娘。張如夢趁著酒性，用醉拳將姚公子給揍了一頓。正準備殺了這傢伙，獨孤劍趕來，讓他劍下留人。原來這姚公子是知府大人的兒子，獨孤劍想利用他進大牢救李三。進了衙門，在姚公子的幫助下，很順利地放了李三，還順便放了一個叫楊湖的江湖人，他臨走時送了獨孤劍一塊天王令。回到酒館，將姚公子交給張如夢。他決定回臨安去，追查一下“山河社稷圖”的下落。而獨孤劍二人要上華山去。
十一、華山
又來到石塘鎮，找到了李三。李三帶著他們從華山入口處的旁邊一條樹木掩隱的小路上山了。來到山頂左邊，李三搭橋後離開。繼續走，忽碰到一個華山弟子慌張地往山下跑去，嘴裡念叨好像是到“春月樓妓院”。到了華山派的大廳，比武已經結束了，顧楓竟然被師弟林海打死了。獨孤劍覺得此事必有蹊蹺, 上前說出了那封信的事。誰知林海竟然說他們是金國來的奸細，最後還是看在方勉的勸說下才讓他們下山了。
這是想起剛剛的那名弟子，然後來到妓院看到了林海的侄子，然後教訓他，他說出林海市五色教的堂主，並且說出顧風使中毒而死的，然後來到華山揭穿林海的真面目，然後開始打吧，勝利後在林海身上找到一封書信！這樣得知下一個將會是少林寺的無虛大師！方免告訴他華山後面有一條小路可以通往少林寺！
十二、少林寺
到了少林寺後，找不到無虛大師。先到最右邊的禪院裡，在上方的牆角處遇到元真，他說自己的泥人被師兄拿走了。元通在中間禪院的上方靠牆處，從他那裡得到泥人後再去教給元真。元真告訴你無虛大師在達摩堂。來到達摩堂，看見牆上有一首詩，兩人便以言語激出無虛大師原來無虛大師已和刺客交過手，但刺客溜掉了。二人來到最左面的塔林中，發現一個吃肉的和尚，二人將他打敗，用言語威嚇他說出自己的身份。二人將假和尚捆了放在塔林深處，回到達摩堂找無虛，再來到大殿里，此時眾和尚都在，獨孤劍告訴他們捉了個奸細，後聲稱自己要離開少林，但暗地返回塔林埋伏起來。不一會兒，無相過來，將假和尚一掌劈死。無虛等趕到，責問無相為何殺生，無相見事情敗露，縱身逃走。在來到大殿中，無虛大師吩咐二人去韓元帥大營報信。又傳給二人“龍爪虎爪”和“梅花弄影”。走之前，獨孤劍來到藏經閣，見無智大師正在研究一份大魔頭傳下的秘笈“天魔解體大法”，無智百思不得其解。獨孤劍居然悟透其中的奧秘，習得此法。
十三、朱仙鎮
離開少林，往右下方走，來到朱仙鎮。從鎮的中間往上走，出現兩條大路：左邊一條到岳飛大營，右邊一條到韓世忠大營。先到韓世忠的大營，韓世忠不在，但見到了梁紅玉。後者把張琳心帶到了內屋去。獨孤劍在營右帳篷中取到一些藥品，然後出營。再次進入後梁紅玉收她為義女，還傳授了兩招武功。
再來到岳飛大營，岳飛不在，兩人將名單交給了岳雲，隨即返回朱仙鎮。在朱仙鎮的茶館裡遇見了師弟盧青，盧青將丹心劍交給了獨孤劍。在客棧休息一夜，決定去見岳飛！
早上又去見岳飛，岳飛感謝二人送來的訊息，還給了他們兩件金人衣服。二人從牛皋口中得知，金人中來了一位猛將，乃是金兀朮的養子陸文龍，此人連折我方大將。獨孤劍自告奮勇前去金營打探。
先不去金兵大營，來到韓世忠的大營，但韓的衛兵不讓進去，軍官劉雲前來查問。使用秋雨贈的紅玉，劉雲會帶二人去庫房拿些東西。沒有紅玉不能進去。不要從金營的正面直接過去，從岳飛大營門口的路向下走到頭繞到金營的後面，二人會自動換上金兵的衣服，進入金軍大營。
在金營左邊找到陸文龍的帳篷，王佐正在給陸文龍講“越鳥南歸”和“驊騮向北”的故事，又給陸文龍講了他的身世，陸文龍將信將疑，其乳娘說其父曾在其家傳寶劍“丹心劍”中留有遺書，但此劍已流落民間。獨張二人上前，將丹心劍交給陸文龍，裡面果然有遺書，證明陸文龍乃陸登之子。
獨孤劍和張琳心讓陸文龍等先走，自己留下斷後。一路殺到金兵的主帥營，進去後金兀朮和南宮滅出現。於是和南宮滅大戰一場，此處只能使用“天魔解體大法”，獨孤劍殺了南宮滅，但自己的經脈也全部震斷，生命垂危。
張琳心用霹靂彈放火，金兵混亂之際，一個蒙面人出現帶著獨孤劍回到朱仙鎮客棧。
獨孤劍躺在客棧中，危在旦夕，客棧老闆說需要長白山的雙頭人參和天山的千年雪蓮才能救他一命。王佐說讓岳元帥派一個人去找其中的一樣，張琳心自己去找一樣。
此時玩家可以選擇上長白山或上天山。（建議上長白山）
A、長白山
張琳心來到長白山，碰到一個獵人，獵人告訴她兩個訊息：一是有一群專門靠采人參為生的趕山人住在山上的一個窩棚里；二是當今世上僅存的一支雙頭人參在大戶人家朱員外家。
張琳心可以去窩棚請人上山採集或用武力到朱家奪取。
去窩棚：窩棚在左上角，找到頭目趙大帽子，趙開出條件：除掉許大馬棒，就幫她去尋找雙頭人參。到雪山最右上角除掉許大馬棒後得到指南針，將它教給趙大帽子可得雙頭人參。
去朱家：朱家在雪山右邊，打敗當家的朱海就可取得人參（金國人因此殺掉朱家二十餘口）。
B、天山
走到最左上角有一個洞，小心避開洞裡的陷阱，裡面有一個老太太，她自稱雪蓮姥姥。要回答4個問題，正確答案如下：1 A：雪蓮姥姥 2 B：英雄式的男人 3 A：一步 4 B：堅決拒絕
張琳心回到朱仙鎮，用人參和雪蓮將獨孤劍救醒。的二天，兩人向左下角走，來到海邊的碼頭旁見到王佐。他拜託二人做一件事，此時要注意記下王佐告訴你的天王幫的口令。
十四、天王幫
二人來到洞庭湖的入湖口村，在茶館碰到張如夢，原來張如夢也打探到“山河社稷圖”的遺失與天王幫有些關聯，故來此地欲進洞庭湖探聽一下，但找不到進洞庭的路徑。獨孤劍將楊湖所贈的天王令給茶館老闆看，茶館老闆遂將獨孤劍帶進密室，那兒有通向天王島的密道，但是只可以一人前往！
來到洞庭湖畔從一個有小石塊的地方入水，多試一下各個方向，上岸後到達天王幫的入口處。崗哨對出暗語，答錯會給亂箭射死。暗語的答案應該是：華山三千丈和大聖鎮番妖。進門後獨孤劍前往拜見幫主，發現幫主似曾相識。獨孤劍說明是受王佐之託來與幫主有要事相談。幫主答應晚上和獨孤劍單獨交談王佐所託之事。
進入後花園，來到幫主房間，有一個小丫鬟告訴你幫主在花園裡，獨孤劍和幫主聊天，獨孤劍問起“山河社稷圖”的事，幫主承認的確為天王幫所得。二人正談得投機，突然有人扔來一個震天雷！獨孤劍一躍將幫主撲倒在地，壓在身下。幫主的頭巾被樹枝掛落，一頭青絲飄落下來——原來幫主是個女子。
獨孤劍頓時目瞪口呆，不知所措，待回過神來，楊湖帶幫中弟兄已站在面前。獨孤劍在寢宮中找到幫主並表示歉意，幫主並不責怪，還感激他的救命之恩，二人成為朋友。原來幫主乃大聖天王楊玄之女，名叫楊瑛。二人突然想起“山河社稷圖”，前去查看果然不翼而飛。楊瑛查出為封玉書所偷。二人決定出去查找。回到茶館，發現老闆龔楷已經被殺了，在茶館的桌子上找到張如夢留下的訊息，他們已經跟蹤封玉書去了成都方向。獨楊二人乘船來到成都。
十五、成都
下了船，四處打聽，來到客棧，呂掌柜和小二都支支吾吾！說沒有見到張氏兄妹，這是楊瑛想到這裡的賀老四，交談後再次回到客棧小二已經離奇的死掉然後在客棧2樓找到一封張如夢如的留書，然後住宿！第二天來到成都北郊，但是沒有見到兩個人，這是有幾個殺手來到，原來是五色教的陰謀，開打吧，勝利後回到城裡！這時想到賀老四有露出破綻，所以來到他家，但是輕易的就死掉了！這樣線索又斷了！在屋裡找到了真正的賀老四，他用血寫了一個“口”字，只是大家想到是客棧的呂掌柜！來到這裡發現掌柜好長時間沒有回來，這就在城裡找找！在石塔發現了呂掌柜的屍體，然後天王幫的密探索七說出原來賀老四根本就不會寫字！這是來到郊外來到了一個大宅子門前，先到了賀老四想要說的地方就是這裡，然後一路殺進去！剛剛進入，楊瑛就中毒，這是出來到城裡找索七！這是天色黯淡，看到幾個人影在晃動，試著走走，可以見到五色教的敵人，開打吧，勝利後再某個人身上聞到一股硝石的味道，想起曾經在鐵匠鋪聞到過，所以來到鐵匠鋪！進入見到索七已經奄奄一息得到聖藥，又知道五劍堂有秘道！然後來到五劍堂，但是楊瑛不見了，這是在右邊的牆上可以找到一個機關，開始一個小遊戲！這是大門開起了，進入見到3個厲害無比的敵人，好不容易勝利，給楊瑛服用聖藥，就活了楊瑛！這是張琳心也會出現，有選擇阿！不知不覺來到小樹林，看見了張琳心，還看見了南宮彩虹和張如夢！2人讓張如夢去追南宮彩虹！現在玩家開始控制張如夢！
張如夢在劍門關（成都的東北面）追上了攜帶“山河社稷圖”的五色教紅劍堂堂主——南宮彩虹！也是南宮滅的女兒。有情人終得相見卻是以對決的方式，兩人心中都是一番苦楚。張如夢表示，若南宮彩虹死於自己之手，他將削髮為僧，但若是他死於南宮彩虹之手，則希望她不要把圖交給金兀朮。南宮彩虹答應了張如夢的要求，她說如果張如夢死於她之手，她將出走關外，漂泊一生，永不踏中原一步。
二人跪拜天地結為夫婦，然後開始戰鬥。
張如夢勝：張如夢上峨嵋山剃度出家。
南宮彩虹勝：南宮彩虹遠走關外。
10回合打成平手：張如夢發現“山河社稷圖”是假的，二人退隱江湖，遁入世外桃園。
十六、岳飛大營
獨孤劍和張琳心來到岳飛大營，得知岳飛正和眾將在山頂偵察敵情，同去的還有“心劍客”方勉。二人急請岳雲叫回元帥。說服岳元帥後，這裡決定去救元帥，但是只有1分鐘的時間，來到了山頂！方勉惱羞成怒，出手將張琳心打下山崖。此時楊瑛出現，二人聯手打敗方勉。
十七、泰山論劍
此時會有劇情選擇，選擇一：去 選擇二：不去
二人來到朱仙鎮，聽說泰山即將舉辦武林大會，競選武林盟主，領導抗金大業，楊瑛要會洞庭，獨孤劍決定去泰山看看。在泰山的武林大會上，獨孤劍打敗各大高手奪得武林盟主之位。來到泰山之巔……
