概念
排污許可證制度是指凡是需要向環境排放各種污染物的單位或個人,都必須事先向環境保護部門辦理申領排污許可證手續,經環境保護部門批准後獲得排污許可證後方能向環境排放污染物的制度。環境容量既然作為一種功能性資源，排污指標應該有價值和使用價值。排污指標被企業無償占有，其弊端有二：一是失去了用經濟手段調整污染項目的市場準入功能，二是企業占用的現有排污指標無法流通，市場配置環境資源的功能難以發揮出來。
制度實施方法
一，排污總量控制是排污許可證的基礎、關鍵，抓好排污總量控制是根本。政府部門要嚴格把好污染物的排放總量，確定各地區的排污總定量。由於區域轄區與環境容量存在矛盾，所以在排放量分配時，要組織地區環境容量分配的研究和預算，進行充分的調查，合理的規劃。當然在有制度可以的情況下，有效的監督更能促使總量控制制度的實施。二，完善健全法律法規。做到有法可依。政府要切實是實行其職能。
三，加強環保宣傳，提高企業環保意識。環境是全球性的，不能因為經濟的發展而棄之不顧，這是長遠利益與眼前利益的較量，也是公共利益與私人利益的較量。
四，完善好排污許可證的初始分配。拍賣、免費分配和定價出售有效地合理的分配好相應許可證，是比較公平的。我國採用免費分配為主，拍賣和定價出售為輔的模式。因為從我國目前實際情況來看，普遍存在著企業承受能力不足，政府管理水平相對較低，信息不對稱、保護環境費用低的問題。
五，調動公眾參與的熱情，讓公眾參與到環保監督中來。完善監督制度。 完善排污許可證制度，才能為我國環境保護做貢獻，為建設社會主義和諧社會提供保障。
以前制度的弊端
環境容量既然作為一種功能性資源，排污指標應該有價值和使用價值。排污指標被企業無償占有，其弊端有二：一是失去了用經濟手段調整污染項目的市場準入功能，二是企業占用的現有排污指標無法流通，市場配置環境資源的功能難以發揮出來。繼1987年原國家環保局在上海、杭州等18個城市進行了排污許可證制度試點之後，1989年的第三次全國環保會議上，排污許可證制度作為環境管理的一項新制度提了出來。鑒於排污許可證制度是以污染物總量控制為基礎的，國家從1996年開始，正式把污染物排放總量控制政策列入“九五”期間的環保考核目標，並將總量控制指標分解到各省市，各省市再層層分解，最終分到各排污單位。總量控制是“十五”期間我國環保工作的重點。目前上海市已經以地方法規的形式出台了“污染物排放許可證管理規定”，其管理的基本程式是：排污申報登記；排污審核、核發排污許可證；證後監督管理；年度複審。
污染物排放許可證制度的實施給環境監測和環境管理都提出了更高的要求。儘管除了個別情況下基於確保財政收入的需要而由國家通過法律設立特別許可外，規定不得隨意將許可證制度與創收相聯繫，不得濫設許可證亂收費。但排污許可證制度卻有其特殊性，即行政主體不僅是作為監督管理者，而且是作為公眾環境權益的監護人，作為環境容量資源公共所有者的代理人。資源是有價的，環境容量資源也不能無償獲得，在管理、轉讓這種環境容量資源時，既要盡到管理者的職責，又要行使代理人的權利，向環境容量資源的使用者收取一定的費用，以支付相應的行政成本和保護、改善環境的費用。
