歷史沿革
1978年8月13日，中共中央決定成立中央港澳小組協助中央歸口掌管港澳工作，並決定成立國務院港澳辦公室作為中央港澳小組的辦事機構。9月13日，國務院發文批准國務院港澳辦公室的機構設定和人員編制。
1993年3月，更名為國務院港澳事務辦公室。
2018年9月13日，國務院港澳事務辦公室召開慶祝成立四十周年座談會。
機構職責
國務院港澳事務辦公室(一)貫徹執行“一國兩制”方針和中央對香港、澳門的政策規定，執行香港特別行政區基本法、澳門特別行政區基本法。
(二)了解香港、澳門的有關情況，提出政策建議。
(三)負責與香港、澳門特別行政區政府的有關工作聯繫。
(四)承辦國務院交辦的與香港、澳門有關的法律事宜，就基本法實施涉及的相關法律問題研究提出意見。
(五)負責指導和管理內地與香港、澳門因公往來的有關事務，協同有關部門和地方推動與香港、澳門在經濟、科技、文化等領域的交流與合作。
(六)參與擬訂對駐香港、澳門中資機構有關管理的政策，參與內地企業和中資機構在香港、澳門的有關協調工作。
(七)對中央駐香港、澳門機構提出的有關事宜提供意見、建議和工作協助。
(八)承辦國務院交辦的其他事項。
機構設定
內設機構
國務院港澳事務辦公室設6個內設機構(正司局級)
秘書行政司：負責機關文電、機要、檔案和安全保密、信訪工作；負責機關財務、基建工作。
綜合司：承辦中央對港澳重要政策落實的督促檢查工作並協調解決執行中的有關具體問題。
政研司：了解和研究香港、澳門政治經濟社會發展情況和重要動態，起草有關重要文稿。
聯絡司：承辦內地與香港、澳門特別行政區政府聯繫的有關事務；承擔內地公務人員因公赴港澳的審核、審批及證件的簽發、管理工作；依法管理港澳在內地新聞機構和記者事務；辦理中央政府駐港澳機構提出的有關事宜；承辦新聞發布工作。
交流司：了解香港、澳門經濟、科技、文化等領域的有關情況，協同有關部門和地方擬訂交流與合作的政策和措施，參與擬訂內地派駐香港、澳門中資機構有關政策；參與重大交流合作事項的協調工作；承辦內地與香港、澳門民間交往的有關審核管理工作。
法律司：宣傳香港特別行政區基本法、澳門特別行政區基本法，研究基本法實施中涉及的有關法律問題；承辦與香港、澳門特別行政區法律機構的往來事務；協同有關部門辦理涉港澳司法協助事宜。
機關黨委（人事司）：負責機關和直屬單位的黨群工作。人事司承擔機關和直屬單位人事管理及機構編制工作；負責機關離退休幹部工作。
下屬單位
港澳研究所、機關服務中心
領導幹部
副主任、黨組書記：張曉明
副主任、黨組成員：宋哲
中央紀委駐港澳辦紀檢組組長、黨組成員：潘盛洲
副主任：鄧中華
副主任、黨組成員：黃柳權
