1927年“四一二”反革命政變後，5月，周慰農夫婦同赴武漢。7月15口，武漢政府叛變革命，蔣汪合流，在武漢中央農講所和國民黨江蘇省黨部黨務訓練班學習的周慰農，陳鵬、張友菊等一起提前回到崇明。8月，他們與俞甫才等同志不懼國民黨淫威，一起發動佃農，在沈家鎮召開了有500多人參加的均安鄉農民協會成立大會。9月，國民黨反動派感到農民運動威脅著地主階級的利益，下令禁止西沙農會活動，通緝農運的組織者陸鐵強，俞甫才、周慰農等人。周當時任共青團江蘇省委特派員，他不顧敵人追捕，親自發展共青團員，並布置在國民黨縣黨部工作的共青團員發展組織，蒐集情報。在此期間，周慰農參加了中國共產黨。此後，周慰農與縣委常委曹鴻、委員高士賢曾到崇明外沙(今啟東市)大同地區開展農運工作，不久返回崇明。11月上旬，中共江蘇省委通過了《江蘇省委緊急決議案》，要求各地於11月15日前發動農民暴動。周慰農分工負責共青團工作、民校工作及情報工作，還籌辦炸藥。他變賣了田產，作為革命活動經費。11月11日，地主派4名狗腿子在聯軍總司令部附近的佃農家收租，並有窺探總部之嫌，當即被總司令部扣押，入夜擊斃於江邊。由於處決時疏忽，其中一人因末擊中要害而在事後逃走，並向國民黨縣政府報告，崇明西沙籠罩著一片白色恐怖。周慰農在妥善做好疏散工作後，仍然堅持留在縣委秘密聯絡點，領導革命鬥爭。1927年年底，周慰農帶領縣委委員兼工農革命軍聯軍副總司令陳鵬和縣農會會長黃廷相，到崇明東部東久鄉佃農區繼續開展農民運動。他們宣傳“二五”減租，組織農民協會，不幸被國民黨崇明縣公安局發現。1928年3月5日，陳鵬、黃廷相及施三祥父子遭逮捕，周慰農因共青團工作去滬末遭毒手。在滬，周慰農被中共江蘇省委委任為省委特派員，派到嘉定與沈金生一起領導農運。
周慰農經上海乘火車到黃渡車站，從此，他與嘉定第一個黨組織——縣特支接上了關係。周慰農到嘉定後化名為蔣自新，經常與嘉定黨組織領導人毛品章、張吉人等秘密集會，研究農運工作。
1928年4月5日，正值一年一度的春荒時期，周慰農、沈金生等七八個人在六里橋鄉顧家村顧裕豐家裡召開會議。會議認為，必須抓住春荒斷炊、人心浮動的有利時機，發動民眾暴動，並就有關事宜作了部署。由於事機不密，絕密檔案落入敵手。敵人磨刀霍霍，準備血洗嘉定西鄉。
4月9日晚，中共嘉定縣委在彭門柴塘召開緊急會議，對形勢作了認真分析後認為,官逼民反，民眾已經起來，暴動時機成熟，決定提前舉行暴動，時間定在10日晚。翌日晚上，240多名農民手持武器，投入到“五抗”暴動的行列。這次暴動是嘉定革命史上的第一次農民暴動。
從4月11日起至18日的 8天中，縣委又先後組織了5次暴動。西鄉一帶的地主老財、土豪劣紳喪魂落魄，膽顫心驚，紛紛逃到上海，中小地主則躲進縣城，而廣大農民群情振奮，萬戶歡騰。
在每次暴動中，周慰農、沈金生等都親臨第一線指揮戰鬥，他們是“五抗”鬥爭的主要領導人。
1928年4月15日，國民黨當局從上海調2個營的兵力到嘉定鎮壓暴動，4月20日，國民黨江蘇省政府派官員去嘉定執行由黨務委員會制訂的鎮壓農民暴動的計畫。4月24日，嘉定縣政府發布通緝令，以300～l000元大洋的“賞金”分別通緝沈金生、周慰農等15名“共黨要犯”。
在國民黨反動軍警鎮壓下，“五抗”鬥爭遭到嚴重挫折。中共嘉定縣委和中共江蘇省委特派員商定，暴動暫時停止，縣委領導成員和農會骨於分散隱蔽。
5月9日上午周慰農暗遣一老大娘到嘉定西鄉送信，不料老大娘被當地一個壞蛋跟蹤，至外岡時即被拘捕搜身，身藏之信被當場搜去。當天下午，周慰農被國民黨太倉公安局逮捕。審訊時，周慰農臨危不懼，後被叛徒邱某指認，周慰農的身份才暴露，周被押至嘉定監禁了1個月。6月9日上午，周慰農和縣委候補委員李瘦鶴同在嘉定西門外高僧橋西北刑場英勇就義。
