獎項設定
吳孟超醫學科技獎每兩年受理、評選一次，獎勵評審委託國家自然科學基金委員會醫學部專家評審組評審，獲獎者由基金會理事會批准後，擇時召開頒獎儀式，發放獎金和證書，獲獎人員一名，獎金二十萬元。
獎勵條件
在醫學領域中做出突出貢獻，發表多篇高水平的學術論文，主要研究內容達到國際領先水平，作為前兩名獲獎者曾獲得國家級二等以上成果獎（國家級成果獎指：自然科學獎、發明獎、國家科技進步獎），或軍隊、省部級科技進步一等獎。
申請方式
由基金會提名專家委員會負責提名並提供相關材料。
獎勵情況
•評獎結果
| 第一屆 | |||
| 特別榮譽獎 | 嚴濟邦 | 廣西醫科大學外科 | 教授 |
| 一等獎 | 顧健人 | 上海市腫瘤研究所 | 研究員、科主任 |
| 二等獎 | 蔡景修 | 第三軍醫大學一附院肝膽外科 | 教授 |
| 叢文銘 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院 | 研究員、科主任 | |
| 三等獎 | 林芷英 | 上海醫科大學肝癌研究所肝內科 | 教授、科主任 |
| 陳孝平 | 同濟醫科大學附屬同濟醫院外科 | 教授 | |
| 陳訓如 | 成都軍區昆明總醫院 | 教授 | |
| 第二屆 | |||
| 特別榮譽獎 | 陳 漢 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院 | 教授、科主任 |
| 一等獎 | 郭亞軍 | 第二軍醫大學東方肝膽外科研究所 | 教授 |
| 二等獎 | 葉勝龍 | 上海醫科大學肝癌研究所 | 研究員 |
| 董家鴻 | 第三軍醫大學西南醫院肝膽外科 | 教授 | |
| 三等獎 | 劉家奇 | 廣西醫科大學外科 | 教授 |
| 田伏洲 | 成都軍區總醫院全軍普通外科中心 | 教授、科主任 | |
| 王 一 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院 | 副教授 | |
| 第三屆 | |||
| 特別榮譽獎 | 周岱雲 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院 | 教授 |
| 一等獎 | 王紅陽 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院 | 教授、科主任 |
| 二等獎 | 嚴律南 | 華西醫科大學附一院外科 | 教授、主任 |
| 芮靜安 | 北京郵電總醫院 | 教授、副院長 | |
| 三等獎 | 丁義濤 | 南京鼓樓醫院 | 教授、院長 |
| 沈 鋒 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院 | 教授、科主任 | |
| 馮玉泉 | 解放軍總醫院肝膽外科 | 教授、科主任 | |
| 第四屆 | |||
| 一等獎 | 空缺 | ||
| 二等獎 | 彭淑牖 | 浙江大學邵逸夫醫院 | 教授 |
| 王學浩 | 南京醫科大學第一附屬醫院 | 教授 | |
| 李蘭娟 | 浙江大學第一附屬醫院 | 教授 | |
| 三等獎 | 鄒聲泉 | 武漢大學同濟大學醫學院 | 教授 |
| 周偉平 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院 | 教授 | |
| 第五屆 | |||
| 一等獎 | 何祥火 | 上海市腫瘤研究所 | 研究員、教授 |
| 二等獎 | 王振寧 | 中國醫科大學第一醫院 | 教授、科副主任 |
| 吳仁容 | 中南大學湘雅二醫院 | 主治醫師 | |
| 周 儉 | 復旦大學附屬中山醫院 | 教授、科副主任 | |
| 三等獎 | 楊 覓 | 南京大學醫學院附屬鼓樓醫院 | 主治醫生 |
| 楊建軍 | 中國人民解放軍南京軍區南京總醫院 | 副教授 | |
| 趙 健 | 第二軍醫大學腫瘤研究所 | 研究員、主任 | |
| 徐 衛 | 江蘇省人民醫院 | 教授、主任醫師 | |
| 談冶雄 | 東方肝膽外科醫院信號轉導研究室 | 副研究員、副主任 | |
| 程樹群 | 東方肝膽外科醫院 | 教授、科主任 | |
| 第六屆 | |||
| 孔曉妮 | 上海交通大學生物醫學工程學院 | 研究員 | |
| 孫倍成 | 南京醫科大學第一附屬醫院 | 教授、主任醫師 | |
| 肖仕初 | 長海醫院燒傷外科 | 副教授、主任 | |
| 楊 田 | 上海東方肝膽外科醫院 | 主治醫師、講師 | |
| 徐 驍 | 浙江大學醫學院附屬第一醫院 | 教授、主任醫師 | |
| 惠利健 | 中科院上海生命科學研究院 | 研究員 | |
| 第七屆 | |||
| 李 君 | 浙江大學醫學院附屬第一醫院 | 副教授 | |
| 張 弩 | 中山大學附屬第一醫院 | 主治醫師 | |
| 陸 清 聲 | 第二軍醫大學長海醫院 | 副教授、副主任醫師 | |
| 高 強 | 復旦大學附屬中山醫院 | 主治醫師 | |
| 康鐵邦 | 中山大學腫瘤防治中心 | 研究員 | |
| 鄢和新 | 東方肝膽外科醫院 | 副研究員 | |
| 第八屆 | |||
| 李佩盈 | 上海交通大學附屬仁濟醫院麻醉科 | 主治醫師、講師 | |
| 金 鋼 | 第二軍醫大學附屬長海醫院肝膽外科 | 教授、主任 | |
| 駱衍新 | 中山大學附屬第六醫院結直腸外科、肥胖與糖尿病減重外科 | 副主任 | |
| 陳 磊 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院信號轉導實驗室 | 副研究員 | |
| 王 華 | 安徽醫科大學 | 博士、教授 | |
| 王 葵 | 第二軍醫大學東方肝膽外科醫院肝外二科 | 副主任醫師、副教授 | |
| 第九屆 | |||
| 孫良丹 | 安徽醫科大學第一附屬醫院 皮膚病與性病學 | 教授、處長 | |
| 那 溶 | 復旦大學附屬華山醫院 泌尿外科 | 主治醫師 | |
| 朱 鵬 | 華中科技大學附屬同濟醫院 肝臟外科 | 主治醫師 | |
| 施曉雷 | 南京大學醫學院附屬鼓樓醫院 肝膽外科 | 主任醫師、科副主任 | |
| 夏 勇 | 上海東方肝膽外科醫院 肝膽外科 | 副主任醫師、副教授 | |
| 廖 專 | 上海長海醫院 消化病學、消化內鏡 | 副主任醫師、副教授 | |
| 第十屆 | |||
| 卜 軍 | 上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院 心血管內科 | 主任醫師、博導 | |
| 文 文 | 上海東方肝膽外科醫院 腫瘤學 | 副研究員 | |
| 王宏林 | 上海市免疫學研究所 | 研究員、副所長 | |
| 陳蘇寧 | 蘇州大學附屬第一醫院 血液內科 | 主任醫師 | |
| 高小峰 | 海軍軍醫大學附屬長海醫院 泌尿外科 | 主任醫師 | |
| 楊瑞莉 | 北京大學口腔醫院 口腔正畸學 | 博士 | |
| 第十一屆 | |||
| 鄭俊克 | 上海交通大學醫學院基礎醫學院病理生理系 | 研究員 | |
| 孫 劍 | 南方醫科大學南方醫院感染內科 | 主任醫師 | |
| 柳 娜 | 中山大學腫瘤防治中心 | 副研究員 | |
| 黃浩傑 | 海軍軍醫大學附屬長海醫院消化內科 | 主治醫師 | |
| 福軍亮 | 解放軍三〇二醫院感染性疾病診療中心 | 副主任醫師 | |
| 陳 倩 | 華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院消化內科 | 副教授 | |
| 參考資料來源： | |||
