新版信息
已知有三個周目，一周目流程里加入火箭隊劇情，二周目有新的八個道館、新的聯盟、銀河團和等離子團、一個隱藏道館（惡屬性），三周目將有類似黑白2的PWT的對戰設施魅影摩天樓，可以挑戰歷代館主、四天王和冠軍（包括只擔任了很短時間的小茂、小智和N）。
版本區別
BW為口袋妖怪正作五代黑白、黑白2
DP為口袋妖怪正作四代珍珠、鑽石、白金
很多新手都在問有關於兩版的區別，所以在這裡解釋一下：
1、兩版只有9隻精靈不同，對主線劇情無任何影響
2、不同的九隻分別是
| 遊戲中的編號(No.XXX) | BW版 | DP版 |
| No.388 | 藤葉蛇 | 嫩苗龜 |
| No.389 | 藤爵蛇 | 叢林龜 |
| No.390 | 藤皇蛇 | 地殼龜 |
| No.391 | 暖暖豬 | 小火猴 |
| No.392 | 朝陽豬 | 猛火猴 |
| No.393 | 炎武豬 | 烈焰猴 |
| No.394 | 球海獺 | 圓企鵝 |
| No.395 | 雙貝海獺 | 王儲企鵝 |
| No.396 | 巨劍海獺 | 鋼帝企鵝 |
3、兩版主寵的捕捉地完全相同，只不過，選擇了神奧版的主寵就無法捕捉伊宿版的了，同理選擇了伊宿版的主寵也就無法捕捉神奧版的了。另一版的主寵在這一版的主寵是無法遇見的
4、主寵不同，宿敵（小遙/叢樹）的精靈也會隨之改變
