是B細胞發育和(或)功能異常所致，約占原發性免疫缺陷病的50%～70%，其中以各類免疫球蛋白(immunglobulins,lgs)均缺少的低丙球蛋白血症和某一類lg選擇性缺陷最為常見。
特異性免疫
1.B細胞缺陷 50%～75% 性聯低丙球蛋白血症、選擇性IGA、IgM或IgG亞類缺陷、IgM升高的免疫球蛋白缺陷、Ig重鏈缺失、常見的可變的免疫缺陷
2.T細胞缺陷 5%～10% 先在性胸腺發育不全、與嘌呤核苷磷酸化酶缺乏有關的T細胞缺陷、與膜糖蛋白缺乏有關的T細胞缺陷、與MHCⅠ或Ⅱ類抗原缺乏有關的T細胞缺陷
3.B和T細胞缺陷 10%～25% 嚴重聯合免疫缺陷、共濟失調毛細胞血管擴張、Wiskott-Aldrich綜合症
非特異性免疫
1.吞噬細胞缺陷 1%～2% 慢性肉芽腫病、白細胞粘附缺陷、6-磷酸葡萄糖脫氫酶缺陷、髓過氧化物酶缺陷
2.補體缺陷 <1% 補體1～9任一組分的缺陷、C1-抑制物缺乏、D或H或1因子缺乏、補體受體缺陷
(二)T細胞缺陷病
因胚胎期胸腺發育不全致使T細胞數目減少或功能障礙所致，占原發性免疫缺陷病的5%～10%。DiGeorge綜合症或先天性胸腺發育不全是該類免疫缺陷病的代表。
(三)T和B細胞聯合免疫缺陷病
因T和B細胞發育異常引起體液和細胞免疫均缺陷，約占原發性免疫缺陷病的10%～25%。其中因骨髓造血幹細胞缺損所致的嚴重聯合免疫缺陷病最為典型和嚴重。
(四)吞噬細胞缺陷病
因中性粒細胞或單核細胞或巨噬細胞(Mφ)吞噬功能障礙引起，相對發病率約1%～2%。吞噬功能至少包括吞噬細胞粘附於血管內皮、通過組織移行至炎症部位、吞噬已調理的顆粒和在胞內殺死攝入的微生物四個步驟。慢性肉芽腫病是由於吞噬細胞缺乏能殺滅所吞微生物的酶所致。
(五)補體系統缺陷病
補體是人血清中一組具有重要非特異性免疫功能的蛋白質，由9個成分組成。臨床上可見與各種單一補體組分缺陷、補體掐制物缺陷、補體活化中某些因子缺陷及補體受體缺陷有關的病徵。
