全程硝化菌（ Comammox，COMplete AMMonia OXidiser，complete ammonia oxidizing bacteria, complete nitrifier) 是同時擁有氨氧化功能和亞硝酸氧化功能的微生物，它通過亞硝酸鹽把氨氧化成硝酸鹽。
2006年科學家通過硝化過程的熱力學和動力學理論分析，預測了全程硝化菌的存在，並認為這類微生物可能主要存在於銨濃度相對較低、可形成生物膜的環境中 。
2015年12月，《自然》雜誌同期發表兩篇文章正式報導全程硝化菌，這些菌是從油田地下水管道 和魚塘水處理的厭氧氨氧化反應器 中富集培養出，論文作者們通過元（宏）基因組分析確認其氨氧化核心功能基因是以前被誤認為奇異甲烷氧化菌Crenothrix的pmoA 。到目前發現的全程硝化菌都屬於硝化螺旋菌屬（ Nitrospira）。
2017年《自然》雜誌報導了已分離出了全程硝化菌 （ Nitrospira inopinata），並通過生理活性分析確認全程硝化菌相比於氨氧化細菌有對氨的高親和性以及高生長量 。
元（宏）基因組數據分析 以及多樣性分析 都表示全程硝化菌廣泛分布於各種生態環境中。
