主要職責
周生賢4、指導和協調解決各地方、各部門以及跨地區、跨流域的重大環境問題；調查處理重大環境污染事故和生態破壞事件；協調省際環境污染糾紛；組織和協調國家重點流域水污染防治工作；負責環境監察和環境保護行政稽查；組織開展全國環境保護執法檢查活動。
黨組成員、副部長 潘 岳 7、組織環境保護科技發展、重大科學研究和技術示範工程；管理全國環境管理體系和環境標誌認證；建立和組織實施環境保護資質認可制度；指導和推動環境保護產業發展。
8、負責環境監測、統計、信息工作；制定環境監測制度和規範；組織建設和管理國家環境監測網和全國環境信息網；組織對全國環境質量監測和污染源監督性監測；組織、指導和協調環境保護宣傳教育和新聞出版工作；推動公眾和非政府組織參與環境保護。
9、擬定國家關於全球環境問題基本原則；管理環境保護國際合作交流；參與協調重要環境保護國際活動；參加環境保護國際條約談判；管理和組織協調環境保護國際條約國內履約活動，統一對外聯繫；管理環境保護系統對外經濟合作；協調與履約有關的利用外資項目；受國務院委託處理涉外環境保護事務；負責與環境保護國際組織聯繫工作。
黨組成員、副部長 張力軍 歷史沿革
副部長 吳曉青 組織機構
黨組成員、副部長 周 建 規劃與財務司
政策法規司
行政體制與人事司
科技標準司
污染控制司
宣傳教育司
自然生態保護司（總局生物多樣性保護辦公室）
核安全管理司（輻射安全管理司）
環境影響評價管理司
環境監察局
國際合作司
機關黨委
直屬事業單位
黨組成員、副部長 李乾傑 國家環境保護總局環境應急與事故調查中心
國家環境保護總局機關服務中心
中國環境科學研究院
中國環境監測總站
中日友好環境保護中心
中國環境報社
中國環境科學出版社
國家環境保護總局核與輻射安全中心
國家環境保護總局環境保護對外合作中心
國家環境保護總局南京環境科學研究所
國家環境保護總局華南環境科學研究所
國家環境保護總局環境規劃院
國家環境保護總局環境工程評估中心
國家環境保護總局北京會議與培訓基地
國家環境保護總局興城環境管理研究中心
國家環境保護總局北戴河環境技術交流中心
國家環境保護宣傳教育中心
派出機構
中央紀委派駐紀檢組長 黨組成員、 傅雯娟 國家環境保護總局華東環境保護督查中心
國家環境保護總局華南環境保護督查中心
國家環境保護總局西北環境保護督查中心
國家環境保護總局西南環境保護督查中心
國家環境保護總局東北環境保護督查中心
國家環境保護總局北方核與輻射安全監督站
國家環境保護總局上海核與輻射安全監督站
國家環境保護總局廣東核與輻射安全監督站
國家環境保護總局四川核與輻射安全監督站
國家環境保護總局東北核與輻射安全監督站
國家環境保護總局西北核與輻射安全監督站
歷任局長(部長)
曲格平(1987年—1993年)
解振華(1993年—2005年)
周生賢(2005年—)
