歷史沿革
1958年，由著名數學家華羅庚教授親自主持創辦中國科學技術大學數學系。
中科院吳文俊數學重點實驗室成立揭牌儀式1983年，數學研究所成立。
1994年1月，數學系與另外七個系組建理學院。
2000年12月，學校成立實體化理學院，由數學系、物理系、近代物理系、天文與套用物理系，以及中國科學院結構分析開放實驗室組成。
2008年12月，學校撤消理學院，理學院所屬的數學系成為學校直屬系。
2007年，數學一級學科首批國家一級重點學科。
2009年，學院和中科院數學與系統科學研究院聯合創辦了數學本科生試驗班—華羅庚班。
2010年，國家數學與交叉科學中心合肥分中心和吳文俊數學重點實驗室成立。
2011年5月，數學科學學院正式掛牌成立。
辦學條件
院系專業
據2018年2月學院官網顯示，學院開設3個系、4個本科專業。
| 系名稱 | 專業名稱 |
| 數學系 | 基礎數學 |
| 計算與套用數學系 | 計算數學、套用數學 |
| 機率統計系 | 機率統計 |
學科建設
據2011年學院招生簡章顯示，學院擁有1個學術學位一級學科博士點、5個學術學位二級學科博士點、1個學術學位一級學科碩士點、6個學術學位二級學科碩士點、1個國家一級重點學科。
據2018年2月學院官網顯示，學院數學學科為教育部985、211工程、中科院知識創新工程建設學科。
學術學位一級學科博士點：數學
學術學位二級學科博士點：基礎數學、計算數學、套用數學、生物數學、數學物理
學術學位一級學科碩士點：數學
學術學位二級學科碩士點：基礎數學、計算數學、套用數學、生物數學、數學物理、運籌學與控制論
國家一級重點學科：數學
師資力量
據2018年2月學院官網顯示，學院共有有教授27人、副教授41名，其中包括1位中國科學院院士、5位千人計畫教授、1位長江特聘教授、3位長江講座教授、6位傑出青年基金獲得者及12位中科院百人計畫學者。
院士中國科學院院士（專職）：馬志明
千人計畫：郜雲 、舒其望 等
長江特聘教授：葉向東
長江講座教授：舒其望、陳秀雄、葉如鋼
傑出青年基金獲得者：葉向東（A類）、程藝（A類）、舒其望（B類）、陳發來（A類）、慶傑（B類）、蘇育才（A類）
教育部青年教師獎獲得者：陳發來
教育部新世紀人才：梁進、陳卿、沈維孝、麻希南、蘇育才、黃文、任廣斌、梁興、王毅、鄧建松、賀勁松、邵松、徐岩
中科院百人計畫：葉向東、程藝、肖體俊、胡森、陳發來、郜雲、邢朝平、陸雲光、沈維孝、麻希南、蘇育才、殷崢等
國家級教學團隊：微積分類課程教學團隊（2009年）
教學建設
•質量工程
據2018年2月學院官網顯示，學院設立了“華羅庚大師講席”及“吳文俊大師講席”，是國家理科基礎科學研究和教學人才培養基地，擁有1個國家級特色專業、2個國家級精品資源共享課、2個國家級精品課程、1個安徽省精品課程。
國家級特色專業：數學類
國家級精品資源共享課：微積分、線性代數和空間解析幾何
國家級精品課程：微積分、線性代數
安徽省精品課程：微積分
•教學成果
據2018年2月學院官網顯示，學院獲得國家級教學成果二等獎兩項。
國家級教學成果二等獎：數學建模與數學教學改革（1997年，李尚志、陳發來、王樹禾）、數學實驗課程建設（2001年，李尚志、陳發來、吳耀華、張韻華）
•學生成績
校園吉尼斯據2018年2月學院官網顯示，學院培養了一大批傑出人才，其中包括3位中科院院士（李邦河、嚴加安、馬志明），六十多位在海外著名高校工作的數學家，二十多位長江學者、國家傑出青年基金獲得者及中科院百人計畫獲得者；每年的畢業生中，約50%左右獲得美國或歐洲著名大學的全額獎學金，繼續攻讀博士學位，約30%被保送到中科院相關院所或國內大學，攻讀碩士或博士學位。
1983年，國家在人民大會堂為中國首批獲得博士學位的18名博士舉行授予儀式，在這18名博士中，有5人是數學系培養的。
1999年至2011年，數學系共有6名博士生獲得“全國百篇優秀博士論文”，6名博士生獲得中科院優秀博士論文獎，2名研究生獲得中科院院長特別獎。
學術研究
科研平台
據2018年2月學院官網顯示，學院擁有中國科學院吳文俊數學重點實驗室、中國科學技術大學數學研究所、國家數學與交叉科學中心合肥分中心3個科研平台。
科研成果
Communications in Mathematics and Statistics1970—1980年代，中國科大數學系參與了多個軍工及能源工程項目的大規模數值模擬。
2016年，中國科學院吳文俊數學重點實驗室共承擔國家科研項目49項，累計經費逾700萬元。
據2018年2月學院官網顯示，自20世紀90年代以來，學院共獲國家自然科學獎三等獎兩項，中科院自然科學成果一等獎三項、二等獎兩項，教育部科技進步一等獎一項。
國家自然科學獎三等獎：有限元理論及套用（1987年，石鐘慈）、典型群上的調和分析（1989年，龔昇）
中國科學院科技進步一等獎：非協調有限元收斂性的研究（1987年，石鐘慈）
中科院自然科學成果一等獎：多復變數幾何函式論（2000年，龔昇、劉太順）、多復變數奇異積分（1996年，龔昇、史濟）
學術資源
•學術期刊
《Communications in Mathematics and Statistics》內容涵蓋基礎數學、套用數學、計算數學、機率統計等數學的各個研究方向，是與Springer出版社簽約的國際學術期刊。
•館藏資源
截至2010年10月，學院資料室購買了若干電子文獻資料庫，JSTOR和Euclid Prime，ScienceDirect數學學科過刊（95年以前）。
文化傳統
形象標識
院徽和文字院徽為梅花背景，上書“數學”篆體文字。
梅花圖案是以中國科學技術大學“梅花型”校徽為基礎，梅花是科大人勤奮刻苦、追求真知，百折不撓、永不言敗和勇於創新、銳意改革精神品格的象徵。
文化活動
截至2018年1月，學院先後進行了一系列團學團日活動、辯論賽、迎新晚會、中秋晚會、足球排球等體育比賽、野外素質拓展、現實遊戲之數野仙蹤等活動。
學院領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 院長 | 馬志明 |
| 執行院長 | 李嘉禹 |
| 黨委書記、副院長 | 鄧建松 |
| 副院長 | 李思敏 |
| 副院長 | 麻希南 |
| 黨委副書記 | 王莉 |
歷任領導
1958年，華羅庚任數學系主任。
