劇情
在很久很久以前，還沒有神奇寶貝球的時代，在歐德魯朗城裡，展開了一場神奇寶貝大戰，勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐，使用波導努力的阻止這場大戰，最後戰爭終於平息，人們也稱亞朗為波導的勇者。
而在幾百年之後，小智一行人來到這座城裡，參加了讚頌勇者亞朗而舉行的神奇寶貝對戰和熱鬧慶典，在對戰比賽之中，小智和皮卡丘贏得了最後的勝利，亦獲得在祭典時拿著勇者之杖，並化身為勇者的權利！然而，封印在勇者之杖中的神奇寶貝-路卡利歐，在此時甦醒，並且對眾人說出“亞朗將他封印後棄城逃走”的話；另一方面，，住在世界初始之樹的夢幻，因為想要有人陪伴，所以逕行帶走了皮卡丘和喵喵，小智為了尋找皮卡丘，在路卡利歐的帶領之下，往世界初始之樹的方向出發。
在這座神秘的初始之樹底下就竟隱藏了什麼樣的謎團？而勇者亞朗真的拋下路卡利歐棄城逃走了嗎？小智慧型順利找回皮卡丘嗎？路途中會有什麼樣的阻礙在等著他們呢？而隱藏在路卡利歐的過去與“波導傳說”的詳情又是什麼？
精彩畫面
在這個星球上，生存著一種叫做口袋妖怪的神奇生物，它們的種類超過100、200、300，甚至更多，人類與口袋妖怪一同生活，與口袋妖怪達成契約，訓練它們並與它們並肩戰鬥，我們把這些人稱作口袋妖怪訓練家。這位少年叫做小智，為了成為世界第一的口袋妖怪大師與夥伴皮卡丘離開家鄉真心鎮，前往各地旅行，現在他正朝著戰鬥邊疆冠軍的目標努力。他與隨行的同伴小遙，小剛還有小勝經歷過許多傳奇的冒險故事。這次他們來到了一個有著波導傳說的小鎮――洛塔。
很久很久以前，關於波導勇者的傳說――
迷霧籠罩著高雅的奧爾德蘭城堡。這時只見魯卡利歐在一個又一個巨大的岩石間跳躍，最後他在山頂上停下了腳步，他俯瞰著一片寬廣遼闊的峽谷。這裡還沒有人，但他很快察覺到一些東西，只見一隻鳳王飛過他了的頭頂。他閉上眼睛，讓體內的波導力量形成了一幅畫面。憑藉這股力量他竟然讓自己的視覺移動，視線越過了許多岩石和山丘直到他看到了一支身著綠色凱甲的龐大的口袋妖怪軍隊正朝著峽谷中央快速進軍。他用同樣的方式向峽谷的另一邊望去，他看到的是與剛才那支隊伍同樣龐大的身披紅色凱甲的軍隊。他們都朝著相同的目的前進。
之後魯卡利歐走到地上一塊用水晶組成的東西面前，他用手觸碰水晶之後，通過水晶與在奧爾蘭德城堡的亞隆說話。亞隆正和LYNN站在陽台上眺望著整個大地，他聽到了魯卡利歐的聲音從陽台上水晶組成的東西里傳了出來，現在對亞隆來說除了馬上前去阻止兩支軍隊的戰爭以外似乎已經沒有別的選擇。亞隆騎上他的比雕飛向峽谷。但以他現在的速度這場戰爭很可能會危及到神聖不可侵犯的世界開始之樹。
正在魯卡利歐等待亞隆的時候，三隻從紅色軍團里衝出的黑魯加在他毫無防備的情況下襲擊了他。魯卡利歐躲開了他們的攻擊，並且想甩掉他們，但三隻黑魯加依然緊追不捨。黑魯加把魯卡利歐逼到了絕境，對魯卡利歐來說現在只能一戰了。他躲過了一隻黑魯加的猛撞，並且將波導光球扔向它，非常輕鬆地打倒了那隻黑魯加。之後他抓住機會不費力氣的打敗了另外兩個追趕者。
亞隆好像還不能趕到魯卡利歐那裡，從綠營里殺出一隻盔甲鳥緊追著亞隆和他的比雕，幸運的是，這隻鋼鳥在亞隆降落尋打魯卡利歐之前只做了幾次攻擊。亞隆終於找到了魯卡利歐，他告訴魯卡利歐自己現在必須立即趕到世界開始之樹，只有這樣才能避免這顆星球受到這場戰爭的蹂躪。魯卡利歐對亞隆很忠實，他想跟亞隆一同前往，但亞隆使用自己的節杖，讓波導之力形成光球將魯卡利歐圍在了山頂。魯卡利歐從光球里看著亞隆離開，就在這時兩支龐大的軍團在峽谷中央相遇並且進行了激烈的戰鬥。鳳王回到了世界開始之樹，這時它竟然變成了夢幻．
畫面轉回奧爾德蘭城堡的陽台，從陽台上可以看到世界開始之樹開始發出綠光，不久所有水晶組成的東西遍部整個大地散發出一道道綠光。這時兩支軍隊停止了他們的戰鬥，口袋妖怪們似乎都對突然發生的事情感到敬畏。這些綠光讓它們意識到戰爭最終能夠證明的只有災難，兩支軍隊的戰鬥就此宣告停止，它們紛紛離開了峽谷，再也不互相戰鬥了。但是沒有人知道亞隆的下落，人們只找到了他的節杖。
小智一行人正沿著一座古橋向奧爾德蘭城堡走去，讓他們感到奇怪的是周圍的其他人都穿著中世紀的衣服。其間，一隻傲骨燕停在他們頭頂上方城堡的窗戶上，突然它變成了一隻皮丘，小智他們走進城堡，不久就發現了一間掛滿了全套中世紀服飾的小房間。他們決定各自找一套合適自己的穿上。小智到處張望，他說自己想要一套勇者服。其他人也開始行動。就在大家找衣服的時候，皮卡丘在窗簾後面發現了剛才的那隻“皮丘”，哪知它這回竟然又變成了一隻木守宮，木守宮在其他人沒有注意到自己之前從窗戶溜了出去。小遙第一個試好了衣服，她穿上了一套背後有一對狩獵鳳蝶翅膀的粉紅色連衣裙。她問皮卡丘覺得怎么樣，皮卡丘非常滿意地叫了一聲PIKA。小剛也出來了，他穿上上了一套牧師的衣服。而小勝則換上了一套頗具古代詩人氣質的小孩裝。小智最後一個向大家展示了他的藍色勇者服，然後他戴上了帽子，恩不錯！這時大家突然把目光聚集在看樣子顯得非常無辜的皮卡丘身上，一夥人在露出一副狡猾的惡笑之後，為皮卡丘穿上了一套超級搞笑的小丑裝~汗，接下來，一行人急急忙忙地趕往即將舉行新一輪“波導的勇者”選拔大會的賽場。就在他們出門的時候，武藏，小次郎還有喵喵混進了剛才的房間，武藏很快就找到了一款非常合適自己的衣服。
在比賽開始之前，城堡的王后艾倫帶者她的女僕珍妮和口袋妖怪MANENE走向了女王寶座宣布比賽開始。第一場比賽是小智對抗一個擁有斗笠菇的少年。而小智的口袋妖怪是皮卡丘。皮卡丘先用十萬伏特麻痹了對手，之後以一記漂亮的鋼鐵尾巴很快的結束了比賽。在比賽期間，剛才的那隻木守宮來到了女王寶座附近，這次它變成了一隻MANENE。之後在另一個地方，珍妮看到兩隻MANENE，當她看到其中的一隻突然變成了長尾怪手時不禁嚇了一跳！~~其他場次的比賽相繼結束，戰鬥接近了尾聲~~冠軍將產生在小智和一個全身披者騎士盔甲的訓練家之間，小智依然使用皮卡丘，而對方卻拿出了小智見都沒見過的口袋妖怪——狃拉王！狃拉王一上來便使用了影子球，好在皮卡丘及時用十萬伏特阻止了對方。皮卡丘繼續發動攻擊整個戰鬥場地頓時籠罩在一片煙霧中。然後，我們的皮卡丘打敗了對手，成為了冠軍。
比賽結束之後，剛才的那隻“長尾怪手”竟然跑到戰鬥場祝賀取得勝利的皮卡丘！汗，小智走到對手面前跟對手握手。這時對方脫下了頭上的頭盔，讓小智和一旁的小遙大吃一斤的是，他，不，是她，竟然是個女的。她開始向小智介紹自己，原來她叫基德，小遙突然發現小剛和小勝不見了，原來小剛又來了，之後小勝當然習慣性的拉他耳朵走了~~~這時艾倫王后宣布，待會兒將舉行盛大的紀念“波導的勇者”的宴會。
