1939年2月，高敏珍在邊區第一屆參議會上當選參議員。同年秋，由於國民黨特務陷害，高敏珍產後剛滿月，與丈夫再次入獄，遭受不白之冤，在陝甘寧邊區政府保全處（延安）身陷囹圄長達5年之久。1944年毛澤東主席得知情況後，指示邊區保全處經過多方查證，終於弄清了事實真相後，釋放了他們。隨後，高敏珍夫婦在蔡暢的陪同下去見毛澤東。毛澤東親自下廚炒菜，宴請了他們，席間毛澤東說：“我們沒有經驗，上了敵人的當，你們受苦了，現在弄清了，好好工作吧！”臨告別時，毛澤東還幽默地說：“‘夜明珠’可是寶貝喲，我們不能把‘夜明珠’關在黑牢里，要讓‘夜明珠’的光彩閃爍在革命的事業上。”高敏珍深受感動，原有的怨氣頓時煙消雲散，更堅定了革命信念，立即投入新的工作。在為中央黨校師生講話時說：“是黨把我從封建主義的壓迫下解放出來並培養了我，作為一個革命者來說，對黨對人民只能忠心耿耿，而不能考慮個人得失。母親有時也會委屈兒子，但並不是不愛兒子，難道兒子能去抱怨母親嗎？”與此同時，高敏珍還幫助其他在審乾中蒙冤的同志放下思想包袱。
1946年，她擔任邊區婦女合作社副主任，領導合作社組織民眾搞好紡織和商業經營、運輸工作。 1947年，胡宗南軍隊進犯陝北時，她帶合作社轉移，保證了“人在物資在”，將全部財產安全運過黃河。
高敏珍在山西晉綏邊區帶病轉運物資，支援前線那段時間，工作條件非常艱苦，為了躲避國民黨飛機的轟炸，高敏珍懷揣小米乾飯煮雞蛋，每天天剛亮就帶上自己才8歲的女兒往山里跑，藏在大石頭底下，待天黑了再回村。時長日久，女兒得了一種怪病，右邊肚子裡長了個大硬塊，好多天不吃不喝，高燒不退，整日昏迷不醒，生命岌岌可危。高敏珍心急如焚，告訴在別處工作的丈夫蔡子偉，丈夫請來一位姓尚的醫生，救了女兒的命。
1949年，高敏珍參加了邊區第二次婦女代表會，並被選為出席全國婦女代表大會的代表。
1951年後，高敏珍歷任西北婦聯委員兼生產部長、中央農業部人民公社局副局長等職，始終保持艱苦樸素的工作作風和旺盛的革命志氣，經常深入基層調查研究。1961年身患癌症，仍隨王觀瀾部長赴陝西巡察。1963年病逝，年僅49歲。
高敏珍這種對黨忠貞不渝的革命精神，備受毛澤東的讚賞。後來，毛澤東提及她時，無不惋惜地誇獎道：“米脂的這顆‘夜明珠’不一般呀！”
