機構職能
促進香港與中央部委和10個省級行政區的聯繫
與中央部委和位於華北、東北和西北的10個省、市及自治區（即北京、天津、河北、遼寧、吉林、黑龍江、內蒙古、新疆、甘肅、寧夏）的政府和非政府機構，以及該等省市的駐北京辦事處聯繫，並向它們提供有關特區的資料
向特區政府匯報內地的最新發展
按特區政府的指示，就具體事務與內地部門商討
加強經貿聯繫
推展香港特區與10個省、市和自治區的經貿聯繫，包括宣傳及協助這些地區的企業來港投資和開業
推廣香港
在10個省、市和自治區舉辦活動推廣香港的優勢，以及增進內地人士對香港的了解和認識
協助港人
與服務範圍內生活、工作或求學的香港人及團體保持聯繫
為在內地遇上困難的香港居民提供實務性協助
出入境事宜
處理赴港探訪、工作、投資、培訓、居住和就讀的入境申請
就香港特區的出入境事務及免簽證事宜與中央政府及駐京外交使團聯繫
內部架構
香港特區駐京辦設主任一名，下轄副主任一名，並設有五個組別和一個聯絡處，分別為
•經濟事務、貿易及聯絡組
•入境事務組
•新聞組
•文化交流組
•行政組
•駐遼寧聯絡處（2014年成立）
歷任首長
梁寶榮先生（1999年─2005年）
曹萬泰先生（2006年4月30日─2012年7月17日）
朱曼鈴女士（2012年7月18日——2015年1月20日）
傅小慧女士（2015年1月21日——至今）
歷辦活動
除了一般職能外，駐京辦還會組織於中國大陸各省市自治區舉行“香港周”或“香港節”活動，近年舉辦過的包括有：
“吉林·香港節”（2004年1月4日─1月11日）
“重慶·香港周”（2004年5月26日─6月1日）
“2004天津·香港周”（2004年10月27日─11月3日）
“2005河北·香港周”（2005年6月22日─6月28日）
駐京辦亦負責與中央人民廣播電台華夏之聲合作製作《京港直通車》節目，每周六中午於第六、七頻道以粵語播出，廣播以華南地區為主。
所處位置
香港特區駐京辦剛成立時，位於北京建國門內大街18號恒基中心辦公室1座21層，於該層一邊為駐京辦辦公室，而另一邊是香港特區政府入境處的辦事處。當時駐京辦選擇在恒基中心設立辦公室，除了因為該處位於北京市商業中心，交通和聯絡方便外，還因為恒基中心乃由香港企業興建管理，溝通比較方便。此外，建國門至國貿一帶是香港人在北京的聚居地，使駐京辦可以較好的為當地香港人服務。
據《明報》2005年9月27日報導，籌建6年的香港特區駐京辦新辦事處於2005年9月26日落成啟用，地址為北京地安門西大街71號。駐京辦乃刻意從69至73中挑選71作門牌號碼，象徵7月1日回歸紀念日。新的駐京辦為一幢三層高獨立建築，面積2200平方米，設施除了行政辦公室、入境處辦事處，還有倉庫、展覽廳、會客室等，於辦事處外懸掛有中華人民共和國國旗及香港特別行政區區旗。該辦事處耗資9000萬港元，較預算超支約400萬元。
香港特區駐京辦