主要職能
（一）向區人民政府報告和向區人民政府有關部門通報審計情況，提出制定和完善有關政策、巨觀調控措施的建議。（二）根據《中華人民共和國審計法》的規定，直接進行下列審計：
1、區級財政預算執行情況和其他財政財務收支。
2、鎮、鄉人民政府的預算執行情況和決算及其他財政財務收支。
3、區級各部門、事業單位及下屬單位的財務收支及資金使用效益。
4、本級重點建設項目的工程預決算，特別是對有財政撥款的固定資產項目的資金使用情況及投資效益。
5、區政府各部門管理和社會團體受政府委託管理的社會保障基金、環境保護資金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
6、國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支、使用效益及償債能力。
7、國有企業和國有控股企業的資產、負債、損益情況。
8、接受上級審計機關授權對國家金融、保險企業、非銀行金融機構和在餘杭區內的中央、省屬企事業單位的審計。
9、區管黨政領導幹部和國有企業、國有控股企業領導任期及離任經濟責任審計。
10、組織實施對政府部門、鎮鄉及企事業組織的內部審計機構的業務指導、業務培訓和質量監督。
11、完成區委、區政府交辦的其他任務，承辦上級審計機關交辦的其他事項。
內設機構
財政社保審計科主要職能 負責審計區本級預算執行情況和地方稅務局稅收征管情況；負責審計鎮（鄉）人民政府的預算執行情況和決算；負責社會保障基金、社會捐贈資金及其他有關資金的審計。開展專項審計和審計調查及完成局交辦的其他各項工作任務。
行事經貿審計科
主要職能 負責對區屬國有企業、國有控股企業進行審計監督；負責區屬國有企業、國有控股企業負責人的經濟責任審計；承擔上級審計機關授權的區內中央、省、市屬國有和國有控股企業的審計；負責與區級財政有撥繳關係的區黨委機關、區人大機關、區政協機關、區人民法院、區人民檢察院和區級社會團體的財務收支審計；負責區政府各部門和直屬事業單位及其下屬單位的財務收支審計。開展專項審計和審計調查及完成局交辦的其他各項工作任務。
經濟責任審計科
主要職能 負責協調和落實區政府交辦的領導幹部經濟責任審計；負責區經濟責任審計聯席會議辦公室的日常工作；負責局經濟責任審計業務會議的日常工作。開展專項審計和審計調查及完成局交辦的其他各項工作任務。
農業環境資源審計科
主要職能 負責對農林水、新農村建設、環保、國土等專項資金的審計，負責對區政府農業、國土、林業、水利、科技、文化教育等專項資金補助項目的審計。開展專項審計和審計調查及完成局交辦的其他各項工作任務。
政府投資審計科
主要職能 負責提出政府投資項目跟蹤審計和基建決算財務收支審計的年度計畫；負責政府投資建設項目基建決算的財務收支審計工作。負責對區重點建設項目的預算執行和決算進行審計監督；負責組織開展對政府重大投資項目的跟蹤審計。開展專項審計和審計調查及完成局交辦的其他各項工作任務。
辦公室
主要職能 處理局機關日常政務，負責會議的組織和有關報告、檔案及管理制度的起草；安排年度審計項目；承擔宣傳、信息和文電處理、保密、信訪、財務、檔案管理、行政後勤、保衛等事項，負責局機關人事、考核、勞動工資、專業技術職稱考評等工作；組織和指導審計幹部教育培訓和精神文明建設；審核、覆核局機關審計意見書、審計決定、審計結果報告。
法規科（計算機審計科）
主要職能 歸口審計項目質量管理、行政執法、內部審計和內審協會各項工作。負責審核、覆核局機關、投資審計中心各類審計報告、審計決定、審計結果報告、審計結果函等業務類結論性文書；負責審計項目質量檢查和優秀審計項目評選；負責審計項目質量管理制度的制訂起草；負責審計公開信息的審核、各類審計項目審計結果的跟蹤落實和結果督查。負責對政策法規庫、審計對象資料庫、審計項目庫的維護；負責對內部審計進行監督和業務指導；負責內審協會各項工作。負責審計信息化工作以及局辦公系統及網路的維護工作，負責審計網站錄入和維護，負責政府採購日常工作。
政府投資審計中心
主要職能 受委託組織實施政府投資建設項目工程造價審計，歸口負責政府投資建設項目的工程竣工造價結算審計和工程預算審核工作。負責組織宣傳貫徹執行有關政府投資建設項目審計工作的法律法規、地方性法規、規章及政策，結合本區實際提出、擬定和完善政府投資建設項目審計工作規範性檔案的建議，擬定本區有關政府投資建設項目審計工作規範性檔案草案；負責組織實施對本區政府投資建設項目的工程竣工造價結算審計；受委託負責對本區財政投資為主的建設項目的工程預算審核；負責對所委託中介機構審計執業行為和審計質量的日常管理、監督和檢查。開展專項審計和審計調查及完成局交辦的其他各項工作任務。
