重慶市合川區國家稅務局內設9個內設機構，1個直屬機構、2個事業單位、7個派駐機構，級別均為正科級。
內設機構
1. 辦公室擬訂本單位年度工作計畫、有關工作制度；組織起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；組織辦理人大代表議案、建議和政協委員提案的有關事項。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
擬訂並組織實施本單位依法行政、依法治稅工作方案；組織協調涉及多稅種、綜合性稅收政策的落實工作；組織開展綜合性稅收政策調研；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作，並定期進行清理、評估和反饋；承辦局外涉及多稅種、綜合性稅收政策檔案會辦工作；牽頭重大稅收案件審理及規範稅務行政審批工作；辦理行政複議、賠償案件及行政訴訟案件；組織反補貼案件的應對工作；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性檔案執行情況的監督檢查；組織落實稅收執法責任制制度、稅收執法過錯責任追究制度，承擔稅收執法質量考核工作；督察落實稅收執法檢查結論；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
組織實施增值稅、消費稅、車輛購置稅的徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理等工作；管理增值稅專用發票和車輛購置稅票證；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作；組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退免稅的審核審批、年終清算工作；配合有關部門開展反騙稅工作。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、彙算清繳等工作；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作；承擔大企業稅收和國際稅收管理工作。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
牽頭編制年度稅收計畫、出口退（免）稅計畫，分配下達年度免抵調庫計畫；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理套用工作；組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核徵稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔本單位基本建設、資產管理、政府採購、著裝管理工作；管理機關財務；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品採購；協助完成上級機關開展的各類審計工作。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
組織、協調和指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性檔案；組織協調、實施納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；承擔網站納稅服務欄目、簡訊系統等納稅服務支持系統的運行管理工作。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體操作辦法；組織實施綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣套用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
組織落實幹部人事管理制度及稅務人才隊伍建設規劃，擬訂具體實施方案；承擔人事、機構編制和公務員管理工作；承擔工資、人事檔案、專業技術職務管理等工作；監督檢查本單位執行幹部人事規章制度情況；組織實施本單位思想政治工作、精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育管理制度、工作規劃、年度計畫，開展培訓質量考核與評估；負責本單位黨群工作；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；指導本單位黨建、工會、共青團、婦委會工作；承擔本單位離退休幹部的服務和管理工作。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查本單位人員貫徹執行黨的路線方針政策和遵守國家法律法規、部門規章情況；監督檢查本單位選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的執行情況；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本單位工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
直屬機構
稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢查、審判處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。
辦公地址：合川區南津街辦事處望江樓 2 號
事業單位
1．信息中心落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔本單位信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本單位信息安全管理與實施。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承辦機關安全保衛工作；承擔機關辦公用品的採購、保管、分配、維修；參與機關後勤體制改革工作。
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
派駐機構
1、辦稅服務廳
辦公地址：重慶市合川區南津街辦事處南屏西路49號
主要負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體辦理稅務登記、受理納稅申報、稅款徵收、稅款解繳、發票領銷存、金稅卡發售、報稅認證比對、稅法宣傳、諮詢輔導，受理各項行政許可申請、處理一般性違規違章行為等。
根據稅收征管工作需要和便利納稅人的原則，逐步將納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，集中到辦稅服務廳統一受理和辦理。辦稅服務廳應當通過信息中心網路系統與其他業務對接，並建立前台採集數據與後台管理數據共享等制度，加強與稅源管理、稅務稽查、稅政、法規等部門的聯繫，將數據資料及分析對比發現的問題，及時傳遞到相關部門。
2．重慶市合川區國家稅務局合陽稅務所
辦公地址：合川區南津街辦事處望江樓 2 號
3．重慶市合川區國家稅務局南津稅務所
辦公地址：合川區南津街辦事處振興路306號
4．重慶市合川區國家稅務局雲門稅務所
辦公地址：合川區雲門鎮振興街
5．重慶市合川區國家稅務局三匯稅務所
辦公地址：合川區三匯鎮匯濱路300號
6．重慶市合川區國家稅務局小沔稅務所
辦公地址：合川區小沔鎮鼎罐村三社
7．重慶市合川區國家稅務局太和稅務所
辦公地址：合川區太和鎮新區(陽光村一社)
稅務所主要負責對所轄稅源的監控管理工作，對轄區內納稅人實行分類管理和有效服務。具體負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅收預測和分析、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、文書達達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據採集分析、組織實施納稅評估、處理一般性違規違章行為和零星稅款的徵收等。
