主要內容
農業專項資金審計的主要內容：
(一)國家計畫內投資、中央財政預算安排(包括主管部門)下撥的專項資金、地方財政配套資金是否按國家規定及時足額撥付到位。
(二)項目資金投向是否合理，資金使用是否合規合法、專款專用，有無擠占、挪用、截留、轉移、損失浪費等問題。
(三)建設項目計畫(協定)執行與完成情況，有無擅自變更項目計畫，有無超計畫、超標準、超面積、超預算、隨意搞計畫外工程等問題。
(四)專項資金使用單位財務管理和內控制度是否健全有效，會計核算是否規範，各項報表是否齊全、合規、真實、準確。
(五)農業專項資金使用的經濟效益、社會效益、生態效益情況。
主要程式
農業專項資金審計的主要程式：
(一)全國農業系統的農業專項資金審計由審計署駐農業部審計局列入年度審計項目計畫，經審計署批准，農業部下達審計任務。地方農業主管部門根據農業部和上級主管部門下達的任務，擬定本部門專項資金審計工作計畫，制定工作方案，發出審計通知書，培訓審計人員，派出審計組，實施審計監督工作。
(二)聽取被審單位專項資金管理使用情況匯報，審查賬目、憑證、報表、實物，進行實地察看及進行必要的審計調查取證。
(三)被審單位要積極配合，提供所需的賬目、檔案、資料，接受查詢和提供必要的工作條件。
(四)評價資金使用效益，對審計中發現的問題提出處理意見和改進建議。
(五)審計終結出具審計報告。審計報告內容應當真實、客觀、公正，全面反映專項資金到位情況、項目建設情況、資金使用效果和審計處理意見等，不得隱瞞或虛報。審計報告須徵求被審單位意見。
農業部組織實施的專項資金審計，審計署駐農業部審計局根據需要進行抽審，在審計項目完成後根據各省、區、市農業主管部門上報的審計報告寫出綜合審計報告，報農業部領導審定後印發各省有關農業主管部門，並抄送國務院有關部門和省、區、市人民政府。地方農業主管部門組織實施的專項資金審計，由主管部門領導審批後下達審計意見書或審計決定，抄報本級人民政府、上級農業主管部門和同級審計機關。
(六)被審單位必須執行經批准的審計意見書和審計決定。對審計意見書或審計決定如有異議，可在10日內將其書面意見送交負責專項資金審計的主管部門，主管部門領導應及時進行處理，在規定時間內作出是否複審的決定。
(七)審計機構要對審計查出問題較多的單位，在下達審計意見書或審計決定後對其實施後續(跟蹤)審計，檢查採納審計意見和執行審計決定的情況，並將結果報本級人民政府、主管部門和審計機關。
(八)農業專項資金審計結束，對辦理的審計事項及時建立審計檔案，按照規定進行管理。
依據
農業專項資金審計的依據：
(一)國家的法律、法規、政策。
(二)農業部、地方人民政府和主管部門在法定許可權範圍內制定的各項規章制度。
(三)上級主管部門和國家投資部門下達的投資計畫，建設單位與上級主管部門和國家投資部門簽訂的協定(契約)，經批准的建設項目設計任務書等有關檔案、資料。
現狀
(一)農業專項資金審計查實的三大問題
1.項目立項不科學
受不當政績觀的影響，一些地方政府領導在農業項目立項上，不能科學、客觀地分析當地自然條件、市場實際和項目的效益情況，一味地爭取資金，盲目申報建設項目。項目資金到位前，不做項目的可行性分析，項目資金到位後，不進行資金使用規劃而盲目上馬，項目建成後不能發揮其應有的效益，造成資金的損失浪費。
2.配套資金不到位
國家在下達項目計畫時，均要求地方財政予以一定比例的配套資金，而且往往規定若地方不配套，就不能立項。地方政府和有關部門，為了得到項目，就承諾配套，而在實際執行過程中配套資金大部分不足。特別是一些貧困和欠發達地區，由於自身財力困難，對於應予配套的農業專項資金更是無法落實，只能採取作假賬或“拆東牆補西牆”的辦法瞞哄上級檢查。由於配套資金的不足，導致項目實施後常常不能全面完成，形成“鬍子工程”、“半拉子工程”。
3.使用管理不規範
一是項目點多面廣，資金嚴重分散，使用管理中政出多門，受部門分割條條管理和專款專用制度的制約，地方在支農資金的使用中很難有效整合，致使地方政府難以集中財力解決“三農”事業發展方面面臨的突出問題，影響支農資金更大效益的發揮。二是由於農業專項資金具有無償性，個別單位和主管部門領導法律意識淡薄，忽視國家專項資金的嚴肅性，只考慮自身利益、地方利益和小團體利益，擅自製定資金管理政策和辦法，隨意開口子，達不到預期目標，使農業專項資金不能有效到位，項目得不到完整有效地實施。三是一些農業專項資金未按計畫進行管理，項目執行和資金撥付滯後，甚至被任意截留、擠占、挪用。四是一些主管部門(單位)受部門利益驅動和缺乏責任心，在支農項目實施過程中，仍存在變相增加農民負擔，損害農民利益的行為。
(二)農業專項資金審計的三大難點
1.審計深度、廣度不易把握
農業項目繁多，往往涉及到村、戶，必須深入到項目點、鄉、村和農戶，而審計部門則受人力、時間、責任心等多種因素的限制，不可能對每個項目都一一進行審計檢查，只能採取抽查方式，抽查項目時一般根據資金量大小而定，不一定能代表整個項目情況，對項目建設成果及效益情況就更不好評價了。尤其是農村基礎設施建設，如農村公路、飲水等工程項目的立項、設計和決策等環節是否規範、工程質量如何等問題審計均難以到位，審計的深度、廣度不易把握。
2.審計目標不易實現
農業項目資金實行報賬制，通過近幾年對農業項目資金的審計和檢查發現，這種管理辦法雖然解決了發票的正規性和白條入賬問題，但不能保證報賬時所附的報賬憑據內容的真實性。加上有些工程是個體戶做的，而個體經濟單位賬目和核算不健全，很難核實到專項資金使用的真實情況，給監督檢查和管理帶來困難，審計目標不易實現。
3.審計處理難
農業專項資金審計處理難主要表現在以下三個方面：一是違紀問題處理難。審計查出的問題，既涉及單位的部門利益，又涉及單位內部職工的群體利益，既有管理部門濫用職權，又有分管領導的行政干預，造成責任追究難。二是審計結果落實難。近幾年查出的農業專項資金被擠占、挪用等違規違紀問題，除單位內控制度不健全之外，往往與行政事業單位彌補本單位經費不足有直接關係，造成審計決定落實難。三是審計信息反饋難。在實際工作中，審計結果須先徵求當地政府的同意，才能上報，審計的真實情況往往不能及時向上級反映。
