歷史沿革
蓮花山 1993年甘林造字[1993]004號檔案批准建立蓮花山省級森林公園；
2003年6月，國務院辦公廳國辦發[2003]54號文批准保護區由省級自然保護區晉升為國家級自然保護區。
2005年3月，省林業廳甘林人字[2005]32號、省編委和編辦通字[2005]8號檔案批准甘肅省蓮花山風景林自然保護區管理局更名為甘肅蓮花山國家級自然保護區管理局。
2005年國家林業局林場許準字[2005]925號檔案批准設立甘肅蓮花山國家級森林公園；與甘肅蓮花山國家級自然保護區管理局合署辦公，實行“兩塊牌子，一套人馬”的管理體制。
地理環境
地質
蓮花山自然保護區 （1）秦嶺東西複雜構造帶
該構造帶由新堡—力士山為復背斜軸的複式背斜所組成，軸部為下石炭統砂岩，粉砂岩、頁岩等，向兩翼漸新由中、上石炭統、二疊系，中、下三疊統灰岩、砂岩、頁岩，板岩、礫岩等組成。復背斜軸在紅崖魯—尖山一帶基本上呈東西向展布，僅局部偏轉呈孤形，由尖山往西則呈北西向展布，總體方向為315°。展布方向的改變系由於秦嶺帶經歷了長期的、複雜的歷史演變，多次的運動和康藏體系，祁呂弧形擠壓帶多字形體系相毗鄰而產生的嚴重干擾所致，但從山脈的走向，岩層的產狀，地層的分布，次級褶皺的軸向，壓性斷裂等大部分都近於東西，足以反映秦嶺構造帶的面貌，從較大的區域來看則是清楚的，蓮花山自然保護區屬於新堡地區。
褶皺：在新堡地區的褶皺有8條，其中與蓮花山自然保護區有影響的為母太子山—扎那山復向斜，由二疊系地層所組成，長67km，兩翼傾角45°～50°。兩段次級褶皺發育，受平山岩體破壞，由平山岩體向西，軸向近東西向展布後，受母太子山橫斷層破壞向北挪動，在橫斷層以西軸向又呈近東西向。
斷層：太子山—前東灣沖斷層，展布到蓮花山保護區，斷層南傾，為中三疊統砂岩，灰岩、頁岩逆覆於上新統磚紅色砂岩，礫岩之上。長達64km，傾角40°，其展布方向由290°～270°結構面本身呈彎曲的不規則波狀。
（2）河西構造體系
這一構造體系僅發現了沿洮河的橫斷層，其總體方向330°。如峽城橫斷層展布方向為330°，傾角80°，在宗石至九甸峽一帶可見被壓碎岩石所構成的破碎帶及陡立的磨光面和近水平的擦痕，這些表明其屬於壓扭性質。該橫斷層造成東盤向南推移，斷距達2km，沿洮河往南由於斷距變小而反映的不十分清楚，但拖拉褶皺說明了該斷裂的存在，這在娃兒溝南一帶反映尤為明顯。就洮河在區範圍內來說它是受北西向橫斷裂和派生的北東向橫斷裂控制，僅局部地段沿襲了東西向構造的結構面從而構成了河道彎曲。
地貌
甘肅蓮花山國家級自然保護區主要地貌類型有：
（1）構造侵蝕地貌
①構造侵蝕深切割亞高山
組成物質：花崗石麻岩、石灰砂岩。
主要特徵：絕對高度和相對高度都在1000米以上，除山頂面積和山間平台外，山坡坡度多>35°，山體為溝谷深切，形成“U”谷套“V”谷的特徵，主要分布蓮花山西北段和中段一帶。
現代地貌作用：外力作用具分帶現象，海拔3000米以上地區，寒凍風化作用強烈，重力崩塌和滑坡屢有發生。海拔3000米以下地區，則以暴流沖刷作用為主。
②構造侵蝕淺切割中山
組成物質：砂礫岩、頁岩、石英砂岩等。
主要特徵：絕對高度1000米，相對高度500～1000米，山坡坡度以25°～35°為主，位於山頂和現代河流裂點的上溯帶，切斷密度甚大，山體為縱橫溝谷切割。
現代地貌作用：以強烈的流水沖刷為主，尤其在汛期，有小型水石流的形成，加劇了地面的侵蝕作用。
③黃土侵蝕溝壑
組成物質：第四系的黃土。
主要特徵：絕對高度
