機構設定
綜合辦公室（職責）
一、在縣新型農村合作醫療管理委員會的領導下，負責全縣農村合作醫療制度的貫徹實施，負責對外宣傳、接待等工作。
二、承擔公文收發運轉、公文起草、檔案、印章、圖書和音像資料管理、工作協調等，負責各種農村合作醫療信息資料的收集、整理和上報並主持合管辦的日常工作。
三、負責信息中心網路管理、計算機維修、定點醫療機構合作醫療經辦人的業務培訓。
四、堅持每季度一次向縣合作醫療管理委員會匯報工作，根據全縣合作醫療運行情況，請示、報告解決存在問題的辦法和措施。
五、經常開展調研，深入鄉鎮政府、定點醫院和村民中了解合作醫療制度的運行情況和民眾反映的熱點和建議，定期向縣合管委匯報。
六、接受縣合作醫療管理委員會和有關部門監督審計，並將審計結果對社會公開。
七、積極當好縣委、縣政府、合作醫療管理委員會的參謀，為領導提供可靠的科學管理依據和信息資料，不斷完善規範工作制度，提高全縣合作醫療管理水平和工作效率。
八、完成各級領導臨時交辦的其他工作。
監審室（職責）
一、執行合作醫療管理委員會的決議、決定，負責合作醫療專業知識的業務培訓工作和指導各定點醫療機構合作醫療業務服務管理工作。
二、負責定點醫療機構合作醫療非《病種目錄》、《藥品目錄》及補助的診療項目範圍和補助的醫療器械材項目、特殊檢查項目的申請、審批等工作。
三、審核縣內定點醫療機構報來的各項補助資料，填寫好有關表冊和審批補助金額。
四、審核參合病人在縣外定點醫療機構或非定點醫療機構所發生的住院費用申請補助資料的審批補助內容和補助數額。
五、監督各定點醫療機構的合作醫療服務管理工作。
六、查實合作醫療工作中的各種投訴和舉報，查處定點醫療機構的各種違紀違規行為。
七、配合辦公室和財務室做好合作醫療各項資料匯總，每月及時總結，匯報合作醫療的各項工作。
財務室（職責）
一、在縣合作醫療管理委員會辦公室的領導下，認真執行財經紀律和各項財務規章制度，加強理論和業務學習，不斷提高業務水平。
二、建立健全財務管理制度，依法依規使用合作醫療基金，努力做好基金的計畫、控制、核算、分析和考核工作。按照會計制度規定科目，準確及時記錄各種賬務，編制財務報表，做到手續完備，內容真實，如實反映基金收支狀況。
三、嚴格執行財務紀律，對所屬的經辦機構加強財務監督檢查和業務指導，確保基金安全和公平、公正、合理、有效使用運行。
四、配合做好衛生、財政、審計等有關部門對基金收支和結餘情況的監督檢查工作。
五、負責本辦機關經費報帳和辦公用品採購、管理。
六、完成領導臨時交辦的其他工作。
服務大廳（職責）
一、審核參合病人在縣外定點醫療機構或非定點醫療機構所發生的住院費用申請補助資料的審批補助內容和補助數額兌付。
二、接受合作醫療政策諮詢、宣傳等工作。
三、配合辦公室和財務室做好合作醫療各項資料匯總等。
