沙雅縣在工業起步的同時，做到環保先行，通過採取節能減排、垃圾處理等措施，保護環境。
沙雅縣投資7000萬元的工業及生活污水處理廠已經開工建設。沙雅縣工業集中區常委會主任文偉介紹說，這裡將建起若干個小水庫狀的防滲氧化塘，通過管道接納各企業排放的工業廢水，經過依次沉澱後，再進入處理系統，最終經過處理的清水將澆灌荒漠植被。
一直以農業為主的沙雅縣幾年前工業總量很小，污染也少。近幾年通過招商投資，入住該縣的規模以上的企業由2005年的4家增加到9家。為此，沙雅縣響亮地提出了“生態工業，綠色沙雅”的口號，將降污減排作為發展工業的先決條件。對原有工藝落後、污水無法處理的棉漿粕廠堅決關閉；將新工業集中區設在距縣城3公里遠的下風口地段，儘量減少對縣城的影響，並啟動了污水、垃圾處理工程。
沙雅縣在工業項目上立足於農業產業化，依託六大綠色農產品基地，上馬耗能少、排污少、效益好的棉紡織、麵粉精加工、紅棗深加工、生物製藥、冷庫儲藏等項目。對於有明顯污染的工業項目，該縣堅持排污設施同時上馬的原則。沙雅縣銀鈴獺兔皮業有限公司是拉動當地農民增收的重要產業之一，但裘皮加工會帶來一定污染，因此企業在建設時，污水初級處理氧化塘也同時建成使用。香港百隆集團棉業公司在沙雅縣成立了九九棉業有限公司，今年計畫上馬印染項目。為保護周邊環境，企業工業污水處理系統也同時上馬。
