歷史
日本本土
日本護照1878年2月20日，日本開始簽發第一套護照，稱為“日本帝國海外旅券”（依據1878年2月20日日本外務省所制定的《海外旅券規則》所發行，由於是日本帝國時期所制定的法令，因此稱為日本帝國海外旅券）。1917年起，護照附有個人照片。1918年，由於日本與中國之間交通往來頻繁，雙方決定容許對方國民毋須持護照出入境。1926年，日本當局開始簽發現代設計的護照。
1992年，根據國際標準，日本當局發出可以讓機器讀取的“MRP旅券”。1995年，再根據國際標準，當局發出十年有效的護照給成年人，未成年人士繼續持有五年有效的護照。2004年，當局接受電子申請，由岡山縣開始。2006年，當局開始簽發內藏晶片，有生物特徵的護照。
日本政府於1998年將2月20日定為“旅券之日”，以紀念日本帝國海外旅券的發行。
台灣
1897年，台灣割讓予日本後，大批日本浪人經台灣前往中國，造成治安問題，因此日本當局宣布需要持有加注有台灣籍的日本旅券，才能出入台灣。
1907年，由於申請日本旅券手續過於繁複，台灣總督府宣布，前往中國及香港的旅客，可以自行決定是否申請日本旅券。
另一方面，當時日本向台灣人發出海外旅券，但清朝政府卻不承認其日本籍，使中日兩國當時很多紛爭。
韓國
1907年，日本頒布《外國旅行規則》，宣布於韓國人簽發日本旅券的方法。1910年，日本正式吞併韓國。
護照外觀
日本護照日本護照的封面中央印有日本準國徽“菊花紋章”，在其上方用日文漢字（篆體）印有日本國旅券，同樣的在其下方則是英語寫有JAPAN PASSPORT。5年有效期版本的普通護照為暗藍色，10年有效期的則為緋紅色。另外公務護照是暗綠色，外交護照則是暗褐色。
身份信息頁
身份信息頁
- 護照持有人照片
日本護照 - 護照類型
- 簽發國
- 護照編號
- 姓氏(括弧內可加注化名)
- 名字(括弧內可加注化名)
- 國籍
- 出生日期
- 性別
- 本籍
- 護照簽發日
- 有效日期
- 簽發機構
- 護照持有人簽名
信息頁以機讀區結束。
護照聲明
護照包含一個簽發國的聲明，用來知會其它所有國家，證明持有人為一國公民身份並且請求允許他/她過境，同時享有國際法所規定的待遇。日本護照內的聲明如下:
日語版本：
| 日本國民である本旅券の所持人を通路故障なく旅行させ、かつ、同人に必要な保護扶助を與えられるよう、関係の諸官に要請する。 |
英語版本：
| The Minister for Foreign Affairs of Japan requests all those whom it may concern to allow the bearer, a Japanese national, to pass freely and without hindrance and, in case of need, to afford him or her every possible aid and protection. |
語言
除了在護照最末的注意事項(例如在十年期的生物識別護照的第51頁)是只用日語標明外，日本護照完全使用日語和英語兩種語言。這個聲明是包括了當護照持有人在外國時遇到的各種情況時應該知道的事情。
姓、名及個人情況(例如出生日期)都只以拉丁大寫字母標明。日語名字基本上都依據平文式羅馬字系統轉換，在某些特殊情況下則例外，特別是當該人名是一個外國名字（例如配偶或子女為外國人時）的片假名轉譯，在這種情況下可以使用該姓名的原始拉丁拼法（前提條件是需要遞承政府頒發原始拼法的正式檔案，例如護照等）。
在持有人簽名處則標明了持有人姓名的日文寫法。
護照類型
普通護照
發放對象為普通公民。普通護照有5年有效期和10年有效期兩種版本。
19歲以下（含19歲）的日本公民只能持有5年有效期護照，而滿20歲的日本公民可選擇持有5年有效期（藍色）或是10年有效期（紅色）的護照。
公務護照
發放對象為議員和公務員，封面為暗綠色。
外交護照
發放對象為日本皇室，外交官及其家眷或是政府高級官員，封面為暗褐色。
（由於二戰後對天皇的法律規定，因此日本天皇和日本皇后並不持有護照。）
免簽國家
截止2014年，日本護照持有人可以免簽證或獲提供落地簽證待遇的國家地區為172個,在亨氏簽證受限指數當中全球排名第3，於亞洲則與韓國並列第1。是傳統已開發國家中，唯一一個能夠自由出入整箇中華地區的護照。
2016年3月，英國亨氏顧問公司發布了2016年全球享受免簽政策國家排名，其中，日本位列第五。
2016年3月28日，金融諮詢公司Arton Capital研究世界上所有國家和地區的簽證規定後創造了一種護照指數，根據“護照力排名”給各國護照排出名次，日本護照可免簽訪問143個國家。
