故事內容
數碼寶貝03馴獸師之王2000年代，十分熱愛數碼獸、稍微有點率真，個性極普通的國小五年級男生松田啟人設計出了一隻數碼獸，對他來說與朋友玩數碼獸卡片遊戲，上課時偷偷地把自己創作的數碼獸畫在筆記簿上，就是他最大的樂趣。啟人某日竟偶然得到了一張能大大改變命運的，以往從未有人見過的不可思議的藍色卡片——Blue card。因為對真正數碼獸的無比嚮往，令他的刷卡器變成了真正的數碼機——“D-Ark”，就在把藍卡放進讀卡機的瞬間，冒險之門已經打開了。啟人與接著到訪的命運拍檔——基爾獸相遇，之後又認識了李健良和牧野留姬，他們遇到了自己的數碼獸拍檔，與來到現實世界的數碼獸戰鬥。
最初的冒險在現實世界展開，然而數碼世界四聖獸之一的朱雀獸為了保護他們的進化之光，不斷派遣帝魔（十二隻以中國生肖為原型的數碼獸）來到現實世界，而後又把握有數碼獸進化關鍵的古樂獸帶走，啟人一行人為了救它，帶了博和、樹莉以及健太，決定進入數碼世界。在數碼世界中，啟人一行人又遇到了傳說中的馴獸師——秋山遼。而後又遇到了被傳送至數碼世界的健良的妹妹——李小春。他們8個人在得到了四聖獸的認可後，帶著古樂獸回到現實世界，然而，數碼世界中“最強的敵人”——可以消除一切的數碼死神侵略了現實世界，現實世界面臨消失的危機，啟人一行人經歷了無數戰鬥，終於成功消滅了數碼死神（帝厲魔)，拯救兩個世界的危機。
登場角色
| 松田啟人 配音：津村真琴（日）、陸惠玲（港）、王瑞芹（台） 搭檔：基爾獸 簡介：國小五年級學生，是家中的獨生子。雖和前兩代的主角都有一個護目鏡，但並不喜歡踢足球，相反的，是個很喜歡畫畫的人，相對於前兩季的主角，顯得格外內向。家裡經營著小型麵包店。非常喜歡和朋友在新宿公園裡玩數碼寶貝卡片。上學前、放學後都會跟朋友玩卡片遊戲，一直夢想著並創造了屬於自己的數碼寶貝——基爾獸。 D-Ark顏色是紅色（變成紅蓮騎士獸後改為金色） |  松田啟人 |
| 牧野留姬 配音：折笠富美子（日）、曾秀清（港）、謝佼娟（台） 搭檔：妖狐獸 簡介：一個不怎么笑又有點冷冷的少女，就讀於私立女子國小五年級。在秋山遼失蹤的那年的卡片大賽中獲得冠軍，被稱為“數碼暴龍皇后”。她很強，也很好強，在沒有遇見啟人和健良時，堅信戰鬥才是數碼寶貝的宿命，但其實冷酷的外表下掩藏著一顆脆弱的心。自尊心很強的她，雖然看上去很冷漠，但實際上她很關心朋友。 D-Ark顏色為藍色。 |  牧野留姬 |
| 李健良 配音：山口真弓（日）、梁偉德（港）、于正昇（台） 搭檔：大耳獸 簡介：李建良是新宿中央國小五年級一班的學生，是啟人隔壁班的同學。很喜歡玩電腦遊戲。有一次在遊戲中遇到了大耳獸，便結成了夥伴關係，雖然有一段辛苦的過去，可是他成了大耳獸的馴獸師，但他不喜歡讓大耳獸和別的數碼寶貝戰鬥。建良的爸爸是野生研究小組的成員。建良是家中兄弟姐妹中最大的一個，由於家裡兄弟姐妹多，所以他學會了獨立，堅強，很會照顧人。建良是個混血兒，爸爸是香港人，媽媽是日本人。與啟人相處得很好，也曾經為他那不聽話的妹妹李小春而頭疼。 D-Ark顏色為綠色。 |  李健良 |
| 秋山遼 聲優：金丸淳一（日）、陳卓智（港）、魏伯勤（台） 搭檔：科學飛龍獸 簡介：前年在Digimon大會上獲得優勝的傳說的馴獸師。大會之後便行蹤不明，直到在數碼世界和留姬他們相遇。帶著搭檔・科學飛龍獸在數碼世界中旅行了10個月。小麥色的肌膚，閃亮的皓齒，爽朗的笑容，還有用留姬的話來說的話就是散發著「簡直可以說毫無空隙的爽朗氣」。言行之中充滿著善意和友愛，連一丁點的陰雲都沒有。實力十分強勁，使用只有真正強大的馴獸師才能駕御的Device Card。腳本家小中千昭決定讓他以“天才馴獸師”的形象客串進來。不同於遊戲，作為動畫人物，遼必須更有性格，且需要有一隻數碼獸搭檔。強大的搭檔、力量和英雄主義使得遼的個性更加鮮明。 |  秋山遼 |
| 加藤樹莉 羅馬音：Jyuri Katou 配音：淺田葉子（日）、劉姵穎（港）、詹雅菁（台） 搭檔：獅子獸 簡介：啟人的同班同學之一。同時也是啟人暗戀的人，老家經營小飯館 。擁有獨特的感性。習慣借用狗布偶使用腹語術和周圍的人溝通。口中說自己沒有數碼獸的卡片，實際上收集了一大堆，喜歡數碼獸的心完全不輸給博和跟建太。性格纖細中也包含著大膽。經常保持著無憂無慮充滿朝氣的笑容，其實內心非常敏感容易感傷有很多小心思。但絕對不會表現出來。後來成為了獅子獸的馴獸師。 D-Ark顏色為橙黃色 |  加藤樹莉 |
| 鹽田博和 羅馬音：Hiro 配音：玉木有紀子（日）雷碧娜（港）傅曼君（台） 搭檔：守衛獸 簡介：啟人的同班同學，經常跟啟人和健太進行數碼寶貝卡片遊戲。相當渴望能成為數碼暴龍馴獸師，曾自己設計藍卡變成真的藍卡讓基爾獸進化。 D-Ark顏色為咖啡色。 |  鹽田博和 |
| 北川健太 羅馬音：Kenta 配音：青山桐子（日）沈小蘭（港）詹雅菁（台） 搭檔：海天使獸 簡介：啟人的同班同學，經常跟啟人和博和進行數碼獸卡片遊戲。在片中充當和事佬的角色，典型的學生形象。拍擋是海天使獸（究極體）。 D-Ark顏色為白色。 |  北川健太 |
| 李小春 配音：永野愛（日）梁少霞（港）傅曼君（台） 搭檔：黑大耳獸 簡介：李健良的妹妹，性格倔強，稍有些任性，但是天真可愛。非常喜歡折騰大耳獸，常把它當布娃娃裝扮，當布偶耍弄，大耳獸為此也沒有辦法。後期被呼喚到數碼世界與十二帝魔中的安底羅獸相遇，並成為搭檔。 D-Ark顏色是粉紅色。 |  李小春 |
| 小愛 配音：寺田春日（日）鄭麗麗（港） 簡介：小妖獸的馴獸師之一，本名未出現，是馴獸師姐弟的姐姐，比弟弟稍微成熟一點，因為年紀幼小，曾為了小妖獸跟弟弟爭吵，造成與小妖獸之間的誤會，後期與小妖獸合好，為小妖獸加油的心意賦予‘墮天地獄獸·爆裂形態’能讓他在天上自由飛行的－‘黑色羽翼’，最後與弟弟一起得到了小妖獸的D-Ark。 D-Ark顏色為紫色。 |  小愛(右)阿真(左) |
| 阿真 配音：松本美和（日）區瑞華（港） 簡介：小妖獸的馴獸師之一，本名未出現。是馴獸師姐弟中的弟弟。因為年紀幼小，曾為了小妖獸跟姐姐爭吵，造成與小妖獸之間的誤會。後期與小妖獸合好，為小妖獸加油的心意賦予墮天地獄獸·爆裂形態，擁有強大力量的槍的武器－陽離子炮。最後與姐姐一起得到了小妖獸的D-Ark。 D-Ark顏色為紫色。 |
登場數碼獸
主要數碼獸
| 幼年期I | 幼年期II | 成長期 | 成熟期 | 完全體 | 究極體 | |
| 沙礫獸 | 基基獸 | 基爾獸 | 古拉獸 | 大古拉獸 | 滅世魔龍獸 | |
| 紅蓮騎士獸 | 紅蓮騎士獸（真紅形態） | |||||
| 啫喱獸 | 軟糖獸 | 大耳獸 | 加魯哥獸 | 拉比獸 | 撒多格杜獸 | |
| 狐裘獸 | 小狐獸 | 妖狐獸 | 九尾狐獸 | 祭師獸 | 沙古牙獸 | |
| 嘿嘿獸 | 也也獸 | 小妖獸 | 巫師獸 | 巴力獸 | 墮天地獄獸 | 墮天地獄獸（疾風形態） |
| 飛跳獸 | 彈彈獸 | 單角龍獸 | 強襲龍獸 | 電子龍獸 | 裁決獸 | |
| 可可獸 | 朱古力獸 | 黑大耳獸 | 武兔獸 | 玉兔獸 | 智天使獸 | |
| 波波獸 | 褶皺獸 | 幼獅獸 | 獅子獸 | 格鬥獅子獸 | 黃金劍獅獸 | |
| 巧洛獸 | 卡普利獸 | 齒輪獸 | 守衛獸 | 安杜路獸 | 高級安杜路獸 | |
| 綠葉獸 | 幼蟲獸 | 蟲蟲獸 | 愛精靈獸 | 妖精獸 | 海天使獸 | |
其他數碼獸
四聖獸
詳見詞條“四聖獸”頁面
十二帝魔/神將
詳見詞條“十二帝魔”頁面
用語解說
D-Ark（ D-方舟機）
馴獸師與數碼獸的聯繫紐帶，被馴獸師們稱為“數碼終端機” ，也是抽換卡片的機器
Blue Card（藍卡）
啟人、健良、留姬通過抽換藍卡而得到D-Ark，後期也被用於完全體進化
其實偶爾會出現的支援卡片，心誠則靈
Red Card（紅卡）
被製造來幫助數碼獸進入帝厲魔而不受影響的卡片，原理是將數碼獸的波長改變使之接近帝厲魔。（香港TVB譯為定力爆）
Ark（方舟）
數碼世界裡的交通手段，啟人等人返回現實世界時也是搭乘此物，後被修改為Grani（香港TVB譯為葛拉尼）
Digimon Card （數碼暴龍卡）
通過抽換能使數碼獸擁有武器、加速、羽翼、能量提升、分身術等技能
“超進化組件S”卡還能使數碼獸成熟期進化
Zero ARMS Grani （人工怪獸“零”）
由方舟修改而來人工合成的戰鬥支援用武器，能夠和Dukemon合體，成為Dukemon Crimson Mode；ARMS是Artificial Monsters（人工製成怪獸）的簡稱，而Zero是指它是首架同類的武器；Grani中譯為“格拉尼”，最早是源自於北歐史詩“費爾森家族的薩加”，是史詩中後期男主角西古德(Sigurd)所獲得的“天馬後代”。
製作人員
•企劃：川上大輔、木村京太郎、関弘美
•原案：本鄉昭由
•系列監督：貝澤幸男
•系列監督補：中村哲治
•系列構成：小中千昭
•音樂：有澤孝紀
•製作擔當：岡田將介
•角色設計：中鶴勝祥
•總作畫監督：信實節子
•美術設定：渡辺佳人
•CG設定：荒牧伸志
•製作協力：東映
•製作：富士電視台、讀賣廣告社、東映動畫
劇集信息
各話製作
| 話數 | 中文標題 | 原文標題 | 腳本 | 演出 | 作畫監督 | 美術 |
| 1 | 基爾獸誕生！ 我心目中的數碼寶貝 | ギルモン誕生！ 仆の考えたデジモン | 小中千昭 | 貝澤幸男 | 清山滋崇 | 渡辺佳人 |
| 2 | 你是我的好朋友 大耳獸出場！ | 君はぼくのともだち テリアモン登場！ | 佐々木憲世 | 八島善孝 | 清水哲弘 | |
| 3 | 妖狐獸對基爾獸！ 戰鬥才是數碼寶貝的宿命 | レナモン対ギルモン！ 戦いこそがデジモンの命 | 吉沢孝男 | 海老沢幸男 | 飯島由樹子 | |
| 4 | 馴獸師的試煉！ 打倒金剛獸！ | テイマーの試練！ ゴリモンを倒せ！ | まさきひろ | 川田武范 | 直井正博 | 渡辺佳人 |
| 5 | 咕嚕咕嚕！ 與古樂獸遊玩！ | くるっくるーん！ クルモンと游ぼ！ | 芝田浩樹 | 伊藤智子 | ||
| 6 | 夥伴的真意 妖狐獸進化！ | パートナーの意味 レナモン進化！ | 吉村元希 | 梅澤淳稔 | 出口としお | 清水哲弘 |
| 7 | 基爾獸陷入危機！ 地底的冒險 | ギルモンが危ない！ ぼくの町の冒険 | 小中千昭 | 角銅博之 | 淺沼昭弘 | 飯島由樹子 |
| 8 | 基爾獸進化！ 西新宿大決戰 | ギルモン進化！ 西新宿大決戦 | 前川 淳 | 中村哲治 | 八島善孝 | 清水哲弘 |
| 9 | 變回基爾獸！ 古拉獸騒動 | ギルモンに戻って！ グラウモン騒動 | 浦沢義雄 | 佐々木憲世 | 清山滋崇 | 渡辺佳人 |
| 10 | 妖狐獸是朋友！ 留姬的疑惑 | レナモンは友達！ 留姫の迷い | まさきひろ | 吉沢孝男 | 直井正博 | 清水哲弘 |
| 11 | 守護西新宿 1分30秒的對決！ | 新宿大ガード 1分30秒の対決！ | 前川 淳 | 川田武范 | 伊藤智子 | 松本健治 |
| 12 | 留姬與妖狐獸 決裂的危機！ | 留姫とレナモン きずなの危機！ | 吉村元希 | 芝田浩樹 | 淺沼昭弘 | 渡辺佳人 |
| 13 | 數碼寶貝捕獲指令！ 災難的先兆 | デジモン捕獲指令！ 災いの予感 | 小中千昭 | 今村隆寛 | 信実節子 | 清水哲弘 |
| 14 | 馴獸師站出來！ 大古拉獸超進化 | テイマーよ立て！ メガログラウモン超進化 | 貝澤幸男 | 八島善孝 | 杉浦正一郎 | |
| 15 | 巨大蛇出現！ 大江戶線大混亂 | 巨大ヘビ出現！ 大江戸線大パニック | 前川 淳 | 角銅博之 | 出口としお | 松本健治 |
| 16 | 守護城市之光！ 數碼寶貝們的危險之旅 | 街の燈を守れ！ デジモンたちの危険なキャンプ | 浦沢義雄 | 梅澤淳稔 | 清山滋崇 | 渡辺佳人 |
| 17 | 尋找藍卡！ 拉比獸電光火石 | ブルーカードを追え！ ラピッドモン電光石火 | まさきひろ | 吉沢孝男 | 淺沼昭弘 | 清水哲弘 |
| 18 | 美麗的進化！ 飛舞在月光中的祭師獸 | 美しき進化！ 月光に舞うタオモン | 吉村元希 | 川田武范 | 直井正博 | 渡辺佳人 |
| 19 | 我要變得更加強大！ 力爭上遊的小妖獸 | 強くなりたい！ 這い上がれインプモン | 前川 淳 | 芝田浩樹 | 伊藤智子 | |
| 20 | 最後的王牌！ 友情的藍卡 | 切り札はコレだ！ 友情のブルーカード | まさきひろ | 今村隆寛 | 八島善孝 | 清水哲弘 |
| 21 | 樹莉的拍擋！？ 我的獅子獸大人 | 樹莉のパートナー！？ 私のレオモン様 | 浦沢義雄 | 角銅博之 | 信実節子 | 徳重 賢 |
| 22 | 野豬獸出場 守護我們的家園！ | ヴィカラーラモン登場 仆たちの街を守れ！ | 吉村元希 | 梅澤淳稔 | 出口としお | 渡辺佳人 |
| 23 | 數碼寶貝總出擊！ 迎風前進 | デジモン総出撃！ 風に向かって進め | 小中千昭 | 吉沢孝男 | 淺沼昭弘 | 須和田 真 |
| 24 | 前往數碼世界… 旅程起行之日 | デジタルワールドへ… 旅立ちの日 | 中村哲治 | 清山滋崇 | 清水哲弘 | |
| 25 | 進入數碼世界！ 再見我們的家園 | デジタルワールド突入！ さらば仆たちの街 | まさきひろ | 貝澤幸男 | 直井正博 | 渡辺佳人 |
| 26 | 小世界！ 強風谷中的公公獸・婆婆獸 | 小世界！ 風の強い谷のジジモン・ババモン | 浦沢義雄 | 川田武范 | 伊藤智子 | 徳重 賢 |
| 27 | 小妖獸進化！ 可怕的魔王墮天地獄獸 | インプモン進化！ 魔王ベルゼブモンの戦栗 | 前川 淳 | 芝田浩樹 | 八島善孝 | 行 信三 |
| 28 | 敵人還是朋友！？ 傳說中的馴獸師秋山遼 | 敵か味方か！？ 伝說のテイマー秋山リョウ | 吉村元希 | 今村隆寛 | 信実節子 | 清水哲弘 |
| 29 | 這裡是幽靈的城市！ 迷路的古樂獸大逃亡 | ここは幽霊の城！ 迷えるクルモン大脫出 | 角銅博之 | 出口としお | 渡辺佳人 | |
| 30 | 來自數碼世界的緊急求救 古樂獸他… | デジタルワールドから緊急連絡 クルモンが… | 前川 淳 | 梅澤淳稔 | 山室直儀 | 徳重 賢 |
| 31 | 與守衛獸的友情！ 博和成為馴獸師 | ガードロモンとの友情！ 仆も戦うテイマーヒロカズ | 浦沢義雄 | 吉沢孝男 | 淺沼昭弘 | 須和田 真 |
| 32 | 基爾獸誕生之謎！ 神秘的水底宇宙 | ギルモン誕生の謎！ 神秘なる水の宇宙 | まさきひろ | 川田武范 | 清山滋崇 | 清水哲弘 |
| 33 | 大耳獸在哪裡！ 小春來到數碼世界 | テリアモンはどこ！ 小春デジタルワールドへ | 吉田玲子 | 今沢哲男 | 伊藤智子 | 渡辺佳人 |
| 34 | 溫柔的勇者 獅子獸之死！ | 心優しき勇者 レオモン死す！ | 小中千昭 | 芝田浩樹 | 八島善孝 | 徳重 賢 |
| 35 | 我的名字叫紅蓮騎士獸！ 真正的究極進化 | その名はデュークモン！ 真なる究極進化 | 角銅博之 | 信実節子 | 清水哲弘 | |
| 36 | 決戰！ 紅蓮騎士獸對決墮天地獄獸 | 決戦！ デュークモン対ベルゼブモン | 前川 淳 | 今村隆寛 | 淺沼昭弘 | 渡辺佳人 |
| 37 | 對決朱雀獸！ 撒多格杜獸究極進化 | 対決スーツェーモン！ セントガルゴモン究極進化 | 梅澤淳稔 | 出口としお | 清水哲弘 | |
| 38 | 真正的敵人出動！ 四聖獸之戰 | 動き出した真の敵！ 四聖獣の戦い | まさきひろ | 吉沢孝男 | 山室直儀 | 徳重 賢 |
| 39 | 飛舞的究極之花！ 沙古牙獸進化 | 舞い散る究極の花！ サクヤモン進化 | 吉村元希 | 今沢哲男 | 清山滋崇 | 渡辺佳人 |
| 40 | 進化的光輝 閃耀・進化 | 進化の輝き シャイニング・エボリューション | 前川 淳 | 川田武范 | 伊藤智子 | 清水哲弘 |
| 41 | 回歸 返回現實世界！ | 帰還 リアルワールドへ！ | 小中千昭 | 貝澤幸男 | 八島善孝 | 渡辺佳人 |
| 42 | 帝利魔襲擊街道 馴獸師的決心 | デ・リーパーに襲われた街 テイマーの決意 | まさきひろ | 角銅博之 | 信実節子 | 徳重 賢 |
| 43 | 心心相連 復活的墮天地獄獸 | つながる心 復活のベルゼブモン | 前川 淳 | 梅澤淳稔 | 淺沼昭弘 | 清水哲弘 |
| 44 | 神秘的少女！ 帶來奇蹟的杜賓犬獸 | 謎の少女！ 奇蹟を運ぶドーベルモン | 小中千昭 | 今村隆寛 | 山室直儀 | 渡辺佳人 |
| 45 | 迎戰定力爆 突入占領區！ | デ・リーパーに立ち向かえ ゾーン突入！ | 吉沢孝男 | 出口としお | 清水哲弘 | |
| 46 | 豪爽的究極戰士 裁決獸出場！ | 爽やかな究極戦士 ジャスティモン見參！ | 吉村元希 | 今沢哲男 | 清山滋崇 | 徳重 賢 |
| 47 | 搶救紅蓮騎士獸！ 古拉尼緊急出發 | デュークモンを救え！ グラニ緊急発進 | まさきひろ | 芝田浩樹 | 伊藤智子 | 渡辺佳人 |
| 48 | 守護樹莉的力量 墮天地獄獸之拳！ | 樹莉を守る力 ベルゼブモンの拳！ | 前川 淳 | 地岡公俊 | 八島善孝 | |
| 49 | 首都失守！ 古樂獸的願望 | 首都壊滅！ クルモンの願い | 小中千昭 | 川田武范 | 信実節子 | |
| 50 | 真紅蓮騎士獸 勇救心愛的人！ | 真紅の騎士デュークモン 愛するものたちを救え！ | 角銅博之 | 淺沼昭弘 | 徳重 賢 | |
| 51 | 追求夢想的力量 我們的未來 | 夢見る力こそ 仆たちの未來 | 梅澤淳稔 | 出口としお | 清水哲弘 |
參考資料
分集劇情
第1集松田啟人，稍微有點率真，是個極普通的國小五年級男生，現在最喜歡的東西就是數碼暴龍。對他來說，與朋友玩數碼暴龍的Card Game及在上課時偷偷地把自己創作的數碼暴龍畫在筆記簿上是最大的樂趣！那個就和某個地方的十分熱愛數碼暴龍的少年一樣的啟人，他竟在某日偶然得到了一樣能把他的命運大大改變的神秘對象，那就是以往從未有人見過的不思議的藍色的卡片藍卡。因為藍色的卡片的力量而變形的讀卡機，就在把藍卡放在讀卡機讀進去的瞬間，在啟人的眼前冒險之門已經打開了。 在畫面上顯示出裂開了的數碼蛋。之後從天空降下光柱。啟人在心中有種確實的預感所以便前往光柱。在那裡等待著啟人的是，啟人所想像出來的數碼暴龍．基爾獸。啟人歡喜地走向基爾獸，但是……
第2集基爾獸吐出來的火焰竟把混凝土的牆壁開了個洞。啟人想到自己也可能會遭到攻擊而十分害怕，跟著的一剎那啟人所看到的是……基爾獸天真無邪地向他笑。知道基爾獸並無敵意的啟人，總算可以真正的安心下來。但是啟人真正的麻煩現在才開始。把體形龐大的基爾獸隱藏實在是一大苦事。啟人利用紙皮箱掩飾把它帶回家。第二天，啟人把基爾獸藏在公園然後上學，但是,基爾獸竟然偷偷地跟著啟人的後面！基爾獸的出現令學校陷入恐慌。聽見騷亂的啟人，也拚命地尋找基爾獸，而基爾獸並不知道啟人的心情而繼續玩耍。這時，在啟人面前出現個知道數碼暴龍的神秘少年說啟人沒資格做馴獸師 啟人受到傷害及信心盡失，但最後也被基爾獸的天真無邪所救回，啟人及基爾獸一邊跨越困難及一邊逐步逐步地成為真正的朋友。但是在回公園的路上，基爾獸受到突然的攻擊。襲擊啟人他們的就是妖狐獸及它的拍檔留姬。
第3集留姬單方面向啟人宣戰，雖然啟人不允許戰鬥，但基爾獸竟無視啟人的說話開始向妖狐獸反擊。啟人看到基爾獸的眼裡仍然存有野生的光輝。因李健良的幫助而中斷了戰鬥，但啟人也因基爾獸露出鬥爭本能的樣子而受到不少的衝擊。留姬一口咬定數碼暴龍是為了戰鬥而存在的，而李健良則視數碼暴龍為朋友及重視它們。啟人也因2方面的正反意見的考慮而煩惱，只怕會失去基爾獸。然後就在未知道答案前，在地下停車場，留姬又向啟人宣戰，李健良加入阻止2人的戰鬥，捲入戰鬥的大耳獸因受到攻擊的衝擊而進化成加魯哥獸。失去理性的加魯哥獸不斷亂槍掃射，就連李健良也不能制止。而那個槍口正向著留姬對準，就在這千鈞一髮的瞬間，基爾獸緊急地撲向加魯哥獸而救了留姬。
第4集雖然並沒有發生危險的事情，但李健良的表情卻很生硬。與啟人天真無邪地憧憬進化相對照，李健良不允許大耳獸再次進化。第二日，正當李健良及大耳獸與啟人一起回家時，在他們面前突然出現一片異常的霧。分開逃跑的啟人去找基爾獸，那霧就算李健良他們逃到哪裡也追到那裡，簡直就像生物捕捉獵物那樣，然後就在李健良他們被追得走投無路的面前，一隻數碼暴龍終於實體化。它的樣貌令李健良不由得嚇得喘不過氣來……那正是令他的內心深深殘留著創傷的過去事件的主角--金剛獸！金剛獸襲擊過來，大耳獸又不準許進化，後面趕到的啟人和基爾獸也不斷受到攻擊。最後，李健良用卡片使大耳獸戰勝了金剛獸。
第5集在啟人他們的學校最近竟然發生了不可思議的事情，操場上竟然有人用石灰胡亂塗鴉。犯人不明的這個事件成為了怪談及加鹽加醋地不斷在師生間流傳開去。再加上有傳言指那與先前基爾獸的調皮是同一犯人所乾的更令啟人坐立不安。不過在接著的星期日，犯人意外地弄清楚了。因要到白兔小屋值班而來到學校的啟人，在操場的一角偶然找到的是古樂獸。原來那個塗鴉正是古樂獸為了和小朋友們一起玩耍而照著足球場的線所畫的。啟人與李健良商量後決定要為古樂獸找一個相稱的拍檔，在互相知道的人選中開始找尋候補，但是因他們的一長一短總也不能決定。到底啟人他們能否平安無事地為古樂獸找到合適的拍檔呢？還有在瞞著啟人與古樂獸出外玩耍的基爾獸的面前新的數碼暴龍也出現了。
第6集在晚上到學校玩耍的基爾獸及古樂獸的面前邪魔獸實體化了。與邪魔獸細小的身體不成比例的強力的攻擊令基爾獸他們很痛苦，而拯救了這個危機的就是留姬以及她的拍檔妖狐獸。雖然在危險時出手相助，但啟人始終也不能理解留姬把數碼暴龍當作道具般使用的態度。他要說服留姬數碼暴龍是生存著的，而留姬則完全聽不進腦。留姬的學校的上課參觀日。為了發泄對在上課中途早退了的母親的不滿，留姬歡喜地走入那偶然找到的數碼領域。但是所出現的數碼暴龍卻意料之外的強勁，而發生了要藉助啟人等人的幫助的最壞的結果。如果可以進化的話自己1個人也可勝出。留姬的煩燥指向經歷無數次戰鬥也不能進化的妖狐獸。妖狐獸為了進化而尋找新的敵人，1個人徘徊在晚上的城市，在它面前一隻否定拍擋存在的謎之數碼暴龍站立阻擋。挑撥妖狐獸的謎之數碼暴龍的目的到底是？還有在妖狐獸不在期間，另一方面的留姬也遭到新的數碼暴龍的毒牙迫近。
第7集曾經在無數的候補中被選為留姬的拍檔，妖狐獸誓要成為最強的數碼暴龍。但是對無論怎么戰鬥也不能進化的妖狐獸，留姬的焦燥也越來越厲害。就在這時候初次的危機襲擊2人，犧牲自己去守護留姬的妖狐獸的姿態大大動搖留姬的心。然後就在2人的心相通的瞬間，妖狐獸出色地實現了九尾狐獸的進化。某日基爾獸造了個不可思議的夢。那是一個基爾獸會離開啟人走去另一個世界的夢。啟人從基爾獸口中得知這夢而感到不安，於是找李健良及留姬討論，但從2人得來的是出乎意料的嚴酷意見。本來數碼暴龍就不該存在於這個世界。由數據所生的事物最終會返回數據。對2人那樣的說法啟人背耳不聽，只希望能和基爾獸繼續在一起。但是這個願望卻違背了他，恐布的事情終於現實化了。在啟人的眼前基爾獸的身體開始分解為數據了。基爾獸變成數據及消失了。到底啟人能否再次與基爾獸見面呢？為了取回基爾獸，啟人的冒險開始了。
第8集在啟人的眼前基爾獸變成數據及消失了。雖然受到衝擊但啟人仍相信數碼器連繫著兩人，並出發去拯救基爾獸。而啟人的這模樣也深深地打動李健良及留姬的心並開始協力。初次合力的3人，在異空間出色地成功救出基爾獸。就這樣看來啟人與基爾獸應該會更加緊密的互相連繫，但是面向書桌入迷的啟人，先前還拚命的揮動鉛筆，當然是做他的數學計算，實則是數碼暴龍繪圖。畫下基爾獸進化後的想像圖，又大又強的身體，頭上長有2隻角，而它的名字就是大基爾獸。但是在啟人越來越期待基爾獸的進化時，一出乎意料的新聞飛進了他的耳內。最近，在中央公園據說有一個以驚嚇情侶為樂的調皮者。啟人最先就想起基爾獸及顯得很擔心。聽到“犯人是小朋友”的目擊口供後總算安心了點，而老師及警察的巡邏則變得越來越嚴密。假如基爾獸被警察抓住的話。不安的想法占據著胸口，啟人穿梭於老師及巡視的警長並奔跑於晚上的城市。但是等待著總算跑過的啟人的卻是，基爾獸那意想不到的說話。由小小的誤解所引發的啟人與基爾獸的初次龜裂。在團體合作凌亂的2人前，強敵．邪龍獸的利爪迫近。到底啟人與基爾獸能否跨越這九死一生的危機呢？在西新宿的夜空里大基爾獸的咆哮正在迴響。
第9集以驚嚇情侶為樂的真正犯人原來是小妖獸。啟人對自己懷疑基爾獸感到羞愧，看到在戰鬥中被弄得慘不忍睹的基爾獸終落下淚來。而回答這情感的是基爾獸進化成大基爾獸，把強敵邪龍獸出色地打倒了。但是，在西新宿的夜空里迴響的野生的咆哮。失去理性露出狂暴本能的大基爾獸的模樣令啟人覺得十分恐布。好不容易才能看見的進化。不斷自責沮喪的啟人的眼睛又再次浮現出眼淚。不過當接觸那些眼淚的瞬間，大基爾獸變回平時天真無邪的表情了。2人高興地互相擁抱。但可惜的是那完全沒有解決問題，身體直至何時仍是大基爾獸。在啟人面前的是為大基爾獸的巨大體形而煩惱。再這樣下去連家也入不了，還很可能會給人發現。為了變回原本的基爾獸的模樣，啟人想出這個那個的作戰，但是到底大基爾獸能否變回原本的基爾獸呢？啟人與基爾獸的二人三足的大奮鬥開始了。
第10集啟人為了令大基爾獸變回基爾獸而進行大奮鬥。雖然想出來的作戰及特訓怎也沒有，但啟人拚命的情感終於感動了上天，令大基爾獸平安地變回基爾獸。但今次的事件也衍生出新的疑問。數碼暴龍的進化到底是什麼回事？數碼暴龍的進化是什麼回事？留姬比誰人更在意這個疑問。完全沒有累積經驗，也沒有讀取其它數碼暴龍數據的基爾獸也可進化，留姬怎也不能理解。當夠強便可進化。留姬一直也這么相信，而與妖狐獸一起重複無數次無情的戰鬥。但是那樣並不能說明基爾獸的進化，就連妖狐獸第一次的進化也是……進化是什麼回事？自己與妖狐獸的關係又是？總也找不出答案的留姬向妖狐獸無理的發怒了。完全不能理解那樣的留姬的心，妖狐獸很困惑。然後闖入這2人的裂縫的白影也俏俏地靠近留姬。力量就是一切。冰惡魔獸為了得到更強大的力量而企圖要把留姬成為其拍檔。在追求力量時與妖狐獸之間開始萌生出友情。面對困難的選擇留姬所得出的答案是……
第11集數碼暴龍是什麼回事？進化又是什麼回事？冰惡魔獸的魔爪正俏俏地靠近開始抱有疑問的留姬。為了令留姬成為其柏檔，冰惡魔獸驕傲地展示那些過去打敗過的數碼暴龍的標本。過去的自己就如冰惡魔獸般只追求強勁，留姬受到不少的衝擊。雖然因妖狐獸及啟人的活躍而得救了，但是留姬卻不能整理其心情，不理會妖狐獸地獨自走了。濃霧突然在十字路口擴散。感到將有數碼暴龍出現的大耳獸進入戰鬥狀態，但李健良卻堅決地不允許。正當李健良要無理地把撒嬌的大耳獸帶回家時，數碼領域就在他們的眼前實體化了。然後就在數碼暴龍完全實體化的一刻，山木發出的Yuggoth把數碼領域以及數碼暴龍一同消除了。大耳獸十分不滿數碼領域被消滅。雖然李健良不斷哄它，但卻察覺到自己並不能解答大耳獸經常提出的質問：“……喂，阿健，為什麼我不可以戰鬥呀？”大耳獸是朋友。不想看見朋友廝殺。但大耳獸卻很想戰鬥。否定戰鬥即是，否定它是數碼暴龍。李健良對一直所追求的自己與大耳獸相遇的意義開始動搖。但是命運並沒有給予他時間找出答案，2人再次捲入戰鬥之中。該被Yuggoth消滅的的數碼暴龍竟再次出現了。誓要向人類報復，在城市暴走的這隻數碼暴龍。只有自己與大耳獸才能守護人們。在極限的狀況下李健良好不容易得出的結論是？現在就是抉擇的時刻。
第12集為了從暴走數碼暴龍之中守護人們，因為只有自己與大耳獸才能做到。阿健終於憑著自己的意思決意戰鬥。回應這想法的大耳獸進化成加魯哥獸，把強敵武士獸出色地打倒了。稍微有一點理解自己與它相遇的意義，大耳獸與阿健的羈絆更加緊連。但是正有一個人影用嚴肅的臉看著他們，那就是，等待放學回家的啟人及阿健的太陽眼鏡男子。目擊了他們在警衛下戰鬥，他就是網路管理局的山木。山木忠告啟人及阿健別再玩那些危險的遊戲，雖然他只說了這些，但山木的說話卻令啟人他們留下不祥的預感。另一方面已經1人的馴獸師留姬，依然不能整理其心情。即使分離也始終擔心妖狐獸的事。儘管知道只要叫一聲妖狐獸便會回到她身邊，但始終不能開口。妖狐獸也一樣抱著不能幹脆解決此事的情感。為了埋沒失去留姬的空白，妖狐獸不斷重複那些證明自己強勁的戰鬥。但是留姬所看見的這個妖狐獸的模樣卻是，1人戰鬥的妖狐獸已不需要自己，再次不理它了。雖然互相想著對方，但留姬及妖狐獸卻擦身而過。2人再也不能成為拍檔了嗎？還有接觸啟人他們的山木的真意是？各人的命運已大大的變動起來了。
第13集與留姬訣別後的妖狐獸繼續著只有自己1人力量的孤獨戰鬥。雖然留姬很擔心妖狐獸，但認為妖狐獸已不需要自己所以就不理它。但在戰鬥快將勝利的那一刻，妖狐獸的動作停止了……就連妖狐獸也想著留姬，開始抱著是否還要狐單1人地戰鬥的疑問了。乘著那一瞬間的空隙鳥人獸作出突然的反擊。留姬完全沒有考慮會被妖狐獸攻擊到的危險奮身撲出去，妖狐獸也進化來回應這情感。跨越這危機後的留姬及妖狐獸相互的心情終變得有多少坦率，再次開始步向拍擋之路了。啟人及基爾獸在夜晚的城市與狂暴的數碼暴龍．黑暗蜥蜴獸戰鬥。但當作出必殺一擊時，啟人他們被照明燈的光照到了。接踵而來的是催淚彈的攻擊。啟人因這些突如其來的事情而驚呆，而在其面前出現的是管理局的山木。側看著黑暗蜥蜴獸的回收工作，山木再次忠告啟人別再玩這些危險的遊戲。雖然抱著必死的心保護基爾獸，但山木滿載自信的姿態在啟人的心內刻下了大大的恐布。接著在啟人自身中也對作為馴獸師開始產生微妙的變化……進化的畏懼。覺醒了野生本能的大基爾獸，完全聽不到自己的聲音。不能忘記初次進化的那個時候的事的啟人，對基爾獸的“我想變強”的坦率說話不能夠同意。而且自先例的那件事後博和他們的不偷快狀態，能分擔這心情的人一個也沒有，啟人更加陷入困境了。管理局的調查把陷入事件的啟人置之不理，穩步而順利的繼續著。到底啟人能否再次站起來作為馴獸師呢？還有，終於要發動的數碼暴龍捕獲指令。山木的王牌「殺害」到底是什麼來的？現在，禁斷的大門快被打開了。
第14集與朋友的擦身而過，山木的出現，再加上進化的畏懼。一次全背負這些形形色色的問題的啟人自信盡失，抵受不了作為馴獸師的壓力。但是啟人得到了基爾獸親切的鼓勵，“啟人，我們是朋友”的這句說話令啟人重拾勇氣，相信基爾獸，以及相信作為馴獸師的自己，2人發誓要一起成長。但是就在這個時候，山木他們要把數碼暴龍一掃而空的計畫也到了實行的時刻了。然後終於，在夜空中冒起的藍色旋渦。全部在網路上存在的數碼暴龍也被捲入，完全地把數據分解的狂暴之牙，殺害。山木滿足地仰望著殺害把所有有意識的數碼暴龍一一排除。雖然不能接受山木那對所有數碼暴龍都有敵意的做法，但啟人只能仰望著那些不斷被捲入旋渦而失去性命的光芒。但是就在這時，任何人也預測不到的事態發生了。旋渦的中心出現了巨大的柱。山木因預料之外的事故而有所動搖。在附近一帶響起的神秘聲音告訴了一件駭人聽聞的事件，山木的行動把通道打開了。證明這說話的就是降到地上的巨大數碼暴龍。要把數碼暴龍消去的殺害，諷刺的是結果卻把數碼暴龍來到現實世界的通道打開了。出現了的強敵迷企羅獸壓倒性的力量，先後把九尾狐獸及加魯哥獸擊敗。然後就在迷企羅獸的攻擊襲擊大基爾獸的瞬間，在啟人的身體內劇痛亂竄。那正是大基爾獸的痛楚。共有痛楚的事實令啟人重新覺悟作為馴獸師的使命，在藍卡的力量下大基爾獸得以進化成機械基爾獸，戰勝了迷企羅獸……啟人成功的進化成完全體，把迷企羅獸打倒了。但這並沒有完全解決問題。為了要從現實世界鬧事的數碼暴龍中守謢人們，啟人、李健良及留姬這3人決心組成一個隊伍。
第15集為了對抗在現實世界鬧事的數碼暴龍，啟人他們組成馴獸師隊伍。但當要實行時步伐總是不能一致，啟人巡邏的邀請由於李健良及留姬因事先有約而不能巡邏。就在這時突然邀請啟人的是博和他們的5年2班的同學。另一方面李健良及留姬因各自的事情而外出。留姬在等待地下鐵時突然感到異樣。接著的瞬間，巨大的蛇型數碼暴龍實體化了。留姬追蹤那數碼暴龍。李健良也匯合，但在敵人的實力前亦只能被迫苦戰。而且可依靠的啟人及基爾獸還沉迷在同學的遊戲中，就在馴獸師迎接了冷不防的危急關頭時，因小妖獸意外的幫助而得以成功匯合。雖然很危險但也獲得了初次的勝利。
第16集旅遊車抵達淀橋國小，因今日是啟人他們這級的露營日。在這群快樂的小朋友之中的啟人他們好像有些奇異的舉動，原來李健良建議帶同基爾獸它們一起去露營。雖然途中有幾次差點兒被發現，但幸得博和及健太的幫助啟人及基爾獸終也能勉強的矇混過去。然後這次露營雖然會冒冷汗，但該會很快樂的吧。D-Ark出現了一些反應，想把大耳獸帶到自然之中休息。阿健把那拿不定主意的新敵人真達羅獸的出現看漏了。但是真達羅獸卻在一夜之間把全城的電力吃光，強大地成長起來了。阿健對自己的失誤不斷自責。為了保護李健良，啟人鼓勵他。2人同心合力地與真達羅獸戰鬥，誓要守謢和平的露營。
第17集阿健從健太手中得到了一張卡。這張看似是一張極普通的卡，但當阿健放進D-Ark SLASH過的瞬間，它卻變了作藍卡。為了追查藍卡的秘密，阿健與啟人便去尋找先前卡的主人。不過最後只得知在秋葉原撞上一名男子後便多了這張卡。加上阿健的父親．鎮宇在與他討論時開始呈現的奇異態度，越來越多的謎題出現了。 到底藍卡誕生的真相是？追求謎題的阿健終於到達了父親．鎮宇那令人吃驚的過去。然後出現了從數碼世界而來的新刺客。藍卡的光輝將會把戰鬥引導往超速的世界。
第18集在尋找藍卡的謎的阿健他們的面前出現了強敵波夷羅獸和伐折羅獸。面對加魯哥獸的危機，阿健拋開迷惘SLASH那張藍卡。加魯哥獸進化成完全體音速獸，以驚異的速度作為武器，擊破它們兩個。戰鬥終結後，阿健從父親．鎮宇口中得知了數碼暴龍誕生的秘密。不過就在同一時間，該已被打倒的伐折羅獸接觸了留姬及妖狐獸。伐折羅獸指示妖狐獸要與它一起走。妖狐獸接受了邀請，留下“也有些事只有數碼暴龍才會知道”的這句話後便和伐折羅獸一起在夜晚的黑暗中消失了。突然要跟隨母親到模特兒事務所。在那裡等待留姬的是預料之外的試鏡。穿起不習慣的洋服，不能容忍的對著鏡頭。留姬對這些始料不及的事情感到不知所措，及很不開心。再加上強烈的閃光令留姬感到恐布，留姬終於撞開攝影師及離開攝影室了。 留姬單手拿著D-Ark獨自在傍晚的新宿彷徨。不過始終也找不到想找的妖狐獸。妖狐獸是不會不回來的。抱著這不安心情而又沒任何辦法的留姬只有返回家中，而等待著她的是，阿健打來的1個電話，得知發現伐折羅獸的訊息，留姬便急速往競技場。到底與伐折羅獸共同行動的妖狐獸的真正用意是？今晚，在月光沐浴的美麗戰士要誕生了。
第19集妖狐獸與伐折羅獸一起消失了。留姬等了很久妖狐獸也不回來，感到很不安。但是妖狐獸的真正用意是為了知道神將的目的。不為了數碼暴龍之神，而選擇了與留姬一起依自己的意志生活的妖狐獸，終於進化成完全體道士獸，打倒了伐折羅獸，與留姬的羈絆緊加緊連了，給人類覺得可愛有什麼好開心的。小妖獸看見古樂獸在街上被女孩們圍著便慣常地說出這些憎惡的說話。不過當不開心的小妖獸用火球追趕那些女孩時，突然傳出了低沉的笑聲。 直覺上被人罵作蠢才，小妖獸便沖入剛發生的數碼領域。在那裡等待著小妖獸的是新的神將．因陀羅獸。因陀羅獸從容的府視著逞強的小妖獸，最後突然說出了一句帶有衝擊性的說話。小妖獸也與其它的數碼暴龍同夥，終歸是人類所飼養的數碼暴龍。雖然留姬與妖狐獸的登場得以避免了對決，但因陀羅獸的說話令小妖獸受到很大的衝擊。小妖獸因沒法宣洩的怒火爆發，在城中任意的來回鬧事。最後終於鬨動至警察出動，自尊心受到傷害。小妖獸拚命地隱藏的過去到底是？小妖獸因因陀羅獸的存在，現在要展開狐單一人的無謀戰鬥了。
第20集你也是人類所飼養的數碼暴龍……因陀羅獸的說話令小妖獸的自尊心受到傷害，拒絕妖狐獸他們的幫助，投身了孤單一人的無謀戰鬥。因抱著我想變強的想法而令小妖獸抵得住因陀羅獸的攻擊，即使腳步不穩也繼續站起來。然後就在絕望的狀況中，小妖獸終於睹上一切作出了最後的攻擊。小妖獸賭上一切的突擊。但仍不能令因陀羅獸受到任何傷害。就在小妖獸終於用盡力量快要被因陀羅獸讀取的時候，由都庁發射出來的波動捉住了因陀羅獸。 那就是山木製作出來為了對抗神將的新武器。受到傷害的因陀羅獸逃進了殺害球之中。雖然啟人他們不太清楚狀況，但總算逃過了危險的場面。另一方面的山木雖然覺得不不完善，但今回的成功也令他的自信加添了不少。 但和平的時間並不能長期持續。再次出現的因陀羅獸在首都高開始鬧事。因陀羅獸輕輕地退避大基爾獸們的攻擊，及壓倒自衛隊。接著連卡也全部丟失，即將迎接九死一生的危機時，博和拿出了一張卡給啟人。那是一張自製的藍卡。最後的希望是自製的藍卡。博和、啟人的情感會傳達到基爾獸嗎？創造奇蹟吧，友情的CARD SLASH。
第21集樹莉為了成為馴獸師而向留姬請教了卡的使用方法。之後，獅子獸這數碼暴龍就在樹莉的眼前實體化了。樹莉堅決相信這一隻獅子獸就是自己的拍檔數碼暴龍。
第22集西新宿一帶發生了地震。啟人及阿健也有一種討厭的預感。 基爾獸感到有數碼暴龍。突然噴出一團霧，把每個公寓區全部包圍起來了。人們在抱怨。在濃霧消散後卻出現了一隻十分巨大的數碼暴龍。它就是毘羯羅獸。基爾獸它們即使進化來應戰也不是對手。毘羯羅獸一邊破壞明治通道一邊前進。 山木打算使用殺害。但因那些在那裡的小朋友可能也會被捲入，所以鎮宇反對。不過除此之外便再沒有其它方法了。
第23集殺害起動了。不過就連完全體們也敵不過。留姬也不知該用哪張卡，而阿健則認為卡內有著自己所相信的力量，若果相信便可把力量經數碼器傳達。 得到了卡的力量的道士獸及音速獸形勢逆轉。但是，數碼暴龍們仍感到力量便抽走。正因為山木的殺害起動了。 另一方面，摩虎羅原來是神將的一員，摩虎羅獸，它取出寶玉，奪取了殺害。就在殺害要悲慘的崩潰時，山木獨自留下。 毘羯羅獸注入了從天空的方格傳來的可怕力量後，再次開始進攻。啟人因基爾獸他們進化、變得很強而很辛苦，阿健說，啟人和機械基爾獸的力量是共有的，而毘羯羅獸也再次向著他們朝來。
第24集數碼世界的出現，令到現實世界陷入大混亂。數碼暴龍的災害也成了國家的重大問題。山木看見這些新聞感到很失落。不過，麗花開導他說“有些事只有山木才能做到”。在絕望的深淵中苦惱的他的答覆是……啟人他們為了解決這個事態，決心出發往數碼世界。他們各自向家人介紹了自己的數碼暴龍後，傳達了將會在明日踏上旅程。
第25集啟人他們進入了數碼世界及其地帶之中。一個用雙筒望遠鏡便可看見一個反轉的日本地圖的世界。好不容易才到達的地方竟是一望無際的荒野。啟人在那裡豎立了一支旗。首先要找找看有沒有人造的東西，用望遠鏡看見了一條類似天線的物體，便以此為目標步行。但這只是一堆岩石。而且那裡還有野生數碼暴龍的攻擊。
第26集留姬、博和及健太被光吹飛了。不省人事、醒來後，看見現實世界球變得很細小。已經被吹飛到很遠了。附近有一些民房，但沒有門及窗，屋蓋低低的圓圓的。怎么看該也是為了對抗強風而設的。風又颳起，各式各樣的東西被吹起，撞向房子。結果他們再次被吹飛，三人飛到了公公獸及婆婆獸這兩夫婦所住的房子。就在大家把因強風而弄歪的門壁弄好時，公公獸及婆婆獸的大戰開始了。
第27集啟人他們在找尋留姬等人，但即使去到哪裡始終也找不到。就在這時，大耳獸發現了一條泥人獸的村落。村落很荒蕪，不知為何滿地車痕。接著出現巨大的機車，並沖向啟人他們。這機車不知為何沒人在駕駛。機車轆過泥人獸後，便離去了。在啟人他們的面前出現了泥人獸的族長，得知那巨大機車已多次襲擊這裡。它們想找駕駛機車的人，但車上根本就沒人。另一方面小妖獸到了一個濃霧的世界。在那裡出現了狛犬姿態的招杜羅獸，尋找想變強的人。雖然小妖獸齒口否認，但其實內心是很想的。招杜羅獸向小妖獸發放一道光，在那裡有拍檔2個小朋友。在村落那裡巨大的機車又再次開始襲擊泥人獸它們了。
第28集留姬、博和、健太及妖狐獸在旗那裡等待，但總是沒人回來。留姬於是遺下博和及健太，走去找尋其它同伴。被遺下的2人感到不安，所以也追上留姬了。另一方面，啟人他們覺得留姬他們說不定會在旗那裡等候，所以回來。不過那裡已經沒人。但是基爾獸嗅到了妖狐獸的氣味。留姬他們又被光之柱吹飛，發覺自己來到一個齒輸不停轉動的地方。一個壞了的齒輪，短針在轉動，但長針則停了。秒針雖然發出聲音，不過只是在指著相同的地方。留姬不經意地碰了那秒針，那秒針便突然動起來了。住在那裡的時鐘獸和齒輪獸這兩隻數碼暴龍發出絕望的哀號。秒針走動的同時大地轟嗚，接著轉動的齒輪都停了。這時鐘原來是一個封印。封印解開後，出現了超龍獸。留姬令妖狐獸進化成九尾狐獸來應戰，但形勢不利。接著出現了一隻陌生的數碼獸，而這隻數碼獸的搭檔令留姬等人大吃一驚。
第29集啟人他們來到了一個扭曲了的單色世界。人數又回復到先前那樣。喜歡Card Game的啟人能與憧憬的遼相會而感動。另一方面因留姬為了什麼，而獨自留在齒輪的世界。啟人他們先要做的是在這單色的世界等待她。之後，啟人他們到達城堡，看來那裡沒人使用，於是便在那裡睡一覺了。另一方面古樂獸一面向不同的數碼暴龍打聽啟人他們在哪，一面尋找，但一直找不到。接著墮天地獄獸出現，雖然停留了一會，但又再次走了。啟人他們發現乘著頞你羅獸的摩虎羅獸。雖不知道古樂獸是否在那裡，但也追著它去。
第30集與留姬走散了的啟人他們，返回先前的旗那裡，但那支旗竟然沒有了。啟人他們頭頂的現實世界球發出光輝，光之柱便縱橫不斷的亂走起來，啟人他們得找個地方閃避。在現實世界的山木的計算機收到了一封由啟人寄出的E-mail，寫著“我們大家都很好”，竟是從數碼世界傳來的E-mail。至於走散了的留姬與妖狐獸。數碼精靈突然出現，並拉著留姬到一條小河。在留姬被激流沖走時拋出樹枝拯救她的竟是古樂獸。基爾獸嗅到古樂獸的氣味。在一片沙塵滾滾後，留姬、妖狐獸及古樂獸出現，他們終於再會了。可是他們並不知道該怎么返回現實世界。啟人他們迷惘時，九尾狐獸察覺到墮天地獄獸的正體就是小妖獸，但墮天地獄獸卻否定。現實世界正進行殺害的測試，不知為何殺害竟不能停止。接著山木及麗花出現，而啟人他們躲在道士獸的結界而熬過了激烈的沙漠風暴。道士獸好不容易張開結界，光之柱不斷移動，啟人、阿健及大耳獸都被吹飛到不知哪去了。殺害雖然停止，但他們又再次分離了。
第31集與啟人分開了的基爾獸等人。突然所站的地方液體化，健太、博和、樹莉、留姬、妖狐獸及基爾獸都跌下去，降落到一個怪蛙獸對每次安杜路獸壞了都得修理感到厭煩。怪蛙獸運送著大木桶，可是內里放著的卻是博和、健太、獅子獸、妖狐獸、基爾獸及及留姬。怪蛙獸在運送貢物給八頭蛇獸時，獅子獸他們佷有氣勢的飛出來。八頭蛇獸說喝酒再沒比喝酒能變得強，它的強勁力量復活了。樹莉後悔給八頭蛇獸喝酒，得博和及守衛獸的鼓勵，樹莉嘗試CARD SLASH，消滅了八頭蛇獸。最後博和竟然成了守衛獸的馴獸師。
第32集啟人他們到達了水中。在陽光刺眼的藍天下，黑色外表的MIB也在。啟人他們怎么樣也不能脫身。當看螢光幕時發現山木傳來的E-Mail，寫著“沒事便最好了。祈望奮勇戰鬥”。在眾人的父母面前山木出現，從計算機可看到啟人傳來的E-mail。向父母問好。Send E-mail的機器被水弄濕了竟也能動。這裡的水根本不是真正的水。今次，潛入水中也沒濕。成功了。被指導的出口在強行通過時竟有觸電的感覺。一行人出了出口後好不容易才走到水之宇宙。在那裡數碼精靈不斷輪流飛舞。相信該是閱覽室的地方浮著一艘與巨大的D-Ark很相似的物體。在那裡有一位不思義的男人．水野，開始說出一件不思議的事情。
第33集小春因大耳獸的不在而感到寂寞。當在公園遊玩時，落入了突然出現的地帶。在那裡有一隻很大“兔子”的數碼暴龍。另一方面，乘著交通工具在水世界移動的啟人他們，大耳獸聽到小春的聲音。啟人他們降落到數碼世界。鎮宇對山木說了一段話：“我們已經沒有了，創作那些可以自行進化的人工知能。那時我們充斥著幼稚的雄心壯志。不竟如何侵犯神的領域也是不該的，但是SHIBUMI卻抱著不同的想法。”“李先生，那是！”鎮宇因山木的叫聲而仰起頭。小春在滑梯頂。不過，那裡出現了地帶。在地帶中的小春，在那深處的方舟的視窗中看見大耳獸。
第34集啟人與阿健他們從黑大耳獸口中得知了古樂獸該會在四聖獸的領域。啟人說要往那裡去，而阿健則心情不好。因為妹妹小春也在。在阿健躊躇時突然響起了一道爆炸聲。在閃光與煙霧中響起了引擎的聲音。正是墮天地獄獸。變成究極體的墮天地獄獸，要實踐與神將的約定，到來打倒基爾獸他們。音速獸拚命的攻擊對墮天地獄獸來說就像蚊叮一樣。然後那槍口對準著啟人他們。啟人用盡全身氣力呼叫“基爾獸──”。啟人的聲音到達遠處的大基爾獸，由那道光之柱傳來的。大基爾獸毫不猶豫地跳進去了。就在啟人他們千鈞一髮間，大基爾獸他們趕到來了。不過，就連九尾狐獸及守衛獸的攻擊也傷不到它。就在墮天地獄獸給予九尾狐獸致命一擊時，獅子獸從後抓住它。因為教導墮天地獄獸的緣故，墮天地獄獸的爪無情地貫穿獅子獸的胸膛了。因憤怒而忘我的啟人為了進化，一道閃光突然出現，就像啟人那巨大的分身，滅世龍獸出現了，不斷地向墮天地獄獸攻擊。
第35集大基爾獸進化成究極體了。不過，那巨大的猛獸模樣，完全超乎啟人的想像。全因獅子獸被殺，那憤怒而驅使的進化。這異常進化的究極體滅世龍獸，已經聽不進啟人的聲音了。那力量令大地裂開，附近一帶也被波及，那力量竟凌駕於墮天地獄獸，它的存在就只是要不斷進食。就連摩虎羅獸也感受到那場力量的衝突正威脅這個世界。就在從旁干涉時，竟被墮天地獄獸量子分解而被吸收了。瀕死的九尾狐獸為了阻止他們的戰鬥而進化成道士獸。不過也與音速獸一同被量子分解吸收。阿健運用機智使用“假身”卡，用分身替換而成功脫身，但完全體的力量被墮天地獄獸吸收了。不斷吸收力量的墮天地獄獸因不能承受力量的反衝而開始暴走，竟壓倒滅世龍獸。滅世龍獸被打敗，啟人很擔心它，而墮天地獄獸無情的槍彈正要迫近他。
第36集基爾獸真正的究極體．紅蓮騎士獸誕生了。那就是基爾獸與啟人一體化後的騎士姿態。紅蓮騎士獸腳蹴大地，向墮天地獄獸展開激戰。二頭究極體熾烈的戰鬥展開了。在這機會下，朱雀獸向招杜羅獸落下命令，把那個雖是神將，卻成為了啟人等人的同伴的黑大耳獸打倒。還有獨個兒，因地面的分裂而與大家分離在別的小島上，心情鬱鬱不樂的樹莉。就連2大究極體那樣熾熱的激戰，也不能映進眼帘。阿健看見小春不斷抽泣地緊握D-Ark。在啟人及基爾獸之間，一道光落下，從光中出現了新的D-Ark。
第37集從南大門起，無數拱形的門一直線伸延至遙遠的彼方。啟人他們留下博和、健太、守衛獸及小春，向朱雀獸的居所朱雀門前去。感受到朱雀門內駭人的“憤怒”，基爾獸露出銳齒呻吟，九尾狐獸的毛全部豎起。伴著像大地震的振動，巨大的鳥型數碼暴龍朱雀獸那巨大的身影出現了。它就是四聖獸．朱雀獸。它的龐大身軀令眾人啞然。對於要取回古樂獸的啟人他們來說，古樂獸本來就是這地方的東西。轉為啟人攻擊，但對巨大的朱雀獸而言卻絲毫不動。相反朱雀獸的一擊便把眾人吹飛了。朱雀獸的業火，不僅數碼暴龍，連留姬他們也一拼攻擊。眾數碼暴龍以自身為盾堅決保護眾小朋友。機械基爾獸及道士獸因受到損傷而站不起來，而音速獸也傷痕累累地勉強站起來強抗。
第38集撒多格杜獸的攻擊也不行，赤紅的光從瓦礫的山的內部向四方發放，朱雀獸以不死鳥的姿態再度出現。眾人對於他的不死身啞口無言，但也得繼續戰鬥。竭盡全力進化並再度出擊，勉強地支撐著。不過已經再沒有辦法了。此時上空的厚雲發光，雷像矛般飛射，並於某處落下。從雲中出現的是，巨大的，非常巨大的青色的龍，四聖獸．青龍獸。啟人他們從青龍獸口中得知了一件震驚的事實……“白虎門”。那是一個山水畫的世界。機械龍獸抱著阿遼，飛跳到瀑布旁的岩石。機械龍獸感受到非常強大的氣息，於是便向那裡前去。那裡有四聖獸的一員．玄武獸。玄武獸為四聖獸白虎獸而留守在這裡。而機械龍獸所感受到的強烈氣息並不是玄武獸，而是從背後的谷底所發出的。白虎獸該是在和什麼東西進行熾烈的戰鬥。谷底好像有什麼來路不明的東西開始行動。
第39集真正敵人原來是消除數碼暴龍的程式．帝厲魔(D-Reaper)。垃圾是理所當然的，但接著連數碼暴龍也會被消去。四聖獸加強警戒。另一方面悲痛欲絕的樹莉，始終沒法忘掉失去獅子獸的悲傷。啟人他們對於如何與帝厲魔(D-Reaper)戰鬥感到苦惱。帝厲魔(D-Reaper)為了得到進化的力量而侵略數碼世界，那力量之源就是古樂獸。要快些拯救古樂獸才行。那裡已經有人乘著數碼暴龍來了。他就是乘著機械龍獸的秋山遼。
第40集啟人他們得到四聖獸強力的幫助，終於救出古樂獸。不過，帝厲魔(D-Reaper)的泡刮到空中，眾人再次籠罩在緊張之中。真正敵人全力攻進來了。下定決心的四聖獸圍著古樂獸的四周，古樂獸的身體也急速上升。然後古樂獸進入暝想，它額上的三角標記開始發出金色的光輝。接著很多數碼精靈從四周集結，化成光之女神的姿態，把古樂獸抱於胸中。光輝不斷增強，在女神腕中的古樂獸要變回本來的姿態。另一方面在新宿，山木他們利用Hypnos想把啟人他們送返現實世界，一直在準備。山木發E-mail至啟人的掌上型機械，叫他們乘坐Ark（方舟）返回現實世界。若然找到Ark的光之軌道的落點，啟人他們便能返回現實世界了。
第41集阿健的父親他們得到了世界各地的人們的幫助，終於成功送出方舟．Ark，並出現在數碼世界中的啟人他們的面前。已經沒有時間了。為了返回現實世界，啟人他們怱忙地乘上Ark，但是仍看不見留姬及妖狐獸的身影。留姬他們找小妖獸去了。Ark低沉地說要升高一點，於是便開始上升。為了搜尋還沒回來的留姬，阿遼及機械龍獸便飛了出去。軌道繪出弧線，一直伸延至現實世界球。還沒載上所有人的Ark開始慢慢地上升了。
第42集啟人他們從數碼世界平安回來，與各自的家人離開東京。樹莉因沒人接送，啟人便送她回松元。在回程時，啟人從電視新聞中得知了新宿的超高速大廈郡正被一片赤黑起伏的帝厲魔（D-Reaper）所侵蝕。留姬及阿健也從新聞中看見此事。不過阿健的父親．鎮宇勸告他：今次的異常現象便交給大人來處理吧。兩人雖然想到新宿，但又想留在親人身邊，內心不斷地爭扎。啟人乘坐電車返回東京。預定在八王子轉車，返回父母被疏散到的逗子那裡。不過他很擔心新宿的情況。啟人為了去那裡而感到苦惱。電車終於到達八王子了。
第43集啟人他們終於回到西新宿了。在那裡出現了他們從沒見過的謎之生物。莫非是帝厲魔（D-Reaper）？至少那不是數碼暴龍。不過，很奇怪地那些所謂的攻擊並沒幹什麼，只是在不斷發出電子音，不斷觀察啟人他們。另一方面，小妖獸憑著昔日拍檔所留下的便條，希望找回它的拍檔。當然，小妖獸是不懂讀那些字的。於是它便托城市裡的人為它讀字，但大家當聽見是數碼暴龍便恐慌起來，根本沒人讀那些字。在小妖獸不知如何是好的時候，一把不可思議的老人聲音傳出了。
第44集啟人看見的真的是樹莉嗎？啟人因疑惑而打電話給松元的家。原來樹莉在松元的家失蹤了。而且是和啟人看見樹莉同一時間的。一名少女獨自在新宿走廊奔走。她那黑色Gothic & Lolita的服裝露出雪白的肌膚。還有一隻巨大的狗陪著她跑。一回頭看時，竟有許多水母模樣的帝厲魔（D-Reaper）使徒。
第45集啟人他們得到篤賓犬獸的幫助，終於能進化成究極體。各人心中也有不同想法，現在他們在現實世界實現了究極進化。面對著巨人的帝厲魔（D-Reaper）地帶的泡，紅蓮騎士獸他們各自使出必殺技，不斷攻擊。當以為敵人收縮，帝厲魔（D-Reaper）最上部突然伸長出球體，迫近紅蓮騎士獸。紅蓮騎士獸被可怕的帝厲魔（D-Reaper）捉住了。
第46集在南新宿的大廈屋頂，斗篷飄揚展現颯爽的究極體正義獸出現了。當它得知啟人他們陷入困境時，便匆忙奔去了。留姬看見它那爽朗的揮手動作，便認定了正義獸的真正身份了。另一方面，被吸進帝厲魔（D-Reaper）地帶的啟人，他在那裡聽見樹莉的聲音。但其實那是帝厲魔（D-Reaper）使徒。它用樹莉的姿態用說話打擊啟人。就在啟人的意識離他越來越遠時，基爾獸的聲音從他耳邊響起了。
第47集樹莉被“命運”的惡夢打擊。母親的死及獅子獸的死重疊一起，令她受盡痛苦。這全都是命運，是不能逃避的。此時山木與Wild Bunch的成員緊急進行提升Ark的開發。若然完成，便一定能能打倒帝厲魔（D-Reaper）。帝厲魔（D-Reaper）的心臟部位位於都庁。可是瀕死的墮天地獄獸還有樹莉都在那裡。
第48集在帝厲魔（D-Reaper）的中心Kernel-Sphere，無數電線綁著墮天地獄獸令它動彈不得。樹莉仍然目無表然地蹲坐著。Kernel-Sphere開始大幅膨脹，變成巨大的模樣俯視都庁。另一方面，紅蓮騎士獸他們開始一齊攻擊。撒多格杜獸、狐姬獸及正義獸全力攻向帝厲魔（D-Reaper）。而紅蓮騎士獸則颯爽的乘著葛拉尼，飛向樹莉所在的Kernel-Sphere。另一方面的墮天地獄獸也拚命地掙扎。它為了贖罪，奮不顧身要拯救樹莉，用盡全身氣力扯掉那些綁著它的電線。
第49集在帝厲魔（D-Reaper）地帶中，清醒的樹莉被模仿自己的帝厲魔（D-Reaper）迫得很痛苦。古樂獸拚命拯救樹莉。樹莉的哭叫聲到達紅蓮騎士獸體內的啟人。此時都庁發出激烈的地嗚聲，帝厲魔（D-Reaper）開始呈現出單眼女神像的姿態。啟人當然沒有膽怯。但一進入泡中便會解除究極體的形態，到底該怎辦才好？
第50集數碼格線線在上空打漩，製造出一個細小的地帶。各數碼暴龍解除究極體的形態。阿健取出SHIBUMI所制的紅卡，若SLASH那卡便能在帝厲魔（D-Reaper）中戰鬥。不過那張卡只有一張。啟人、阿健、留姬及阿遼舉起自己的數碼器，準備讓紅卡飛入。
第51集樹莉把數碼器指向帝厲魔（D-Reaper）的牆壁，數碼器便射出耀眼的光芒。樹莉大喊自己新的領悟。“自己的命運是由自己決定的！”此時，紅蓮騎士獸正在和帝厲魔（D-Reaper）展開壯絕的生死決戰。儘管把它們一隻只地打倒，但仍無法靠近樹莉所在的地方。接著樹莉的數碼器好不容易打破牆壁。但這個時候，一團赤黑的黏液流進室內，液體填滿了樹莉所在的球體，奪去了她逃走的地方。
動畫音樂
主題曲
| 類別 | 歌曲名稱 | 中文名稱 | 演唱者 | 作詞 | 作曲 | 編曲 |
| 片頭曲 | The Biggest Dreamer | 最大的夢想家 | 和田光司 | 山田ひろし | 太田美知彥 | 太田美知彥 |
| 港版片頭曲 | 馴獸師之王 | 馴獸師之王 | 林峰 | 甄健強 | 太田美知彥 | Gary Chan |
| 片尾曲1 | My Tomorrow | 我的明天 | AiM | 松木悠 | 大久保薫 | 大久保薫 |
| 片尾曲2 | Days-愛情と日常 | 愛與每一天 | AiM | うらん | 大久保薫 | 大久保薫 |
主要插曲
| 類別 | 歌曲名稱 | 中文名稱 | 演唱者 | 作詞 | 作曲 | 編曲 |
| 卡片抽換曲 | SLASH!! | 擊破 | 太田美知彥 | 山田ひろし | 太田美知彥 | 太田美知彥 |
| 完全體進化曲 | EVO | 進化 | WILD CHILD BOUND | 大森洋子 | 渡部チェル | 渡部チェル |
| 究極體進化曲 | One Vision | 一片視野 | 谷本貴義 | 山田ひろし | 太田美知彥 | 太田美知彥 |
| 最終話插曲 | 3 primary colors | 三原色 | 津村真琴等 | 山田ひろし | 太田美知彥 | 太田美知彥 |
角色歌
| 角色 | 歌曲名稱 | 中文名稱 |
| 松田啟人 | across the tears | 跨越眼淚 |
| 李建良 | 未來 | 未來 |
| 牧野留姬 | Moon fighter | 月光戰士 |
| 秋山遼 | Digital surviver | 數碼倖存者 |
| 加藤樹莉 | さよならだけが知ってた | 只知道再見 |
| 鹽田博和 | "HERO"KAZUのロケンロール | “英雄”博和的搖滾 |
| 北川健太 | 仆のブルーカード | 我的藍卡 |
| 李小春 | 屆きたいな | 想到達 |
| 基爾獸 | キルモンマーチ | 基爾獸進行曲 |
| 大耳獸 | エニータイムモーマンタイ | 隨時莫慢待 |
| 妖狐獸 | Flaming ice | 燃燒的冰 |
| 科學飛龍獸 | DoD | 死亡或死亡 |
| 獅子獸 | bark at the lies | 嚎向謊言 |
| 守衛獸 | 飛ばせ!ガードロモン | 飛吧守衛獸 |
| 海天使獸 | オーシャンスマイル | 大海的微笑 |
| 黑大耳獸 | ひとりにさせない | 不要孤單 |
| 啟人&基爾獸 | ふたりでラララ | 兩個人的啦啦啦 |
| 建良&大耳獸 | 仆のともだち | 我的朋友 |
| 留姬&妖狐獸 | Last piece 強くなりたくて | 最後的碎片想變得更強大 |
| 遼&科學飛龍獸 | Fighting soul | 戰魂 |
| 樹莉&獅子獸 | 終わらない物語 | 永不完結的故事 |
| 博和&守衛獸 | 男子チーム | 男子團隊 |
| 健太&海天使獸 | 白いカモメ | 白色的海鷗 |
| 小春&黑大耳獸 | ひとつのきもち | 唯一的心情 |
| 眾數碼獸 | いっしょがいいね | 在一起真好 |
聖誕特輯
| 演唱者 | 歌曲名稱 | 中文名稱 |
| 眾馴獸師 | サンタモンを探せ!! | 尋找聖誕獸 |
| 眾數碼獸 | デジモンクリスマスメドレー | 數碼獸聖誕節混合曲 |
| 小妖獸 | クリスマス·アローン | 孤獨的聖誕節 |
| 山木室長 | Black X’mas | 黑色聖誕節 |
| 和田光司 | 仆らのメリークリスマス | 我們的快樂聖誕節 |
| 前田愛 | Believe | 相信 |
女兒節特輯
| 歌曲名稱 | 中文名稱 | 演唱者 |
| My Style | 我的風格 | 牧野留姬 |
| いつかの色 | 何時的顏色 | 加藤樹莉 |
| わたしの未來 | 我的未來 | 李小春 |
嘉年華特輯
| 歌曲名稱 | 中文名稱 | 演唱者 |
| 男飛沫 | 男生飛沫 | 博和&健太 |
| 小春とテリアもンのおっかけっこデュエット | 小春和大耳獸的賽跑二重唱 | 小春&大耳獸 |
| あそぼクルクル | 一起玩吧咕嚕咕嚕 | 古樂獸 |
| Black Intruder | 黑色入侵者 | 別西卜獸 |
| Starting Point | 起點 | 眾歌手 |
音像製品
DVD
| 卷數 | 發售時間 | 收錄集數 |
| 1 | 2002-01-21 | 1-4 |
| 2 | 2002-02-21 | 5-8 |
| 3 | 2002-03-21 | 9-12 |
| 4 | 2002-04-21 | 13-16 |
| 5 | 2002-05-21 | 17-20 |
| 6 | 2002-06-21 | 21-24 |
| 7 | 2002-07-21 | 25-28 |
| 8 | 2002-08-09 | 29-32 |
| 9 | 2002-09-21 | 33-36 |
| 10 | 2002-10-21 | 37-41 |
| 11 | 2002-11-21 | 42-46 |
| 12 | 2002-12-06 | 47-51 |
| DVD BOX | 2007-04-25 | 全51話 |
CD
| デジモンテイマーズ シングルベストパレード 發售時間：2002年4月3日 收錄曲目： |
相關作品
劇場版
《數碼寶貝03馴獸師之王：冒險者的戰鬥》是於2001年7月14日首映的動畫劇場版電影。
《數碼寶貝03馴獸師之王：暴走特急》是於2002年3月2日首映的動畫劇場版電影。
作品評價
《數碼寶貝03馴獸師之王》是數碼寶貝電視動畫系列的第三部，在網路上取其英文名稱“Digimon Tamers”的縮寫而稱為“DT”。是東映繼數碼獸大冒險、數碼獸大冒險02之後又一力作。其擁有寫實的風格和嚴謹完善的世界觀，以及周密的劇情，再加上故事情節上大膽成功的創新與突破，使得這一部作品雖然另起爐灶重新架構但是仍然獲得了極高的評價，被稱為數碼寶貝系列的絕佳之作。 （動漫星空評）
