苔蘚蟲大部分苔蘚蟲都生活在海洋里，只有極少數種類生活在淡水中。科學家把它們分成窄唇綱、裸唇綱和護唇綱三個綱。其中，窄唇綱包括環口目、泡孔目）變口目和隱口目4個目，裸唇綱只有櫛口目和唇口目兩個目，而護唇綱只是一個完全生活在淡水裡的很小的一個類群。
海洋中的苔蘚蟲能夠適應各種溫度和深度的環境。現代苔蘚蟲從海濱區的潮間帶到5500米的深海都有分布，從溫暖的海洋到寒冷的極區海水中均能生存，可見苔蘚蟲的適應性是多么地強大。不過，大多數的苔蘚蟲還是繁盛於正常鹽度和比較清潔的溫暖淺海中，一般在25米到60米的水深範圍內最多。但是，苔蘚蟲並不是在這些水體裡自由游泳的動物，它們是底棲固著或附生在其它物體上的動物。它們能夠適應各種不同性質的海底，還常常附生在腕足動物和軟體動物的硬殼上，有的還能夠附著在海藻上生長。
最早的苔蘚蟲化石發現在奧陶紀早期的地層中。在苔蘚蟲中，櫛口目是比較原始的一個類群，它們自奧陶紀出現以後一直延續到現代，但是演化很少，化石也不多。而作為苔蘚蟲的第一個繁盛期，奧陶紀中還出現了變口目、泡孔目、隱口目、環口目和櫛口目苔蘚蟲。泥盆紀到石炭紀是苔蘚蟲的第二個繁盛期，上述各個目依然存在，但是隱口目卻顯得特別地繁盛。變口目、泡孔目和隱口目到了二疊紀的末期就已經開始趨於滅絕，只有一些孑遺延續到了三疊紀。苔蘚蟲的第三個繁盛期是侏羅紀到白堊紀，此時環口目大量興盛，成為統治性的苔蘚蟲類，唇口目開始出現並也得到了大量的發展。苔蘚蟲的第四個繁盛期是直到現代的新生代，這一時期唇口目極其發展，繁盛度超過了環口目，成為苔蘚蟲類中生物多樣性最豐富、發展最高級的一個目，在現代海洋里占據著統治地位。
