噶爾丹確立了“宰桑”制度，規定汗國最高權力屬於汗廷，可汗身邊設立宰桑數名,幫助處理日常事務，凡大事均要稟明大汗。汗廷下的自上而下設立兀魯斯-鄂托克-愛馬克-四十戶-二十戶等單位，分別由諾顏、洪台吉、宰桑、愛馬克之長、德木其、舒楞額、主管人等大小官員管理，百姓訴訟由扎爾固沁負責，重大案件則由汗國大扎爾固沁裁斷。為休養生息，頒布一系列敕令，命令招撫部眾，獎勵畜牧和耕種，並命令各鄂托克之長救濟赤貧部眾。同時鑄造貨幣，發展手工業。
噶爾丹因此向清廷“遣使貢獻鎖子甲、鳥槍、馬、駝、貂皮等物，要清
博碩克圖汗 噶爾丹清廷“準其納貢，授以赦印，並加恩賚。從無以擅稱汗號者，準其納貢之例。但噶爾丹台吉，敬貢方物，特遣使入告，應準其獻納。”以無先例為由，對噶爾丹擅稱汗號予以斥責。
此時，正值三藩之亂，清朝無暇西顧，駕馭周邊的能力也不是很強，所以不管清廷主觀意圖如何，最終是默認達賴喇嘛冊封噶爾丹自稱為汗了。
1682年春，康熙帝分派使臣到邊疆各地以“告捷賞賚”（平定三藩之亂）為名，對各部貴族首領進行摸底，準噶爾部首領噶爾丹亦以臣下的禮儀“跪受敕書及賞賚諸物”。?
