國土形成
因為當時的國土是漂浮在汪洋中，十分不穩定，於是眾天神就詔示命伊邪那岐和伊邪那美命去修固國土。二神站在天之浮橋上，將眾神賜予的天沼矛（《日本書紀》中叫天之瓊矛）探入海中並攪動海水，再將矛提起。這時從矛尖滴下來的海水凝聚成島，這就是淤能基呂島（意為自然凝結成的島子）。二神之神婚
伊邪那岐島子形成後，伊邪那岐命和伊邪那美命降到島上，樹起天之玉柱，建立起八尋殿。然後，伊邪那岐命向他的妹妹說：“我們圍著這根天之玉柱走，在相遇的地方結合，生產國土吧。” 伊邪那美命點頭說：“好的。” “那你從右邊，我從左邊，繞著相遇。”伊邪那岐命補充道。 於是他們便繞著柱子走。當相遇時，伊邪那美命說：“哎呀！真是個好男子！” 伊邪那岐命趕緊接著說到：“哎呀！真是個好女子！”忽然，他像發現了什麼似的，對他的妹妹說：“女人先說話了，不吉利啊。” 雖然他們在這次結合後有了孩子，卻是個水蛭子（指骨骼發育不全的胎兒）。於是他們把這個孩子放進蘆葦船，讓它順水流去。後來又生了淡島，也沒有算在所生的孩子裡面。
日本列島的誕生
在生產了淡島後，伊邪那岐命就跟伊邪那美命商議：“我們這次生的孩子不好，去請教一下天神到底是什麼緣故吧。”於是他們便一同回到高天原去見天神。 見到天神後，天神讓他們占卜神意。天神看著占卜的結果，對他們說：“因為女人先說話了，不好，回去重新說吧。” 二神回來，象以前那樣繞著天之玉柱走。 這次相遇時，伊邪那岐命搶先說：“哎呀！真是個好女子！” 伊邪那美命應答道：“哎呀！真是個好男子！” 這樣說過之後，二神再次結合，生產了淡道之穗之狹別島（即淡路島）、伊豫之二名島（四國的古稱）、隱伎之三子島（即隱岐國）、筑紫島（九州的古稱）、津島（即對馬島）、伊伎島（即壹伎島）、佐度島、大倭豐秋津島（即大和，指本州島）。以上誕生的八島組成了日本的大部分，所以日本古時又稱為大八島國。諸神的誕生
引生完國土後，伊邪那岐命與伊邪那美命又生諸神。最初生的神，名叫大事忍男神，其次生石土毗古神，其次生石巢比賣神，其次生大戶日別神，其次生天之吹男神，其次生大屋毗古神，其次生風木津別之忍男神，其次生海神，名叫大名津見神，其次生水戶神，名叫速秋津日子神，其次生妹速秋津比賣神。自大事忍男神到秋津比賣神，共十神。
速秋津日子和速秋津比賣二神，分別掌管河川和海洋。他們所生的神，名叫沫那藝神，其次沫那美神，其次頰那藝神，其次頰那美神，其次天之水分神，其次國之水分神，其次天之久比奢母智神，其次國之久比奢母智神。從沫那藝神到國之久比奢母智神，共八神。
其次生風神。名叫志那都比古神。其次生木神，名叫久久能智神。其次生山神，名叫大山津見神。其次生原野神，名叫鹿屋野比賣神，又名野椎神。從志那都比古神到野椎神，共四神。
大山津見神和野椎神這二神，分別掌管山嶽和原野。他們所生的神，名叫天之狹土神，其次國之狹土神，其次天之暗霧神，其次國之暗霧神，其次天之暗戶神，其次國之暗戶神，其次大戶惑子神，其次大戶惑女神。
其次生的神，名叫鳥之石楠船神，又名天鳥船。其次生大宜都比賣神。其次生火之夜藝速男神，又名火之炫毗古神，又名火之迦具土神。
伊邪那美之死
在生火之迦具土神時，伊邪那美命被燒傷，於是臥床不起。不久便因此而病死。在伊邪那美命死去之前，二神共生島嶼十四（不算水蛭子和淡島），生神三十三。
火神之死
伊邪那美命死後，伊邪那岐命非常悲傷，喃喃地說：“我親愛的妻子呵！竟因為一個兒子的緣故，就喪失了你嗎？”他匍匐在女神的枕邊，又匍匐在女神的腳旁，悲痛地哭泣時，由淚水化成的神，住在香具山畝尾的木本地方，名叫泣澤女神。死去的伊邪那美命則埋葬在出雲國和伯耆國交界的比婆山上。
痛哭之後，伊邪那岐命拔出所佩十拳劍（即十握長的劍，四指寬為一握），走向他的兒子火之迦具土神。
“雖然你是我的孩子，也不可饒恕啊！”說罷，便揮劍砍向火神。
於是火神被殺死。殺火神時濺出的血化為石拆神到暗御津羽神等八神，火神死時化為正鹿山津見神到戶山津見神等八神。殺死火神用的十拳劍，叫做天之尾羽張，又名伊都之尾羽張。
（註：凡是名字中有“比賣”兩字的為女神，“比賣”用日文平假名寫出來即是“ひめ”，日文羅馬讀音為“HiMe”，漢字寫作“姬”，公主之意。）
黃泉國
伊邪那岐命很想見到他的妻子伊邪那美命，便一直追到黃泉國。在黃泉國大殿門前，伊邪那美命從殿內開門相迎。這時伊邪那岐命和妻子商量說：“我親愛的妻子啊，我和你創造的國土還沒有完成，請跟我回去吧！”
伊邪那美命回答說：“可惜呀！你沒有早些來，我已經吃了黃泉的飯食。不過，既然是你特意來找我，我也願意回去啊！讓我和黃泉的神商量商量。但是在這期間千萬不要看我呀。”
這樣說過之後，伊邪那美命就回到了殿里。
時間過了很久，伊邪那岐命實在等待得不耐煩了，就取下左髮髻上戴著的多齒木梳，折下一個邊齒，點起火來，到殿里去看。只見伊邪那美命滿身蛆蟲蠕動，氣結喉塞，全身化為大雷到伏雷共八個雷神。
伊邪那岐命看到這種景象大吃一驚，十分害怕，轉身便逃。伊邪那美命羞憤交集，立即派黃泉鬼女在後面緊緊追趕。伊邪那岐命取下頭上的黑髮飾，扔到地上。黑髮飾上很快長出野葡萄，伊邪那岐命就乘鬼女摘葡萄吃的時候逃脫了。伊邪那美命又派八雷神，率領一千五百名黃泉軍追趕上來。伊邪那岐命拔出所佩十拳劍，一邊將衝上來的黃泉軍砍倒，一邊逃跑。一直被追到黃泉的邊界比良坂。這時，伊邪那岐命從坂下的桃樹上摘下三個桃子，等黃泉軍追到時，便將桃子打向他們。看到桃子砸來，黃泉軍慌忙逃了回去。伊邪那岐命對桃子說：“象方才幫助我那樣，將來葦原中國的眾生遇到患難時，你也去救他們吧！”於是賜給它們名號叫意富加牟豆美命，意為大仙桃神。
最後，伊邪那美命親自追來。伊邪那岐命用千引石堵住黃泉比良坂。他們隔著千引石面對面地站著，發出夫妻決絕的誓言。伊邪那美命說：“我的夫君呵，你既然這樣待我，我就在你國每天殺死千人。”伊邪那岐命說：“我的妻子呵，你如果那樣做，我呢，就每天建立一千五百個產房。”這樣每天必死千人，每天也必生一千五百人。因此，伊邪那美命就被稱為黃泉津大神。另有一說：因為她追趕到這裡，所以又叫做道敷大神。堵住黃泉比良坂的千引石，名叫道反大神，又名塞坐黃泉戶大神。所謂黃泉比良坂，就是現在出雲國的伊賦夜坂。
三貴子的誕生
從黃泉國回來後，伊邪那岐命說：“我曾經到非常醜惡而又極其污穢的地方去過，所以必須清淨一下我的身體。”於是來到筑紫的日向國桔小門的阿坡岐原，在那裡舉行襏襫（boshi）儀式。由他扔掉的隨身衣物化為了從船戶神到邊津甲斐辨羅神等十二神。伊邪那岐命忽然覺得上游水流太急，而下游水流緩慢，便來到中游。鑽進水裡洗滌時，從身上洗掉的污垢化為八十禍津日神、大禍津日神等十一神。
伊邪那岐命洗左眼時化成的神，名叫天照大御神（就是日本人崇拜的太陽女神，也是傳說中日本天皇之始祖）。洗右眼時化成的神，名叫月讀命（又名月夜見尊，俗名輝夜姬，是日本最早的物語文學《竹取物語》中國的女主人公）。洗鼻子時化成的神，名叫建速須佐之男命（又名素箋鳴尊，是傳說中斬殺八岐大蛇之神。又被稱為暴亂之神，是個名副其實的破壞之神）。
