成書經過
在《倚天屠龍記》第一版中，《九陽真經》是達摩所寫下。《九陰真經》為黃裳所著，《九陽真經》雖然只有內功，但神功大成後，卻非世上的任何武功所能傷害。
二版中，《九陽真經》相傳是達摩祖師所寫下的，但後來張君寶悟到達摩祖師是天竺人，就算會寫中華文字，也必文理粗疏，九陽真經文字佳妙，外國人決計寫不出，定是後世中土人士所作。多半便是少林寺中的僧侶，假託達摩祖師之名，寫在天竺文字的《楞伽經》夾縫之中。
在最新修改版本中，作者寫成在嵩山中一位奇士斗酒勝了王重陽，得以借觀《九陰真經》，此人觀看後覺得《九陰真經》陰氣太重，一味崇揚道家黃老之學，只重以柔克剛，以陰勝陽，未及陰陽互濟之妙，於是在四卷梵文《楞伽經》的行縫之中，寫下自創的《九陽真經》。
新修版《射鵰英雄傳》的《九陰真經》總旨亦明言「九陰極盛」乃是災害，要糾正道家「但重陰柔的缺失」，然而，如《射鵰英雄傳》中所述，總旨「比之真經中所載的功夫更深了一層」，可見黃裳雖認為「陰陽互濟」是「武學最高境界」，作為九陰難以明解的關鎖的總鑰匙，或克服「九陰極盛」的毛病，卻未改《九陰真經》所載武功本身陰柔為主的特性，故兩書所述並無矛盾。奇士所創，可視為《九陰真經》總綱所見上另建高築，修煉《九陽真經》，可達到《九陰真經》總旨中所述「武學最高境界」。
重見天日
在《神鵰俠侶》中，楊過打敗金輪法王（新修版改稱「金輪國師」）後，蒙古武士尹克西和瀟湘子逃到嵩山，後發現張君寶（孩童時期的張三豐）在少林寺廊下讀《楞伽經》，尹克西悄悄走到他身後，伸手點了他的穴道，把那四卷《楞伽經》取去。
經在油猿中
張君寶的師父覺遠追趕尹克西和瀟湘子二人至華山，巧遇楊過、小龍女、郭襄等人。尹克西和瀟湘子眼看無法脫身，剛好身邊有隻蒼猿，兩人心生一計，便割開蒼猿肚腹，將經書藏在其中。後來覺遠、張君寶、楊過等搜尋瀟湘子、尹克西二人身畔，不見經書，便放他們帶同蒼猿下山。後來瀟湘子和尹克西帶同蒼猿，遠赴西域，兩人心中各有所忌，生怕對方先習成經中武功，害死自己，互相牽制，遲遲不敢取出猿腹中的經書，最後來到崑崙山的驚神峰上，尹湘兩人互施暗算，鬥了個兩敗俱傷而死。這部修習內功的無上心法，從此留在蒼猿腹中。
覺遠傳經
尹克西臨死時遇見「崑崙三聖」何足道，良心不安，請他赴少林寺告知覺遠大師，那部經書是在這頭蒼猿的腹中。但他說話之時神智迷糊，口齒不清，他說「經在猿中」，何足道卻聽做「經在油中」。何足道信守然諾，果然遠赴中原，將這句「經在油中」的話跟覺遠說了。覺遠無法領會其中之意，固不待言，反而惹起一場絕大的風波，令覺遠、張君寶被少林寺所逐。覺遠圓寂前，念起《九陽真經》，令郭襄、張君寶和少林寺羅漢堂首座無色禪師各有所悟，無色得其高（因三人中武功最高並與其本身武功印證），郭襄得其博（因家學淵博，所學甚廣），張君寶得傳承最多，加上當時武功全無根基，所學反而最精純。後來郭襄、張君寶出家開創峨嵋、武當兩派，各以此為基礎，創出了少林九陽功、峨嵋九陽功、武當九陽功，共三脈《九陽功》。
後來《倚天屠龍記》中張無忌因朱子柳的後代朱長齡的牽連意外地進入崑崙山一山谷，巧遇當年的蒼猿，因好心治療其肚腹上的傷痕，取出內藏之經書，得以習得完整的九陽神功，不但纏綿體內的寒毒盡皆驅除，內力更提升至絕高的境界。待得到乾坤一氣袋的奇遇後，張無忌的九陽神功方克大成。
暫埋土中
在張無忌走進崑崙山山谷的五年後，他完全學會了九陽真經，於是把四卷載有《九陽真經》的《楞伽經》、以及胡青牛的《醫經》、王難姑的《毒經》，註明"張無忌埋經處"(二版)埋在地洞裡，待有緣人得之。
經文選輯
九陽真經「他強任他強，清風拂山崗；他橫任他橫，明月照大江。」
「他自狠來他自惡，我自一口真氣足。」
