歷史沿革
原辦事處
三沙市政府與市委、人大、警備區合署駐地1959年3月24日，“廣東省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處”於永興島成立，
為廣東省人民政府的派出辦事機構（縣級），由海南行政區行政公署直接領導。
1969年3月4日，改稱“廣東省西沙群島、南沙群島、中沙群島革命委員會”。
1981年10月22日，經中華人民共和國國務院批准恢復設定為“廣東省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處”，恢復性質為廣東省人民政府的派出辦事機構，由海南行政區行政公署直接領導。
1988年4月，海南省成立，廣東省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處改由海南省管轄。
1988年9月19日，廣東省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處正式更名為“海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處”（簡稱西南中沙群島辦事處），同時更名的中國共產黨海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島工作委員會（簡稱西南中沙群島工委）與其合署辦公，實行“一套人馬、兩塊牌子”的體制。西南中沙群島工委、辦事處為中共海南省委、海南省人民政府的縣級派出機構，代表國家和中共海南省委、海南省人民政府對西沙群島、南沙群島、中沙群島及其海域行使主權和管轄權
。
1992年到1996年期間，時任中共西南中沙群島工作委員會第八屆書記徐天仁數次到國務院和外交部匯報建立“三沙市”的構想。徐天仁最早提議建市的時候，不叫“三沙市”，叫“永興市”，後來發現湖南省有同名的永興縣，就改成了“瓊沙市”，最後又改成了“三沙市”
。
2007年11月，海南省文昌市的一次黨內會議上傳出訊息，三沙市的成立獲得國務院批准，是一個隸屬文昌市的縣級市。中國此舉主要是針對半年前越南的侵犯主權而來，當時越南將南沙部分島嶼劃作國會議員選區，並計畫與英國公司合修南沙天然氣輸送管道。隔月，數百名越南年輕人到中國駐越南大使館抗議。據《環球時報》英文版報導，越南當時的抗議令三沙建市又推後了
。
2008年，海南省機構編制委員會辦公室下發《關於西南中沙行政體制調整方案的通知》，參照市縣黨政機關模式，設定紀委、組織部、宣傳部、黨群部、公安局等18個行政職能部門，並設定了圖書館、氣象台等20多個部門和事業單位。在職員工達到330多人。
市人民政府
2012年7月24日，三沙市人民政府揭牌成立。2012年6月21日，經國務院批准，撤銷海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處，設立地級三沙市，管轄西沙群島、中沙群島、南沙群島的島礁及其海域。
三沙市人民政府駐西沙永興島。
2012年7月23日，三沙市第一屆人民代表大會第一次會議在西沙永興島舉行。會議依法選舉產生了三沙市人民政府以及三沙市人民代表大會常務委員會、三沙市中級人民法院、三沙市人民檢察院領導班子成員，肖傑當選首任三沙市人民政府市長，張耕、張軍、馮文海當選三沙市人民政府副市長。
2012年7月24日，三沙市成立大會暨揭牌儀式舉行，標誌著三沙市人民政府正式成立
。
三沙市人民政府與中國共產黨三沙市委員會、三沙市人民代表大會常務委員會、中國人民解放軍海南省三沙警備區、三沙市中級人民法院、三沙市人民檢察院合署辦公。
機構設定
市政府組成部門
三沙市人民政府辦公室（原西南中沙群島辦事處辦公室，人員編制13人，領導職數4人[其中主任1名、副主任3名]）
三沙市經濟發展局
三沙市財稅局
三沙市綜合執法局（三沙市海洋與漁業局）
三沙市國土資源與環境保護局
三沙市旅遊局
三沙市人力資源和社會保障局
三沙市公安局
三沙市文化廣電出版體育局
三沙市教育科技與衛生局
三沙市工商行政管理局
三沙市監察與審計局（與中共三沙市紀律檢查委員會合署辦公）
三沙市船務管理局
三沙市海洋保護區管理局
市政府直屬機構
三沙市永興事務管理局
三沙市海口事務管理局
三沙市文昌事務管理局
三沙市三亞事務管理局
三沙市商業服務站
三沙市食品服務站
三沙市漁業補給基地服務中心
三沙市人民醫院（原海南省西沙人民醫院）
三沙市電視差轉台
垂直雙管機構
中國人民解放軍海南省三沙警備區
（原海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島人民武裝部）
中國海警局海南省總隊第三支隊
中國人民武裝警察部隊三沙市支隊/三沙市公安邊防支隊
（原海南省公安邊防總隊西南中沙支隊）
三沙市氣象局（原海南省西南中沙群島氣象台）
三沙市電信局（原海南省西南中沙群島郵政局）
三沙市國家稅務局
三沙供電局
交通運輸部南海航海保障中心西沙航標處
交通運輸部南海航海保障中心南沙航標處
西沙糧食管理所
西沙地震局
海南省圖書館西沙分館
市政府下屬單位
三沙市永興社區居民委員會（西沙永興島）
三沙市趙述社區居民委員會（西沙趙述島）
三沙市北島社區居民委員會（西沙北島）
三沙市晉卿社區居民委員會（西沙晉卿島）
三沙市鴨公社區居民委員會（西沙鴨公島）
三沙市銀嶼社區居民委員會（西沙銀嶼）
三沙市羚羊社區居民委員會（西沙羚羊礁）
三沙市甘泉社區居民委員會（西沙甘泉島）
三沙市美濟社區居民委員會（南沙美濟礁）
市政府派出機構
三沙市永樂群島管理委員會（駐晉卿島）
三沙市七連嶼管理委員會（駐趙述島）
三沙市永興（鎮）管理委員會（駐永興島）
駐市其他機構
中國人民解放軍海軍西沙水警區
中華人民共和國三沙海事局
（原中華人民共和國西沙海事局）
國家圖書館三沙市分館
中國工商銀行三沙市支行
海南省公安廳邊防總隊三沙市支隊永興派出所
南沙永暑礁海洋氣象觀測站（南沙永暑礁）
中共澤業南沙美濟礁支部委員會（南沙美濟礁）
海南省南沙群島郵政局（南沙永暑礁）
職權
三沙市人民政府依法行使下列職權
：
執行三沙市人民代表大會及其常務委員會的決議，以及海南省人民政府的決定和命令，規定行政措施，發布決定和命令；
領導所屬各工作部門和下級人民政府的工作；
改變或者撤銷所屬各工作部門的不適當的命令、指示和下級人民政府的不適當的決定、命令；
依照法律的規定任免、培訓、考核和獎懲國家行政機關工作人員；
執行國民經濟和社會發展計畫、預算，管理三沙市行政區域內的經濟、教育、科學、文化、衛生、體育事業、環境和資源保護、城鄉建設事業和財政、民政、公安、民族事務、司法行政、監察、計畫生育等行政工作；
保護社會主義的全民所有的財產和勞動民眾集體所有的財產，保護公民私人所有的合法財產，維護社會秩序，保障公民的人身權利、民主權利和其他權利；
保護各種經濟組織的合法權益；
保障少數民族的權利和尊重少數民族的風俗習慣，幫助三沙市行政區域內各少數民族聚居的地方依照憲法和法律實行區域自治，幫助各少數民族發展政治、經濟和文化的建設事業；
保障憲法和法律賦予婦女的男女平等、同工同酬和婚姻自由等各項權利；
辦理海南省人民政府交辦的其他事項。
領導人
原工委辦事處領導
中國共產黨工作委員會（截止2010年7月）：
書記：張耕
副書記：馮文海、陳澤
委員： 譚宏才、董建平、袁斌
（截止2010年7月）：
主任：馮文海
副主任：譚宏才、董建平、袁斌
市政府領導
三沙市人民政府（第一屆）卸任領導：
常務副市長：張耕（曾兼任中共三沙市委副書記）
副市長：張軍（曾兼任中共三沙市委常委）、徐傑
三沙市人民政府（第一屆）現任領導：
市長：肖傑（兼任中共三沙市委書記）
副市長：馮文海（兼任中共三沙市委常委）
、白斌
市長簡歷：
肖傑，男，1960年10月生，漢族，廣東雷州人，研究生學歷，法學碩士，講師，1982年7月參加工作，1984年7月加入中國共產黨。
1978.09--1982.07，華南熱帶作物學院植物保護系植物保護專業學習（其間：1981.09-1982.07在暨南大學歷史系學習）
1982.07--1984.09，華南熱帶作物學院助教
1984.09--1987.07，杭州大學政治系中共黨史專業研究生學習
1987.07--1988.12，華南熱帶作物學院馬列教研室講師、黨支部書記
1988.12--1991.10，海南省農業廳主任科員、機關團委書記
1991.10--1993.03，海南省農業廳辦公室副主任、機關團委書記（其間：1992.10-
1993.01在屯昌縣掛職鍛鍊任縣長助理）
1993.03--1993.07，海南省農業廳計財處副處長
1993.07--1995.02，海南省農業廳辦公室主任(其間：1994.07-1994.10在北京市昌平縣掛職鍛鍊任縣長助理)
1995.02--1996.10，海南省澄邁縣委副書記、縣政府副縣長(正處級)
1996.10--1998.07，海南省農業廳副廳長、黨組成員
1998.07--2000.05，海南省政府副秘書長、辦公廳黨組成員
2000.05--2002.07，海南省瓊海市委書記(副廳級)(其間：2001.03受聘為華南熱帶農業大學客座教授)
2002.07--2003.02，海南省科學技術廳廳長、黨組書記
2003.02--2003.06，海南省科技廳黨組書記
2003.06--2007.04，海南省科技廳廳長、黨組書記(其間：2003.09-2004.01在中央黨校進修二班學習)
2007.04--2009.10，海南省農業廳廳長、黨組書記
2009.10-2012.07，海南省農業廳廳長、黨組書記，海南省農業科學院黨委書記(兼)
2012.07-- 海南省三沙市委書記，市政府市長
第五屆、六屆海南省委委員。
