《藥征》收載藥物53種，本著“夫欲知諸藥本功，則就長沙方中，推歷其有無、多少，與其加減，引之於證，則其本功可以知也"的思想，對每味藥物首先標明功效，繼而選錄傷寒方證作為藥物功效的證明（考徵），並辨別方證偽誤（互考），表達個人觀點及實踐經驗（辨誤）。
提要
本草始於神農，僅載氣味主治，自陶宏景而後諸家著作日多，而經旨反晦，益穿鑿附會，夸言功用，按之實際，豈能收效東洞氏有鑒於斯，爰著《藥征》，以征其失。書分三卷，晶共五十有四，每品分考徵、互考、辨誤、品考四項，拈仲景之證，以征其用；辨諸氏之說，以明其誤。且其所征皆為驅疾要藥，有功斯道，洵非淺鮮，如石羔宜重用，忌煅用，為張君經驗之言，而先生亦早已論及。
自序
書曰∶若藥弗瞑眩，厥疾弗瘳。《周官》曰∶醫師掌醫之政令，聚毒藥，共醫事。由是觀之，藥毒也，而病毒也，藥毒而攻病毒，所以瞑眩者也。而考本草，有毒者有焉，無毒者有焉，為養者有之，不養者有之。於是人大惑焉，世遠人泯經毀，雖欲正之，末由也已，今之所賴也，天地人耳。夫有天地，則有萬物焉，有萬物，則有毒之能也，有人則病與不而有焉，是古今之所同也。從其所同，而正其所異也，孰乎不可正哉！扁鵲之法，以試其方也，藥之瞑眩，厥疾乃瘳，若其養與不養邪，本草之雲，終無其驗焉。故從事於扁鵲之法，以試其方，四十年於茲，以量之多少，知其所主治也。視病所在，知其所旁治也。參互而考之，以知其征，於是始之所惑也，粲然明矣。凡攻疾之具，則藥皆毒，而疾醫之司也。養精之備，則辨有毒無毒，而食醫之職也。食者常也，疾者變也，吾黨之小子，常之與變，不可混而為一矣。而本草也，混而一之，乃所以不可取也。不可取乎，則其方也。規矩準繩，是故扁鵲之法，以試其方之功，而審其藥之所主治也。次舉其考之徵，以實其所主治也。次之以方之無征者，參互而考次之，以古今誤其藥功者，引古馴而辨之，次舉其品物，以辨真偽，名曰《藥征》也。猶之一物也，異其用，則異其功，是以養其生者，隨其所好惡；攻其疾者，不避其所好惡。故食醫之道，主養其精也。故撰有毒無毒，而隨其所好惡也。疾醫之道，主攻其疾也。故藥皆毒而不避其所好惡也，而為醫者不辨之，混而為一，疾醫之道，所以絕也。夫古今不異者，天地人也。古今異者，論之說也。以其不異，以正其異，不異則不異，異則異也。譬如人君用人，率材則功，達材則無功矣。一物無異功，用異則功異，用養生乎？用攻疾乎？養生隨其所好惡，攻疾不避其所好惡，不知其法，焉得其正？其法既已建，而後以其不異，以正其異，不異則不異，異則異。《詩》曰∶伐柯，伐柯，其則不遠，是之謂也。蓋今之為醫之論藥也，以陰陽五行，疾醫之論藥也，唯在其功耳。故不異則不異，異則異。然則治疾如之何，匪攻不克；養生如之何，匪性不得。吾黨之小子，勿眩於論之說，以失其功實云爾。
