學生社團聯合會下設部門有:1.主席團
全面負責主持學生社團聯合會各項工作的開展,主持召集各社團工作會議;制定社聯工作計畫和發展規劃,上報社聯工作總結;指導、檢查、督促各社團開展工作,協調各方面關係。
2.辦公室負責對社團活動經費預算的審批;經費、物資的管理,檔案、資料的蒐集整理保存;會議的考勤;組織對社團的年度考評;組織每年的會員登記與註冊;社團活動場地的審批;負責《學生社團聯合會工作簡報》(每月一期)的撰寫。
3.策劃部策劃部負責組織由社團聯合會牽頭組織開展的各種大型活動的策劃和組織工作,並指導各學生社團策劃各種大型社團活動。
4.督導部負責學生社團的常規註冊以及對社團各項工作進行監督、審查和評估,針對管轄範圍內各學生社團在日常活動中出現的問題提出質詢和整改意見,並監督執行,接受各社團的投訴意見並以調查報告等方式上報主席團。
5.宣傳部負責社團聯合會對內、對外宣傳工作;宣傳展板、海報的繪製;圖片資料的收集;負責社聯的網路宣傳,對各社團的宣傳工作進行指導和監督,並負責由社團聯合會組織開展的大型活動的舞檯布置與宣傳。
6.外聯部負責對外的交流聯繫,負責與重慶兄弟高校的社團聯繫,並負責與相關企事業單位聯繫與合作。