主要職責
根據中央機構編制委員會辦公室《關於財政部調整內設機構的批覆》（中央編辦復字[2003]183號），財政部關稅司的主要職責是：研究提出關稅和進口稅收政策；擬訂關稅談判方案，參加有關關稅談判；研究提出征收特別關稅的建議；承辦國務院關稅稅則委員會的日常工作。
具體職責如下：
（一）研究提出進出口關稅稅率（包括最惠國稅率、協定稅率、特惠稅率、普通稅率、關稅配額稅率等）、暫定稅率、進出口稅則稅目和稅號調整方案；擬定特殊情況下稅率適用的方案等。
（二）承擔國務院關稅稅則委員會的日常工作。
（三）研究提出關稅和進口環節稅收法律、法規的修訂意見；研究提出關稅和進口環節稅收優惠政策，並負責相關解釋工作，協調處理關稅和進口環節稅收優惠政策執行中的相關事宜。
（四）研究提出我國對外關稅談判、磋商方案並參加相關談判或磋商，擬訂我國與有關國家、地區和國際組織簽定的外交、經貿、文化、教育、體育等條約中涉及關稅和進口環節稅收的條款並參加相關談判和磋商。
（五）研究提出征收反傾銷稅、反補貼稅、保障措施關稅、報復性關稅及採取其他關稅措施決定的方案，負責處理有關特別關稅行政複議的具體工作。
（六）研究提出進境物品進口稅收規定、船舶噸稅規定的修訂方案，研究提出涉及邊境貿易、加工貿易、保稅區、出口加工區等的關稅和進口環節稅收政策。負責與財政部有關的、涉及履行我國加入世界貿易組織義務相關事宜的協調、匯總工作。指導地方開展關稅工作。
（七）辦理國務院關稅稅則委員會和部領導交辦的其他事項。
機構設定
綜合處（司辦公室）：負責全司綜合性工作。
稅則處：負責關稅稅則的綜合工作。
政策法規處：負責進出口稅收法律、法規以及減免稅政策的綜合工作。
國際處：負責多、雙邊關稅談判的綜合、協調工作。
特別關稅處：負責反傾銷、反補貼稅、一般保障措施關稅和報復性關稅工作。
